תקופת בית שני

העיר חמת טבריה היא עיר עתיקה השוכנת על חופה המערבי של הכינרת דרומית לעיר טבריה. חוקרים מעריכים כי כאן שכנה העיר חמת הנזכרת כדרומית מבין ערי המבצר של שבט נפתלי לחוף הכינרת. במקום נובעים מעיינות חמים שנודעו בסגולות המרפא שלהם, אליהם הגיעו חולים מכל קצות הארץ. בחמת טבריה התגלו אוצרות רבים, ובהם בית כנסת המפואר על שם סוורוס. בית כנסת זה הינו בין התגליות החשובות בארכיאולוגיה של תקופת המשנה והתלמוד, בעיקר בשל רצפת הפסיפס המיוחדת שנתגלתה בו. עד לא מזמן הוצגה רצפת פסיפס זו כשהיא מקורה בגג בלבד והיא חשופה למפגעים. במסגרת פרויקט ״ציוני דרך״ מתקיים בימים אלה פרויקט רחב היקף לשימור ושדרוג רצפת הפסיפס והביקור במקום בכלל. הפרויקט כולל הקמת מבנה זכוכית סביב בית הכנסת עם בקרת אקלים ותאורה, שילוט חדיש המשולב עם תאורת המחשה וחזיון אור קולי המוצב בתוך חלל בית הכנסת. בחלקו החיצוני של הגן יוצבו תאורה אמנותית ושילוט חדיש. לצד המסלול היומי, יתווסף לאתר מסלול מואר ומרהיב שיאפשר לקהל לבקר באתר גם בלילה. חמת הייתה עיר קטנה ששכנה מדרום לשכנתה הגדולה והחשובה טבריה, על חופה המערבי של הכינרת. למרות שלא נתגלו בחפירות חרסים מתקופות הקדומות לתקופה ההלניסטית (מאה רביעית-שנייה לפנה”ס), מניחים רוב החוקרים כי כאן שכנה העיר חמת הנזכרת כדרומית מבין ערי המבצר של שבט נפתלי לחוף הכינרת: ״וְעָרֵי, מִבְצָר-הַצִּדִּים צֵר, וְחַמַּת רַקַּת וְכִנָּרֶת״ (יהושע יט, פסוק 35). מאוחר יותר נקראה בשמות חמתא, חמתן ואף חמי טבריה. בפי היוונים נקראה אמאוס, והערבים קראו למקום אלח'מץ (קרי:חומס). במקום נובעים מעיינות חמים שנודעו בסגולות המרפא שלהם. חז"ל הכירו בסגולתם ובכוחם לרפא מחלות עור, ואכן אל חמי טבריה הגיעו חולים מכל קצות הארץ (פסחים ח, ע”ב). לפי ההלכה מותר לרחוץ בחמי טבריה אפילו בשבת (שבת מ, ע"א), ואין איסור על בישול בשבת במים אלה. ‫על פי ממצאי החפירות, ראשיתו של היישוב בתקופה ההלניסטית, וסביר להניח כי בימי מלכי בית חשמונאי האוכלוסייה במקום הייתה יהודית. טבריה, שכנתה מצפון, הוקמה מאוחר יותר רק במחצית הראשונה של המאה הראשונה לספירה. עם הקמתה של טבריה על ידי הורדוס אנטיפס כבירה נוספת לגליל, האפילה טבריה על חמת שנותרה כפרבר. מאוחר יותר בתקופה הביזאנטית נבנו סביב חמת וסביב טבריה חומות נפרדות.  חמי טבריה התפרסמו בכל העולם במרחצאות המרפא שלהם. הרומאים הקימו בה מרחצאות משוכללים שמשכו נופשים מרחבי האימפריה. גם במאות ה-18 וה-19 נבנו בה מרחצאות. כלכלת העיר התבססה כנראה על המרחצאות החמים שבה, ששימשו כמו היום לצורכי מרפא. מצפון לעיר נחפרו בעבר קברים ונתגלו כמה סרקופגים מאבן ועליהם כתובות ביוונית. היוונית שלטת גם ברוב הכתובות שנחשפו ברצפת בית הכנסת, והשימוש בה אפיין את האוכלוסייה העירונית בגליל היהודי בתקופת התלמוד. בתי הכנסת שני מתחמי בתי כנסת נתגלו ונחפרו בחמת טבריה. בית הכנסת הראשון שנחשף במקום התגלה במקרה, כשאנשי גדוד העבודה סללו את כביש טבריה-צמח בשנים 1920-1921. מיקום בית הכנסת היה כ-500 מטרים מצפון לחומה הדרומית של העיר. כעבור כמה חודשים, בשנת 1921, חפר נחום סלושץ בצפון האתר וגילה בית כנסת קטן מהמאות 3-5 לספירה. ראוי לציין כי חפירה זו הייתה החפירה הארכיאולוגית הראשונה שניהל בארץ חוקר יהודי תושב הארץ והראשונה מבין חפירות החברה לחקירת ארץ ישראל ועתיקותיה. בית כנסת זה שימש את הקהילה היהודית בחמת החל מהמאה השלישית לספירה עד לראשיתה של המאה השמינית לספירה ברציפות. בית כנסת זה, שכוסה כליל לאחר חפירתו ולכן אינו נגיש לציבור, היה מבנה ריבועי שחולק לאולם תווך ולשתי סטראות וחצר השתרעה ממזרחו. הממצא הבולט בו היה תבליט של מנורת שבעת הקנים מגולפת באבן גיר, שייחודה בשקעים שהותקנו בראשי הקנים ובהם הוצבו נרות של ממש, מחרס או מזכוכית. ממצא חשוב אחר היה "קתדרא דמשה”: מושב אבן מעוטר שבו ישב החכם שלימד תורה בקהילה. כעבור 40 שנים, בשנים 1961-1963, נערכו באתר חפירות בניהולו של פרופ׳ משה דותן, מטעם אגף העתיקות ונתגלו במרחק של כמה מאות מטרים דרומה שרידים של בתי כנסת נוספים. בחלק הדרומי של העיר נחשפו בתי כנסת שנבנו זה על גבי זה, הראשון כנראה במאה ה-1 או ה-2 לספירה והאחרון במאה ה-8. בית הכנסת של סוורוס גולת הכותרת של המקום היא ללא ספק בית הכנסת המפואר של ״סוורוס״, הנקרא כך בגלל אחת מהכתובות היווניות שנמצאה במקום. בית כנסת זה הוקם במאה ה-4 ונהרס במאה ה-5 לספירה, בתקופה שבה פעלה הסנהדרין בטבריה. בית הכנסת הוא בין התגליות החשובות בארכיאולוגיה של תקופת המשנה והתלמוד, בעיקר בשל רצפת הפסיפס המיוחדת שנתגלתה בו, שהיא הקדומה ביותר מבין רצפות הפסיפס שהתגלו בבתי כנסת בארץ. זוהי רצפת פסיפס מפוארת הבולטת ביופייה באתר כולו. רצפת הפסיפס ממוקמת באולם התווך של בית הכנסת והיא מחולקת לשלושה ״שטיחי פסיפס״ של ציורים, דמויות וכתובות, הממחישים את התרבות היהודית של טבריה בתקופת התלמוד. הפסיפסים מצטיינים בעושר תיאוריהם והם נשתמרו כמעט בשלמותם. בצפוני שבהם התגלתה כתובת הקדשה נתונה בין צמד אריות. בשטיח המרכזי גלגל מזלות מרהיב. במרכז גלגל המזלות נראית דמותו של אל השמש (הליוס, או 'סול אינויקטיס' התגלמותו הרומית של אל זה) נוהג במרכבות השמים ובכל אחת מארבע פינות השטחי מתוארת דמות אישה, המסמלת את אחת מארבע עונות השנה. בשטיח הדרומי של האולם מתוארים כלי הקודש. נושאים דומים וחלוקה דומה של הרצפה מופיעים אחר כך בבתי הכנסת שבבית אלפא, נערן, עוספיה ובבית הכנסת הצפוני בבית שאן. בסיטרה שממערב לאולם התווך וכן בשתי הסיטראות שממזרח לו נתגלו עיטורי פסיפס בדגמים גיאומטריים שונים וכתובות הקדשה. מבין מגוון הנושאים זכו להתייחסות המחקרית הרבה ביותר הליוס וגלגל המזלות, המשתרעים על פני כמעט מחצית משטחו של אולם התווך. גלגל המזלות מעוצב כשני מעגלים האחד בתוך השני תחומים בתוך ריבוע. במעגל המרכזי תואר הליוס אל השמש על גבי מרכבה וברקע סהר וכוכבים. המעגל השני חולק לשתיים עשרה יחידות: אחת לכל אחד מחודשי השנה. דמויות המזלות ערוכות ברצף נגד כיוון השעון וראשן פונה אל המרכז. פינות הריבוע עוטרו בהתאמה לסימני המזלות בדמויות המסמלות את עונות השנה. תיאורו של הליוס מלווה אותם סממנים המעידים על מהותו כאל המנצח. הוא לבוש גלימת קיסרים שצבעה ארגמן, ידו הימנית מורמת בתנועת ברכה ואילו ידו השמאלית אוחזת בכדור העולם ובשוט. לראשו כתר וסביב לו הילה בעלת 2 קרניים. חשיבותם של פסיפסים אלה רבה, שכן מצוי בהם השימוש המוקדם ביותר בכמה מן הצורות העיטוריות אשר הוסיפו לשמש פעמים רבות בפסיפסי בתי הכנסת המאוחרים יותר. בנוסף, פסיפס בית הכנסת של סוורוס מהווה חוליית קישור חשובה במעבר מאמנות הפסיפס הרומית המאוחרת בארץ ישראל לאמנות הפסיפס הביזאנטית על הפסיפס נמצאות כתובות ביוונית, עברית וארמית המעשירות את הידע שלנו על הכתב והלשון של אותה תקופה. רוב הכתובות נכתבו ביוונית (השפה העיקרית של המעמדות העליונים בעיר היהודית), אחת בארמית (השפה העיקרית המדוברת אצל יהודי הערים והכפרים), ורק מילים בודדות נכתבו בעברית (שפה שהלכה ונשתכחה בערים ונשארה בעיקרה כמעין " לשון קודש״). מבנה בית הכנסת בעל רצפת הפסיפס המפוארת חרב כנראה ברעידת אדמה בסוף המאה הרביעית לספירה ועל חורבותיו הוקם במאה החמישית, במפלס הגבוה בחצי מטר, מבנה כמעט כפול בגודלו בעל תוכנית של בסיליקה. בית כנסת זה קושט אף הוא ברצפות פסיפס צבעוניות, מהן שרד קטע אחד קטן של מקלעות ובהן דמויות בעלי חיים מן הסוג המוכר יותר בכנסיות. מבנה זה חרב בראשית המאה השביעית לספירה אך חודש בתוכנית דומה מאוד, עם רצפות פסיפס בדגמים גאומטריים פשוטים בראשית התקופה המוסלמית והמשיך את קיומו עד אמצע המאה השמינית לספיר. לבית הכנסת נספחו חצר, שהיה בה בית מדרש, בית אורחים ושורת חנויות לאורך הרחוב. באזור בית הכנסת נחשפו גם השער וקטע חומה של העיר מהתקופה הביזאנטית, ובקרבת מקום נתגלו שרידים של רחוב וחנויות מתקופה זו ומהתקופה הערבית הקדומה (המאה השביעית-שמינית לספירה). כל אלה עומדים חשופים, וכדאי לבקר בשטח ולצפות גם בהם. איך הגיע הליוס לבית הכנסת היהודי כיצד ניתן להסביר את הימצאות דמותו האלילית של הליוס , דמות שבמאה הרביעית עדיין היו נוכרים שסגדו לה , במרכז בית הכנסת של חמת טבריה ? הדבר תמוה במיוחד משום שתיאור זה של הליוס והפריטים הנלווים אליו הוא זה אשר נאסר בהלכה. התשובות מורכבות ומסובכות. אחת התשובות המקובלות שהתגבשו היא שבימי הבית השני ועד לראשית המאה השלישית לספירה ראו היהודים וחכמיהם את איסור ציור הדמויות כאיסור מוחלט, ואכן חוץ ממקרים בודדים ונדירים לא נמצאה אמנות דמות בקרב היהודים בתקופה זו. לאחר המשברים הכבדים של המרד הגדול ומרד בר כוכבא נוצרה השלמה מסוימת עם השלטון הרומי שפתחה את השערים גם בפני השפעות אמנותיות במשמעות הצורנית שלהם ללא התכנים הפנימיים , בייחוד עם תחילת ימי הזוהר של רבי יהודה הנשיא. החל מתקופה זו אנו מתחילים להבחין בפתיחות אמנותית שביטויה בעיקר בעיטור חזיתות מבני הציבור. עם האדריכלות, הושאלה גם אמנות הדמות. יש לזכור כי המטבעות שבהם השתמשו היהודים בתקופה זו הם מטבעות שטבעו השלטונות הרומיים ונשאו עליהם דיוקנאות אדם. יתכן ואמנות הדמות הייתה לפיכך רק כלי עיטורי לבטא השקפות ורעיונות, והקהילות היהודיות שבתקופה זו ישבו על אדמתן וחשו עצמן חזקות דיין כדי להשתמש באמנות זו על שלל ביטוייה ללא חשש. זאת בניגוד למצב שנוצר בימי הביניים, עם הידלדלות היישוב היהודי בארץ ואבדן כוחו, אז הסתגרו קהילות ישראל שבגלויות ואטמו עצמן מפני השפעות אמנותיות בעלות צביון נוכרי. יש לציין כי המתבונן ברצפה ודאי ישים לב לעובדה, שבתקופה שלאחר מכן הונח יסוד לקיר אשר חצה את הפסיפס בלי להתחשב בקיומו. אולי יש בכך כדי לרמז, כי בתקופה זו חכמי המקום לא ראו בעין יפה את הציורים הללו המזדקרים לעיניהם, בניגוד לחכמי הזמן הקודם, שנטו להקל בעניין זה. עוד באתר בגן הלאומי חמת טבריה נמצא מוזיאון קטן המציג בצורה נאה את ההיסטוריה של חמי טבריה ומרחצאותיה. במוזיאון, שהוא בית מרחץ תורכי משופץ, מוצגים — מלבד חדר רחצה משוחזר, חיזיון אורקולי על חמי טבריה, ותמונות שונות, וגם ממצאים עתיקים כמו מטבעות, פריטי אבן מעוטרים, כלי חרס, ואף העתק גבס של מנורת האבן שנתגלתה באתר בשנת 1921. בנוסף במקום נמצאים מדשאות ושבילי הליכה, שבתוכם ארובות הפולטות את אדי המים החמים, הזורמים מתחת לאדמה ובריכת שכשוך. בקצה הדרומי של הגן נשתמרו שרידים של מבנה קשתות שהיה כנראה חלק מבית מרחץ עתיק מתקופת המשנה.

העיר העתיקה גמלא, היתה עיר יהודית משגשגת בימי בית שני. בזמן המרד הגדול (בשנת 66 לספירה), לחמו תושביה של העיר בנחישות נגד הרומאים. במערכה הראשונה זכו היהודים לניצחון גדול, אך לקראת סוף הקרב השני נדחקו שארית המגינים על נשיהם וטפם לראש הרכס, ובסופו של הקרב הומתו. העיר העתיקה ניצבת עד היום בלב הגן הלאומי ושמורת הטבע גמלא אשר במרכז הגולן, כ-20 ק״מ דרומית לקצרין. היא היתה עיר יהודית משגשגת בימי בית שני ובזמן המרד הגדול (בשנת 66 לספירה), לחמו תושביה של העיר בנחישות נגד הרומאים. במערכה הראשונה זכו היהודים לניצחון גדול, אך לקראת סוף הקרב השני נדחקו שארית המגינים על נשיהם וטפם לראש הרכס, ובסופו של הקרב הומתו. ‬גמלא העתיקה ממוקמת על שלוחה תלולה במפגש הנחלים דליות וגמלא. השלוחה  ‫מתנשאת כ-230 מ' מעל לסביבתה, שיאה ברום של 330 מטרים‬. לצד עתיקות העיר, ניתן למצוא בשמורת גמלא שילוב מרתק של אתרי טבע והיסטוריה נוספים: שדה דולמנים בני אלפי שנים, מושבת קינון הנשרים בגדולה ביותר בארץ, המפל האיתן הגבוה בארץ ועוד. ראוי לציין כי שמורת הטבע גמלא היא אחד מאתרי הצפרות החשובים בארץ, ובה נמצאת מושבת הלינה והקינון של עופות דורסים הגדולה והמגוונת ביותר בארץ. בשמורה גם מינים רבים של יונקים ומינים ייחודיים ונדירים של דגים ודו-חיים. שמה של גמלא נגזר מהשם ״גמל״ על שם הגבעה דמוית דבשת גמל עליה היא שכנה. שרידיה של העיר העתיקה מעידים על הקרב הקשה שהתחולל במקום ועל סיפור גבורתם של האנשים שהיו במקום. יחד עם זאת עד לאחרונה הדרך היחידה להגיע אל העיר היתה באמצעות הליכה בשביל רגלי מאתגר. מסיבה זו רק פחות ממחצית מהמבקרים בגן הלאומי ביקרו בעיר העתיקה.  כדי לאפשר לכלל הציבור ליהנות מגישה נוחה אל האתר העתיק, הוחלט לצאת בפרויקט שמטרתו ליצור דרך קלה ופשוטה להגיע אל העיר העתיקה. הפרויקט הוא יוזמה של אגף ״מורשת״ במשרד ירושלים ומורשת בשיתוף עם רשות הטבע והגנים. במסגרת הפרויקט נסללה דרך נוחה ובטוחה אל האתר, המתאימה גם לאוטובוסים ולרכבי נכים. בנוסף, בגן הלאומי מופעלת הסעה קבועה אשר מאפשרת גישה למצוק מהחניון העילי. הכביש החדש משרת עתה את עשרות אלפי המבקרים המגיעים מידי שנה לאתר; באמצעותו יכולים המבקרים להגיע בקלות לשרידיה של גמלא העתיקה, להכיר מקרוב את סיפורה המיוחד ולזכות בנתיב חדש אל ההיסטוריה והמורשת המקומית החשובה.    ראשיתה של גמלא גמלא הייתה מרכז חשוב וגדול עוד בתקופת הברונזה הקדומה, שהיתה תקופה משגשגת בגמלא בפרט ובגולן בכלל. היישוב במקום פסק בסביבות אמצע האלף השלישי לפני הספירה. לא ברור מה גרם לחורבנו או לנטישתו, אך במשך כ-2,300 שנה, עד התקופה ההלניסטית, הוא לא נושב מחדש. היום, על סמך מספר מצומצם של ממצאים, נוטים החוקרים לחשוב כי כבר בתקופה הכלקוליתית היה יישוב בגמלא.  בתקופה ההלניסטית, בסביבות אמצע המאה השנייה לפסה”נ, נוסד הישוב מחדש אם כי אז טרם היה הגולן בריבונות יהודית. כאמור, בתקופת הברונזה הקדומה היה במקום ישוב גדול ממדים ולו חומה הרוסה, אשר מקימי המקום זיהו אותה כחומה שהרס יהושע בן נון, ובימי המרד בנו עליה תושבי גמלא את חומת העיר.    העיר היהודית  גמלא מוזכרת בשתי רשימות במקורות חז״ל: במשנה (ערכין ט; ו׳) ובתורת כוהנים (ספרא בהר ד׳, א׳). במקורות אלה היא נמנתה עם הערים שנכבשו בידי יהושע בן נון. ההתיישבות היהודית בגמלא החלה כנראה בתקופת שיבת ציון, אז התיישבו בה עולי בבל. גמלא נזכרת בראשונה מאוחר יותר, בכתבי יוסף בן מתתיהו בתקופת החשמונאים. בתקופה זו היא נכבשה בידי אלכסנדר ינאי סביב שנת 81 לפסה"נ מידי טירן יווני סורי. ינאי השתלט מחדש על השטחים שאריסטובולוס אחיו כבש לפניו, ביסס את שלטונו והרחיק את המושלים המקומיים שלא היו רצויים לא לו ולא לאוכלוסייה היהודית במקום. נראה שבימיו הייתה גמלא לבירת המחוז היהודי גולניטיס במרכז רמת הגולן, וזכתה לצמיחה עצומה.    המרד הגדול  "והרומאים כבשו את כל מבצרי הגליל...וגם העיר גמלא אשר לים כנרת...מרדה עוד ברומאים...כי יושביה בטחו במשגב עירם אשר היתה חזקה אף מיודפת" (יוסף בן מתתיהו,” מלחמות היהודים" ד, א)  ״המרד הגדול״ של העם היהודי נגד האימפריה הרומית התחולל בשנים 66-73 לספירה. המרד נחל הצלחות ראשוניות אך לאחר מכן דוכא באכזריות לאורך מספר שנים של לחימה על ידי הרומאים, שהונהגו על ידי אספסיאנוס ובנו טיטוס. תוצאות הלחימה היו קשות: הגליל וירושלים חרבו, מאות אלפי יהודים נהרגו, נפלו בשבי ונמכרו לעבדות, ובית המקדש השני חרב.  סיפור הקרב מתואר בפירוט בספר "תולדות מלחמת היהודים עם הרומאים" שכתב יוסף בן-מתתיהו, אשר לימים נודע כהיסטוריון יוספוס פלאוויוס. כתביו הם המקור העיקרי למידע שיש בידינו על גמלא ועל תקופה זו.  מצבה הטופוגרפי של גמלא נסך ביטחון בתושביה ולבם היה סמוך ובטוח כי יוכלו לעמוד במלחמה בפני הרומאים. ב"חיי יוסף" פרק 11 ופרקים 71-71 מעלה יוסף את פרשת מרד גמלא ואת תיאור ההכנות למרד בתור מפקד הגליל בזמן ביצור גמלא.    המלחמה ברומאים אספסיאנוס, מפקד הצבא הרומאי, ריכז במחנהו בעכו כוח צבאי נכבד: שלושה לגיונות מפוארים וחיילות עזר שמנו כ-60 אלף איש בקירוב. לאחר שריכז את כוחותיו הוא יצא למלחמה במספר מוקדים בגליל, בהם יודפת ויפיע, טבריה וטריכי.  המלחמה על הגליל הייתה קשה ועקובה מדם. אספסיאנוס כבש יישובים, השמיד כפרים רבים ופגע בשטחי חקלאות נרחבים. שני הצדדים לחמו בעוז ובחירוף נפש.  אחד המהלכים האחרונים של המלחמה על כיבוש הגליל, וללא ספק שיאה, התחולל בגמלא.  כשהגיעו הרומאים לגמלא, החלו במצור על העיר. ככל הנראה המצור נמשך כחודש ימים ובמהלכו נערכו קרבות קשים בין הצרים והנצורים. בשלב מסוים הצליחו הרומאים לפרוץ אל העיר, אך המגינים הניסו אותם. וכך הקרב הראשון על גמלא הסתיים במפלת הרומאים ובנסיגתם.  למרות האבדות הרבות היה זה ניצחון גדול לאנשי גמלא, אך אז התברר להם כי כבר אין כל סיכוי להגיע להסכם עם הרומאים וכי מצב האספקה ומצב המים שלהם הוא בכי רע. עם כל הצרות האלה הוסיפו בני גמלא לעמוד על נפשם ביד חזקה. הצבא הרומי הוסיף לחזק את מאחזיו מול חומת גמלא.  ביום כ"ג בחודש אלול, בשנת 67 לספירה, חדרו שלושה חיילים רומאים לגמלא בחשאי, באשמורת הבוקר, וקעקעו את אחד ממגדליה החשובים. בעקבותיהם פרץ הצבא הרומי כולו, ובראשו טיטוס, אל תוך העיר והחל להעפיל אל ראשה. הצופים על החומה הבחינו בו, הזעיקו את אנשיהם ותפשו את נשקם בידיהם. אחרוני הלוחמים ניסו לבלום את הרומאים בראש הצוק, אך הדבר לא עלה בידם. משנודע לאנשי העיר כי הרומאים באו אל תוך העיר, תפסו את נשיהם ובניהם וסחבו אותם אל ראש ההר. יללות פחד וזעקות הנמלטים הדהדו בכל רחבי העיר, אך היו לוחמים נוספים, אשר יצאו להילחם בצבא טיטוס ונפלו חללים. מי שלא הייתה לו האפשרות לרוץ לראש ההר, נפל בידי הרומאים העולים לעיר. זעקות החללים ואנקותיהם נשמעו בכל מקום. הבורחים נמצאו על פסגת השלוחה, ללא אפשרות לברוח הלאה, וההרג היה רב. נשים, זקנים וילדים נרצחו ללא רחמים בידי החיילים הרומיים. בחפירה נתגלו מאות אבני קלע, וכן ראשי חצים רבים, שנורו ביד ובחצים, ואלה מעידים על עוצמת הקרב שהתחולל כאן. לפי חישובי החופרים נפלו כאלף אבני קלע על כל דונם.  לדברי יוסף בן מתתיהו כאשר נואשו היהודים מעזרה, תפשו רבים את טפם ונשיהם והתגלגלו אתם אל התהום. בספרו הוא מונה כי מספר ההרוגים בידי הרומאים היה 4,000 ולעומתם נמנו 5,000 חללים, אשר נדחקו לראש ההר. רק שתי נשים, בנות אחי פיליפוס בן יקים, ניצלו ממוות בהצליחן להיחבא.  סופם של מגיני גמלא  אחת הנקודות השנויות במחלוקת היא רגעיהם האחרונים של מגיני גמלא, שמספר הלוחמים בה היה קטן ביחס למספר תושביה. לדברי הארכיאולוג שמריה גוטמן (בספרו ״גמלא עיר במרד״), מבנהו של ראש הרכס בגמלא מעיד על כך כי מספר המקומות שמהם יכול אדם לקפוץ ולהיהרג מהנפילה בלבד הוא מועט. קשה גם להעלות על הדעת כי בלהט הקרב היה כוח ארגוני שהיה יכול לרכז ולאחד את ההמון ולשכנעו לבצע התאבדות המונית. לדבריו, סביר יותר כי בלחץ הרומאים נדחקו האנשים שהיו ממילא אחוזים אימה, מעבר לראש הרכס, התגלגלו ורמסו זה את זה למוות בנסותם להימלט במורד התלול בצפון.  בנוסף, יוספוס אף אינו מזכיר במפורש את המלים "שלחו יד בנפשם" או "התאבדו" בקשר לגמלא, אלא צירוף מלים אשר בדרך כלל מתורגם כ"התגלגלו לתהום" ו "התנפלו מראש ההר”.  הן בגלל התנאים הטופוגרפיים והן בגלל מספר האנשים הרב נראה יותר, כי בגמלא אכן הצליחו מקצת האנשים להימלט במורד נחל גמלא לכנרת ומשם, אולי, לגליל.   החפירות את מקומה של גמלא חיפשו החוקרים החל מאמצע המאה ה-19. בשנת 1968 בסקר שערכה רשות שמורות הטבע, הציע יצחקי גל מקיבוץ אפיקים לאתר את גמלא בשלוחת ״א-סנאם״ (שפרושו ׳אוכף׳ או ׳דבשת גמל׳). במקום נערכו סיורי בדיקה, והארכיאולוג שמריהו גוטמן החל בסקר יסודי של האתר וסביבתו, המקיף שטח נרחב של כ-140 דונמים.  עונת החפירות הראשונה, בראשותו של שמריהו גוטמן, החלה ביום 17 ביוני 1976 ונמשכה כחודש וחצי. תחילה התגלה מבנה ציבורי גדול שזוהה כבית כנסת ונחשפו קטעים מהחומה ו"רחוב המדרגות". בהמשך הורחבה החפירה אל הרחוב שממערב למבנה בית הכנסת ונתגלה בו מקווה טהרה. בעת החפירה נתגלו עקבות שרפה גדולה, חורבות של מבנים רבים וביניהם נתגלה בור מים. במשך כמה שנים נתגלו בסיורים ממצאים נוספים שחיזקו את הזיהוי, כגון מטבעות של אלכסנדר ינאי, כמות עצומה של כלי לחימה, חומת עיר, אמת מים, בתי קברות ממערב וממזרח ובורות מים- המאמתים כי אתר זה הוא אכן גמלא ההיסטורית, הלוחמת, המוזכרת בכתבי יוסף בן מתתיהו. לשאלות רבות כגון מתי נוסדה העיר, מה היה מספר תושביה וממה התפרנסו, היכן הם שרידי 9,000 ההרוגים - לא נמצא עדיין מענה ברור.  בכל שטח החורבות נמצאו חרסים מתקופת הברונזה הקדומה במצבורים המעידים על אתר מובהק מן התקופה הזו.  מעניין לדעת כי גמלא נהרסה בחלקה על ידי הרומאים, אך רוב ההרס נגרם מפגעי הטבע, ובעיקר מרעידות אדמה.    תיאור הממצאים החשובים באתר: בית הכנסת (המבנה הציבורי) זהו אולם מוארך, אשר קירו האחורי היה למעשה חלק מחומת העיר. מפנים לקירותיו בנויה מעין במה מוגבהת, שרוחבה 1.80 מ', ומקירותיו יורדות אל רצפת האולם ארבע מדרגות, ששימשו ספסלים לישיבה. רצפת האולם, בין הספסלים לעמודים, עשויה לוחות בזלת מסותתים למשעי, ואילו בתווך אין היא מרוצפת. סמוך לפנייה המערבית, נמצאת בקיר גומחה.  בניגוד לבתי הכנסת של ימי המשנה והתלמוד, בית הכנסת של גמלא שימש גם לכינוסים חילוניים, לישיבות ולחגיגות, ולא רק לתפילה. עקב חפירת חצר בית הכנסת, מקווה הטהרה וחדר הלימוד מתבקשת המסקנה כי לפנינו מרכז קהילתי, שסיפק את צורכי הדת והחברה בעיר יהודית. הוא הוקם, כנראה, בראשית המאה ה-1 לספירה, והיה אחד מששת בתי כנסת הראשונים שהוקמו בעולם בזמן שבית המקדש עדיין עמד על מכונו.  מכלול המקווהאזור זה כולל מקווה טהרה גדול ואמבטיית רחצה במבנה אחד, שהכניסה אליו מרוצפת אבנים, ומערכת מים מזינה אותו ומוליכה ממנו. כל הברכה מטויחת בכמה שכבות של טיח עבה. איכות הטיח ומצב השתמרותו כה טובים , עד כי הוא החזיק את מי הגשם, שנקוו בתוכו בחורף שלאחר חפירתו, עד סוף הקיץ שלאחר מכן.  מכלול בתי הבדבסקרים הראשונים של גמלא התגלה "ים" של בית בד בקצה השלוחה במערב. לימים התברר כי לפחות בתקופה הרומית היה זה ענף הפרנסה העיקרי של יושבי גמלא. עד היום אותרו ארבעה בתי בד ונראה כי יימצאו רבים נוספים. ההכנסות ממכירת אפשרו רמת חיים גבוהה ובניית מבנים מפוארים.    עוד בשמורה:  אתר ההנצחה לתושבי רמת הגולן שנפלו במערכות ישראלבשמורה הוקם אתר הנצחה לתושבי רמת הגולן שנפלו במלחמות ישראל ובפעולות איבה. האתר ממוקם על מצוק טבעי המבותר לשניים, וביום הזיכרון נערך כאן הטקס המרכזי של יישובי רמת הגולן. הכפר דיר קרוח מהתקופה הביזנטית בשמורה נמצאו ושומרו שרידי הכפר הנוצרי דיר קרוח (״דיר״ משמעותו מנזר בערבית) מהמאות 5-4 לספירה. בפינה הצפונית-מזרחית של הכפר שרדו מבנים שלמים, בהם שרידי מנזר שהוקם בתקופה הביזנטית לפני בערך 1500 שנים וכנסיה הבנויה באופן הדומה לכנסיות שנמצאו באזורי הבזלת של ירדן וסוריה.  הדולמניםבתחום שמורת הטבע גמלא התגלו מעל ל-700 דולמנים, המפוזרים בשטח המשתרע מנחל דליות וצפונה. הדולמנים הם מבנים מגליתים (כלומר בנויים מאבנים גדולות) מתקופת הברונזה. הם בנויים לוחות אבן גדולים: שניים ניצבים לקרקע ומשמשים קירות, ועליהם מונח לוח אופקי המהווה את הגג. המבנים נראים כשולחנות אבן גדולים וכבדים, ומכאן נגזר שמם (בברטונית עתיקה: דול=שולחן מן=אבן). מעריכים כי הדולמנים שימשו כמבני קבורה.  השמורה הטבעיתהעיר העתיקה גמלא היא חלק משמורת טבע גדולה וייחודית, שהוקמה בשנת 2003 ומנוהלת על ידי רשות הטבע והגנים. בשמורה עוברים נחל גמלא ונחל דליות וכן המפל האיתן הגבוה בארץ (51 מטרים). יש בה מגוון בתי גידול ומערכות אקולוגיות, שפע של צמחיה טבעית, ומגוון עשיר של עופות ועופות דורסים; בשמורה זו נמצא הריכוז הגדול ביותר, הן במספר המינים השונים והן בצפיפות הקינון, של עופות דורסים המקננים בישראל.  בשמורת הטבע ניתן לטייל בין שבילי הצמחייה הטבעית, ללכת אל מפל מים גבוה, ולצפות בבעלי החיים המקומיים.באתר שבילי הליכה, נקודות תצפית רבות ומרשימות, ובהן מרפסת התצפית מעניקה מבט למעלה על שרידי העיר העתיקה גמלא ועל שרידי בית הכנסת הקדום. מרפסת אחרת צופה אל ראש מפל נחל גמלא. 

שרידי הכפר היהודי המכונה "אום אל עומדן" מצויים בדרום ־מערב העיר מודיעין, לצד כביש 'שדרות החשמונאים' המוביל לכניסה הדרומית של העיר. האתר נחשף בשנים 2001-2000, בחפירת הצלה שנערכה בעקבות תכנית לסלילת כביש. עם חשיפת שרידי היישוב החקלאי ובליבו בית הכנסת, הוחלט להסיט את תוואי הכביש דרומה ולהציג את השרידים הקדומים לציבור. היישוב העתיק מתוארך לתקופה ההלניסטית הקדם ־חשמונאית, מהמאה ה-2 לפני הספירה, התקיים ברציפות עד מרד בר כוכבא, עד המאה ה-2 לספירה. בתקופה הביזנטית נדד מרכז היישוב צפונה, שטח הכפר היהודי כוסה בעפר והוסב לשטח חקלאי. בחלקו הדרומי נחשפו שרידי ישוב יהודי שנוסד במאה השנייה לפני הספירה, בתקופה החשמונאית-הלניסטית, והמשיך להתקיים ברציפות לכל אורך התקופה הרומית הקדומה עד המאה השנייה לספירה. שרידי הישוב היהודי כוללים מערך סמטאות החוצות את הישוב וביניהן גוש מבנים. ממצאי הכפר מקיפים ומציגים את כל תחומי החיים, החל ממבני המגורים, מערכת הסמטות ובית הכנסת. כן נתגלו מתקנים רבים, אחד מהם זוהה כמקווה טהרה, ובית מרחץ. המבנה החשוב מכל השרידים הוא בית הכנסת, שבודדים כמוהו נחשפו עד כה באתרים ארכיאולוגים בארץ. בית הכנסת זה הוא אחד מתוך שבעת בתי הכנסת שנמצאו מתקופת בית שני. בתי הכנסת שהתקיימו בימי בית המקדש השני היוו חוליה מקשרת ראשונה במעלה במעבר שבין ימי הפולחן בבית המקדש לימים שלאחר חורבנו, בהם הפעילות הדתית עברה רובה ככולה לבתי הכנסת. מנהל החפירה מטעם רשות העתיקות, אלכסנדר און, מסר כי מבנה בית הכנסת דומה מבחינת הבנייה והתכנון לבתי הכנסת שנחשפו בחפירות ארכיאולוגיות בגמלא, במצדה ובהרודיון. הממצאים של בית הכנסת מתקופת בית שני הם בעלי ערך תרבותי, ארכיאולוגי ושימורי ברמה הלאומית. בבית הכנסת נתגלו ארבעה ספסלים סביב האולם המרכזי ושתי שורות של ארבעה עמודים בכל צד. בסמוך לבית הכנסת נחשפה חצר גדולה ובה שתי יציאות אשר הובילו למערכת מסתור המתוארכת למאה השנייה לספירה. בחלקו הצפוני, נמצאים שרידי הישוב הביזאנטי. ביניהם כנסיה וממצא גדול של פירטים אדריכליים.

נאות קדומים היא שמורת טבע לאומית שעוצבה ברוח התנ״ך והמקורות. השמורה משתרעת על פני 2500 דונם באזור יער בן שמן. עיצובה של שמורת נאות קדומים שאב את השראתו ממקורות ישראל, מתקופת התנ"ך, מהמקרא ומהתלמוד, ועם השנים הוקמו על אדמתה מתקנים חקלאיים ברוח הימים ההם. כך שוחזרו במקום בתי בד, גתות, מערות, בריכות מים וגנים בוטניים, נשתלו בה צמחי ארץ ישראל העתיקה ובשטחי המרעה שלה משוטטים בעלי חיים רבים ומגוונים, מעזים ועד יחמורים. במהלך השנים הפכה השמורה למרכז לימודי חוויתי עבור תלמידים, בני נוער ומבוגרים מכל המגזרים, ועבור תיירים המגיעים מכל קצוות תבל כדי לראות ולחוש את סיפורי התנ"ך והברית החדשה. נאות קדומים היא תופעה ייחודית, הממלאת ייעוד לאומי ממדרגה ראשונה. היא מקיימת מערכת המציגה את הטבע והחקלאות של ארץ ישראל כפי שנשזרו ונארגו במורשתנו: בתנ"ך, במשנה, בגמרא, במדרשים ובמסורת. היא מקרבת את בני הארץ ואת בני התפוצות אל הארץ ואל צמחיה, תוך גישור בין ימי המקרא והמשנה לימינו אלה. הבוטניקאי וחוקר ארץ-ישראל נגה הראובני היה מהיוזמים העיקריים של הקמת השמורה. בשנת 1964, כ-15 שנים לאחר הקמת המדינה, הוקצו כ-1,500 דונם לנאות קדומים‏. במאי 1965 התקיים כנס יסוד של השמורה בבית הנשיא והחלה הקמת השמורה‏. בשנת 1994 זכה נגה הראובני וצוות נאות קדומים בפרס ישראל על תרומה מיוחדת לחברה ולמדינה.

מאז ומתמיד היתה ירושלים עבור עם ישראל יותר מעיר. היא היתה והנה גם היום מושג וסמל; סמל לתולדות העם מראשית ימיו, דרך תקופות הזוהר של ימי המלוכה, דרך החורבן והגלות ועד לשיבת ציון בימינו. חשיבותה ומקומה המרכזי של ירושלים עבור עם ישראל קיימת עוד מתקופת המקרא, אז הפכה ירושלים להיות לבירה הלאומית ולמרכז הדתי של עם ישראל. לפי המקורות ירושלים היא המקום אשר בו בחר האל, כפי שנכתב בספר מלכים מספר פעמים: ״הָעִיר אֲשֶׁר בָּחַרְתִּי לִי, לָשׂוּם שְׁמִי שָׁם״ (מלכים א, יא, 36). קדושת ירושלים העניקה לעיר מעמד מיוחד גם בעיני הדתות המונותיאיסטיות - הנצרות והאסלאם. הגרעין הקדום של ירושלים הוקם על גבעה הנמצאת דרומית-מזרחית להר הבית, מעבר לחומות העיר שנבנו על ידי העות'מאנים. אתר זה הוכרז כגן הלאומי ״עיר דוד״ והוא למעשה מקום לידתה של העיר ירושלים והמקום בו ניתן למצוא את שרידיה הקדומים ביותר. זהו מקום מפגש ייחודי בין ארכיאולוגיה, היסטוריה ומקרא וללא ספק האתר החשוב בישראל מתקופת בית ראשון. האתר ״עיר דוד״ מהווה חלק מהגן הלאומי הגדול יותר ״סובב חומות ירושלים”. הוא מנוהל על ידי רשות הטבע והגנים ומתופעל על ידי עמותת אלע”ד. באתר קיימים ממצאים מרשימים רבים ובהם חומות, מגדלים וביצורים שהגנו על העיר, מערכות מים גדולות ומשוכללות, מבנים שלטוניים ומיצגים רבים הממחישים את סיפרה הקדום של העיר, כפי שהוא משתקף מהממצאים הארכיאולוגיים ומפרקי התנ״ך. כמו כן מתבצע בעיר דוד שימור, מחקר וחינוך אודות ראשית יישובה של העיר.   היישוב הקדום - ראשיתה של ירושלים אין אנו יודעים במדויק מתי החלו לשבת בירושלים. הממצא הקדום ביותר הינו של שברי חרסים שנמצאו באזור מעיין הגיחון המתוארכים לסוף האלף השלישי והאלף הרביעי לפנה”ס (התקופה הכלקוליתית), אם כי לא נתגלו שרידים בנויים מתקופה זו (ועל כן אין להניח שהיה שם ישוב). לקראת סוף האלף השלישי ובראשית האלף השני (תקופת הברונזה) נבנו יישובי קבע חדשים בארץ ישראל, ובתקופה זו החל גם יישוב הקבע בירושלים. כאמור, הגרעין ההתיישבותי הקדום של ירושלים החל את קיומו בשטחה של ״עיר דוד״ של היום: בגבעה הממוקמת מדרום-מזרח לעיר העתיקה, אשר פסגתה מגיעה לגובה של 743 מטרים מעל פני הים. מתחת לשלוחה זו, באפיק נחל קדרון, נובע מעיין הגיחון. זהו מעיין קרסטי, שמימיו מגיחים ונפסקים חליפות, וייתכן שמכאן המקור לשמו. ביצורים מהתקופה הכנענית בעיר דוד (צילם: עמוס בן-גרשום, לע"מ).   על העיר הכנענית שהיתה במיקום זה, לפני תקופתו של דוד המלך, ניתן ללמוד מממצאים ארכיאולוגיים, תעודות כתובות חיצוניות, ורמזים במקרא. העדות הכתובה הקדומה ביותר שבה מופיע שם העיר בשלמותו היא בשתי הקבוצות של כתבי המארות המצריים מן המאות 18-19 לפנה"ס. מידע על ארץ ישראל במחצית הראשונה של המאה ה 14 לפנה"ס נמצא בארכיון המלכותי באל עמרנה שבמצרים. מהמכתבים אפשר ללמוד, שירושלים היא אחת מערי הממלכה החשובות בארץ, אך אין לה יתרון מיוחד על שכנותיה.המקרא מביא לנו תיאורים ספורים בלבד של העיר ירושלים בתקופה הכנענית, הקושרים את העיר אל מיקום התרחשותה של עקדת יצחק: ״ב וַיֹּאמֶר קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק, וְלֶךְ-לְךָ, אֶל-אֶרֶץ הַמֹּרִיָּה; וְהַעֲלֵהוּ שָׁם, לְעֹלָה״ ( בראשית כ״ב, 2). מדובר באחד ההרים שב"ארץ מוריה" ואילו בעל ספר דברי הימים זיהה את ההר שבו הוקם המקדש כהר המוריה: ״וַיָּחֶל שְׁלֹמֹה, לִבְנוֹת אֶת-בֵּית-יְהוָה בִּירוּשָׁלִַם, בְּהַר הַמּוֹרִיָּה, אֲשֶׁר נִרְאָה לְדָוִיד אָבִיהוּ״ (דברי הימים ב, ג׳, 1).   ירושלים בתקופת ההתנחלות והשופטים במקרא מצוירות לפחות שתי תמונות שונות של כיבוש הארץ: האחת מלמדת על כיבוש צבאי לאומי אחיד, מהיר יחסית ומוצלח, תחת שרביטו של המנהיג הלאומי יהושע. תמונה אחרת היא של כיבוש מקומי המתבצע על ידי שבטים ומשפחות, כיבוש הדרגתי ואיטי, הנושא בחלקו אופי של חדירה והתיישבות לא מלחמתית. השתקפותן של תמונות מקראיות אלו בממצאים הארכיאולוגיים היתה מקור לחילוקי דעות בין החוקרים, ונושאים רבים עדיין שנויים במחלוקת. ירושלים נזכרת במקרא בשני התהליכים. יש מידע רב אודותיה, אלא שלא פשוט לפענחו ולגבשו לכלל תמונה בהירה. המקרא מתעלם לחלוטין מתיאור כיבושה של ירושלים העיר בידי יהושע. אמנם מסופר שחמשת המלכים, ובראשם מלך ירושלים, נפלו במקדה, ושמלך ירושלים נמנה עם שלושים ואחד המלכים המנוצחים (יהושע י״ב, 10) אך אין כל אזכור באשר לגורל העיר עצמה.   ירושלים הופכת לבירת ישראל בתקופת דוד המלך - נכבשה ירושלים והפכה לבירת הממלכה המאוחדת. מגמת בחירתה היתה להביא לאחדות הממלכה כולה. דוד לא הסתפק בכיבושה של העיר, ואת מעמדה החדש הוא ביסס בישיבתו בה, בשינוי שמה ובמפעלי בנייה. רק לאחר מכן מתואר בניין ארמונו. מכאן הולכת ונגללת לפנינו פרשת ניסיונו של דוד להקנות לירושלים מעמד של בכורה לאומית ומרכז דתי בלעדי. דוד ניסה להעלות את ארון הברית לירושלים ולהקים בה בית לה׳. הנימוק המקובל לדחיית בניית המקדש הינו היות דוד "איש דמים" שהרבה במלחמות. שלמה, בנו של דוד, המשיך את מפעלי הבנייה של דוד בירושלים, אך גולת הכותרת של מפעלו היתה בניית בית המקדש. ירושלים, שבמרכזה המקדש, הופכת להיות בירה לאומית. חיזוקה של ממלכת שלמה הביא לכך שהיתה גם למרכז בינלאומי ומרכז דתי. במשך דורות התחוללו תהליכים היסטוריים רבי משמעות, שהובילו אט אט להפיכתה של ירושלים לישות מדינית דתית מיוחדת במינה, גם במושגים עולמיים. למרות זאת, ההכרזה המפורשת אודות עצם בחירתה בידי האל מושמעת רק בזמן בו העיר עמדה בפני ירידה ממשית בגדולתה ההיסטורית, כבירתה של ממלכת יהודה אשר נפרדה ממלכת ישראל: ״כִּי כֹה אָמַר יְהוָה אֱלֹהֵי יִשְׂרָאֵל, הִנְנִי קֹרֵעַ אֶת-הַמַּמְלָכָה מִיַּד שְׁלֹמֹה…וְלִבְנוֹ, אֶתֵּן שֵׁבֶט-אֶחָד--לְמַעַן הֱיוֹת-נִיר לְדָוִיד-עַבְדִּי כָּל-הַיָּמִים לְפָנַי, בִּירוּשָׁלִַם, הָעִיר אֲשֶׁר בָּחַרְתִּי לִי, לָשׂוּם שְׁמִי שָׁם״ ‫(מלכים א׳‫,י״א‫, 30-36) המקדש בירושלים המשיך ללא ספק להוות מרכז דתי מקומי. עם זאת, במשך מאות השנים שלאחר פירוד ממלכת ישראל ממלכת יהודה, כאשר ירושלים נעשתה בירתה של ממלכתה יהודה, חל פיחות משמעותי במעמדה של ירושלים. דגם של ירושלים בימי בית ראשון, המוצג במוזיאון ארצות המקרא (צילם: אריאל רייטנר).   תקופת חזקיהו בימיו של חזקיהו מלך יהודה (מאה 8-7 לפה״ס) נתחדש המאבק מול האימפריה האשורית. חזקיהו, שהעריך כי צבא אשורי יצא למאבק במורדים פתח במבצע ביצורים רב היקף בכל יהודה ובירושלים בפרט. חומות שופצו ופרצות נסגרו‏.  מפעלו השני של חזקיהו המלך היה הבאת המים לעיר. לשם כך חצב חזקיהו נקבה, הקרויה כיום על שמו - נקבת חזקיהו, באורך של קרוב ל-500 מטרים, אשר עוברת תחת בתי עיר דוד מצפון-מזרח לדרום-מערב, ומנקזת את מי הגיחון לתוך בריכת השילוח. תהליך חציבתה נחשב להישג הנדסי מרשים. בימי צדקיהו חזרה יהודה ונכבשה כליל, ובסופו של דבר, בשנת 586 לפנה"ס, בחודש אב, כבשו הבבלים את העיר והחריבו אותה עד היסוד (מלכים ב', כ"ה, ח'–ט').    נקבת חזקיהו (צילם: עמוס בן-גרשום, לע"מ)   משיבת ציון ועד לימינו בימי שיבת ציון (סוף המאה השישית לפנה"ס), נבנה בית המקדש השני והתחדש היישוב היהודי בירושלים. נחמיה הפחה (444 לפנה''ס) שיקם את חומות העיר ההרוסות בתוך תחומה המצומצם של עיר דוד ההיסטורית. לאחר מרד החשמונאים (אמצע המאה השנייה לפנה"ס) חזרה העיר למעמד של בירת הממלכה. בתקופת הבית השני התרחבה ירושלים בשנית לעבר הגבעה המערבית, שהפכה למוקד העיר ולמשכן האצולה. בשנת 70 לספירה, עם חורבן הבית השני, חרבה גם עיר דוד. לאחר דיכוי מרד בר כוכבא (בשנת 135 לספירה), ייסד הקיסר הרומאי הדריאנוס את עירו הפגאנית אִיליה קפיטולינה על חורבות ירושלים. בתקופה הביזנטית נבנתה שכונת מגורים גדולה בצפון הגבעה, ואילו בדרומה, סמוך לברֵכת השילוח, נבנתה כנסיית השילוח. במאה ה-11 לספירה הוסט תוואי החומה הדרומית של ירושלים צפונה, ועיר דוד נשארה מחוץ לתחומי העיר. במהלך השנים נשכח מקומה של עיר דוד, והגבעה ננטשה וחולקה לשטחים חקלאיים. בשלהי התקופה העות'מאנית התחדש היישוב בגבעה, כאשר מספר משפחות יהודיות בנו את ביתן בצִדה הדרומי (מ-1873 ואילך). שנים אחדות אחר כך באו לירושלים בני העדה התימנית, שעלו ארצה בעליית 'אעלה בתמ"ר' (תרמ''ב, 1882). התימנים בנו את שכונתם בכפר השילוח, הסמוך לכפר הערבי סילוואן. רק בסוף המאה ה-19, עם תחילת המחקר הארכאולוגי בירושלים, נחשפו בגבעה ממצאים שהובילו לזיהויה עם ירושלים הקדומה, ומאז ועד היום הייתה עיר דוד לתל הנחפר ביותר בתולדות המחקר הארכאולוגי. מראה אזור עיר דוד בתחילת המאה ה-20 (מתוך אוסף המושבה האמריקאית, באדיבות ספריית הקונגרס).   החפירות הארכיאולוגיות במאה ה-19, עם תחילת המחקר הארכיאולוגי בירושלים, מספר משלחות חופרים החלו לגלות ענין בשרידים העתיקים שנחשפו בעיר דוד. בעקבות החפירות הארכיאולוגיות נתגלתה העיר המקראית מחדש. החפירה הראשונה באתר נעשתה בשנת 1867, בידי צ’רלס וורן, שנכנס למעיין, ממנו המשיך לזחול במנהרה. כאן גילה את מערכת המים המכונה מאז בשמו 'מערכת פיר וורן’. בתוך מערכת פיר וורן (צילם: עמוס בן-גרשום, לע"מ).   בשנים 1978-1985 נערכה חפירה ארוכה ונרחבת בעיר דוד בראשותו של פרופסור יגאל שילה (1937- 1987), מהאוניברסיטה העברית בירושלים. הוא היה הראשון שניהל חפירה ארכיאולוגית רחבת היקף בעיר דוד תחת שלטון ישראל ומחקריו עדיין נחשבים לאחד מעמודי היסוד של המחקר בתחום זה. בעשרים השנים שלאחר מכן נערכו במקום חפירות רבות נוספות, בין היתר התבצעו חפירות בראשותם של פרופסור רוני ריין מאוניברסיטת חיפה, אלי שוקרון מרשות העתיקות, ד״ר דורון בן עמי וד״ר אילת מזר מהאוניברסיטה העברית בירושלים. גם בימים אלו החפירות נמשכות במספר מוקדים שונים באתר.

יודפת היא עיר יהודית עתיקה, שיושבה ככל הנראה עוד בתקופת בית חשמונאי, סביב המאה הראשונה לפני הספירה. בשנת 67 לספירה, יודפת היתה העיר הראשונה שהותקפה על ידי הרומאים בתגובה למרד היהודי הגדול. התקפה זו כללה מצור קשה ומתמשך של 47 יום, שבסופו הרסו הרומאים את העיר עד היסוד והרגו את רוב התושבים. לאחר המרד נבנתה יודפת מחדש, והיישוב היהודי המשיך להתקיים בה. בין הממצאים השונים שנתגלו במקום, נחשפו מקוואות הטהרה, כלי האבן יהודיים אופייניים ומטבעות חשמונאים במספר רב. גולת הכותרת של החפירות היתה גילויים של תמשיחים צבעוניים (פרסקו) שנשתמרו ברמה יוצאת מן הכלל לגובה 1‪.3 מטרים על פני הקירות ועל פני הרצפה כולה. בנוסף לאלו התגלו גם ראשי חצים של קשתות, אבני בליסטראות, ושרידים המצביעים על חורבן ושרפה. אתר יודפת הוכרז כגן לאומי רשמי בדצמבר 2014. במסגרת פרויקט של ״ציוני דרך״ בוצעו באתר יודפת שימור, שחזור ושילוט הכוונה. במקביל, נערכה חפירה ארכיאולוגית נקודתית וכן שימור ושיחזור של אזורי מפתח. בנוסף לאלו נסללה באתר דרך גישה חדשה, המסתעפת מדרך הכניסה ליודפת ומאפשרת לכלי רכב ואוטובוסים להגיע עד למרגלות התל, שם הוסדרה חניה. יודפת העתיקה ממוקמת בלב רכס הרי יוטבת שבמרכז הגליל התחתון, דרומית מזרחית למושב יודפת המודרני. היא ניצבת על ראש גבעה שמורדותיה תלולים מאוד בגובה של 419 מטרים, כשהיא בולטת בין ההרים והגבעות שסביבה. ביודפת היה ישוב יהודי ככל הנראה מהתקופה החשמונאית (המאה הראשונה לפני הספירה). לישוב יהודי זה היה חלק חשוב מסיפורו של המרד היהודי הגדול בשנים 66-67 לספירה: במקום זה נערך הקרב הראשון בין היהודים לרומאים (מלחמות היהודים פרק ג׳ 7-8). קרב זה היה קרב ארוך ודרמטי הכלל מצור מתמשך, ונגמר בהרס העיר. יודפת בתחילת דרכה השרידים העתיקים ביותר שנמצאו במקום הם מן התקופה ההלניסטית המוקדמת, מן המאות ה-4 וה-3 לפנה"ס. על פי ממצאים אלו, יש חוקרים המסיקים כי בתקופה זו הייתה יודפת ישוב קטן שתושביו נוכריים ורק עם כיבוש הגליל על ידי מלכי בית חשמונאי החלה להתיישב במקום אוכלוסייה יהודית. פרט לאזכורה בכתביו של יוסף בן מתתיהו, יודפת העתיקה (המזוהה לעתים עם ״יוטב״) נזכרת גם במקורות יהודיים שלאחר חורבן בית שני. במשנה היא נמנית ברשימת הערים מוקפות החומה: ״ואלו הן בתי ערי חומה: שלוש חצרות של שני בתים מוקפות חומה מימות יהושוע בן נון--כגון…יודפת הישנה״ (משנה, מסכת ערכין, פרק ט׳ משנה ו׳). אף שהמשנה מייחסת את קיום ערים אלו לימי יהושע בן נון, בחפירות יודפת וברוב הערים האחרות שברשימה לא נמצאו חרסים מתקופת המקרא. נראה אפוא כי בביטוי המופלג "מימות יהושע בן נון " ביקשו חז"ל לבטא את קדמותן ואת חשיבותן של הערים הללו בלי להתייחס במדויק לתולדותיהן. המרד הגדול על קורות העיר בתקופה זו אנו למדים מהממצאים בשטח, ומכתביו של יוסף בן מתתיהו, שהם המקור העיקרי והיחידי הכתוב למידע על מאורעות אלו. חוקרים מציינים כי לא היה מוסמך ובקיא מיוסף בן מתתיהו בצד הרומאי והיהודי, וכי הסיפור אמין בכללו. יחד עם זאת יש לקחת בחשבון כי ללמידה ממקור אחד יש מגבלות ויתכנו הגזמות ותיאורים לא מדויקים בסיפור. בתקופת המרד היהודי הגדול (66-67 לספירה) היה יוסף בן מתתיהו (יוספוס פלביוס) מנהיג המרד בגליל ובגולן כנגד צבא רומא. הוא ביצר את יודפת ששימשה גם כמפקדתו הראשית. בעקבות המרד הגדול שלח הקיסר נירון לקרב את בכיר מצביאיו אספסיאנוס ואת בנו טיטוס בראש שלושה לגיונות מלאים, יחידות מלגיון נוסף וכוחות עזר שמנו בסך הכל 60,000 חיילים. מורדים רבים מהגליל התרכזו ביודפת. הרומאים רצו לדכא את המתקוממים בגליל וראו בכיבוש יודפת מבצע מרכזי במסע לכיבוש הגליל, אשר היה שלב מוקדם לחדירתו דרומה לארץ יהודה. בשנת 67 לספירה הגיע הצבא לתקוף את יודפת. מולם עמדו אנשי הגליל היהודים, שמעריכים כי מספרם היה סביב 4,500 איש (בכתביו של יוסף בן מתתיהו מתואר מספר גדול יותר אך מעריכים כי הוא מוגזם) שהתבצרו בערים שונות בגליל. במשך 47 יום הטילו הרומאים מצור על העיר, תוך שהם מנסים לכבוש אותה בהתקפות חזיתיות, בהרעשה כבדה של למעלה מ-100 מכונות ירי ובקרב הבקעה של סוללות ומכונות מצור. הקרבות היו בלתי פוסקים וגבו קורבנות כבדים משני הצדדים. היהודים לחמו בגבורה ובחירוף נפש נגד הצבא הרומי, אך לבסוף נכבשה העיר בפשיטה גדולה. העיר עצמה נהרסה עד היסוד וחומותיה נשרפו. רבים מתושביה נטבחו על ידי הרומאים ויוסף עצמו נפל בשבי והועבר למחנה שבויים. לאחר מכן הרסו הרומאים המשיכו לטבריה, למגדל ולגמלא. הקרב ביודפת היה הראשון במסגרת מרד היהודים ברומאים שהסתיים בנפילת מצדה שש שנים לאחר מכן. לדברי יוסף בן מתתיהו בוגד יהודי שנמלט מן העיר ונתפס, מסר לרומאים כי היהודים בעיר תשושים ועייפים, ומגני העיר ישנים באשמורת האחרונה. אספסיאנוס ניצל מידע רב ערך זה והעלה כוח רומי מובחר על החומה כאשר מגיני העיר ישנו. החוקרים אינם בטוחים כי מידע זה מהימן, אך נטען כי לאחר התשה כה רבה היו הרומאים מצליחים להתפרץ לעיר גם ללא עצתו של העריק. סיפור נוסף השנוי במחלקות מספר על התאבדותם של חלק מהניצולים, גם כאן, בשל העימות עם הממצאים בשטח, חלק מן החוקרים מטילים ספק במהימנות המידע. הסיפור על התאבדות המונית היה נפוץ בתקופת הרומאים ובא להדגיש את אימת המלחמה.   לאחר המרד כעבור זמן הוקמה יודפת החדשה על המדרון הדרומי של הר מימין. באתר זה נמצאו שרידי קירות, מזוזות בפתחי בתים, בורות מים ומבנה בעל עמודים- אולי בית כנסת. החוקרים קבעו שיודפת החדשה הייתה מיושבת מהתקופה הרומית המאוחרת, התקופה הביזאנטית, הערבית הקדומה וימי הביניים, כלומר מבערך המאה השנייה לספירה, מאות בשנים.   החפירות הארכיאולוגיות והממצאים סקרים שונים נערכו באתר וסביבתו במהלך המאה ה-20, וב-1990 התבצעה חפירה ראשונה במקום, שהייתה מוגבלת בהיקפה לבית בד באחת המערות. בשנים 2000-1992 ניהל מרדכי אביעם כ-7 עונות חפירה ביודפת מטעם אוניברסיטת רוצ׳סטר שבמדינת ניו יורק ורשות העתיקות. בחפירות נחשפו שרידי בתי העיר, ביצוריה ובורות המים שלה וכן נמצאו עדויות ברורות לקרב הכבד שהתנהל במקום. בנוסף נמצאו במקום כ-1600 ראשי חצים רומאים, אבנים שנורו מבליסטראות, חלקי שריון של חייל רומאי ושרידי עצמות אדם שנטבחו ונשרפו- ככל הנראה של התושבים במקום. אתר יודפת הוכרז כגן לאומי רשמי בדצמבר 2014. בין הממצאים: החומה הצפונית : בשטח זה נחשפו חומות מכמה שלבים. השלב הקדום ביותר שייך לימי בית חשמונאי (ראשית המאה הראשונה לפנה”ס). שרידי חומות אלו שימשו כנראה את בוני החומות בזמן המרד הגדול, ובמקום שבו הן היו הרוסות לגמרי ולא היה אפשר לשפצן, נבנתה חומה חדשה. במהלך המרד מולאו חלק מהסתרים באבנים כדי לחזקה. בהמשך נבנתה החומה כחומה מלאה ברובה. במדרון למרגלות החומה נמצאו בחפירה שרידי סוללת המצור הרומית שאינם נראים כיום על פני השטח. בחפירות באזור זה נמצאו ראשי חצים של קשתות, אבני בליסטראות ומסמרים קטנים של סנדלי החיילים הרומים. הסנדל המסומר היה חלק מלבושו התקני של החייל הרומי, כפי שמעיד יוסף בן מתתיהו בתארו שר מאה רומי ששמו יולינוס שהשתתף באחת ההתקפות על המקדש.  בורות המים: לאורך המסלולים ניתן להבחין בפתחיהם של בורות מים רבים שבהם הייתה תלויה כאמור כל אספקת המים של התושבים, בחלקם נותר הטיח. המקלט התת קרקעי: החומה המערבית היורדת מן הגבעה אל שולי הכתף בנויה בהתחלה כחומה מלאה בעובי של כשני מטרים ובהמשך היא הופכת להיות חומת סוגרים (חומה כפולה מחולקת לחדרים באמצעות מחיצות רוחב). באחד מהסוגרים הקטנים נתגלה פתחו של פיר אנכי חצוב בסלע בעומק של מטר וחצי שניתן לסגור אותו בדלת. דרכו ירדו למנהרה המובילה לשלושה חללים תת קרקעיים בשתי קומות. בחללים נמצאו כלי חרס ומטמון מטבעות כסף מימי הקיסר נירו. אין ספק כי מערכת זו נחצבה עם בניית החומה כדי להתכונן למלחמה ולהימלט לשם בעת הצורך. כבשן יוצרים: בצד המזרחי של השלוחה נבנתה החומה המלאה על גבי כבשן לצריפת כלי חרס, תוך ביטולו. בחפירת כבשן זה הוכח כי יוצרו בו קנקנים זהים לאלו שנמצאו על רצפות הבתים ההרוסים. מכאן ברור כי הוא עדיין היה בשימוש באותה תקופה שבה חיו תושבי העיר האחרונים, ורק בבוא שעת החירום של המרד הוא חדל לשמש. זו דוגמה הממחישה היטב את מצוקת אנשי יודפת ואת חששם מסכנת הכיבוש הרומי. הם נאלצו לוותר על מבני מגורים ועל מתקני מלאכה שעמדו בדרכה של החומה, וזו נבנתה בחיפזון וללא יסודות עמוקים. רובע מגורים: ברובע זה התגלו מבנים הרוסים כמעט לחלוטין שחלק מהם גם שרופים. על רצפות הבתים התגלו חפצי היום יום: כלי חרס, כלי אבן, משקולות נול ומטבעות, ובצדם גם ראשי חצים מברזל ואבני בליסטראות שירו הרומאים. בשניים מן הבתים התגלו מקוואות טהרה. מתקנים אלה, הייחודיים ליישובים יהודיים, עשויים מברכה קטנה חצובה בסלע שאליה ירדו בכמה מדרגות כשהכול מטויח היטב. מקוואות הטהרה, כלי האבן - המאפיינים גם הם אוכלוסייה יהודית בימי הבית השני - והמטבעות החשמונאים שנתגלו במספר רב, מעידים כי אוכלוסיית העיר ברובה הגדול ( ואולי אף כולה ) הייתה יהודית. רובע מגורים נוסף: מעט מעל השטח הקודם נחשפו בתים מדורגים של רובע מגורים נוסף. גם כאן השרידים מצביעים על חורבן ושרפה בימי הקיסר נירון. בתוך שטח החפירה נחשף פתחו של בור מים ובתוכו התגלתה ערמה גדולה של עצמות אדם וגולגולות שנאספו לכאן. על פי התאריך העולה מן הממצאים שבבור ומעליו ניתן לקבוע כי עצמות אלו קשורות למלחמה שהתנהלה בעיר בימי הקיסר נירון. בכמה מהעצמות והגולגולות אף התגלו סימני הכאה במכשירים חדים. ככל הנראה אלו הן עצמות חללי יודפת שנאספו שנים מספר לאחר המלחמה על ידי קרוביהם ונקברו בחופזה בתוך בורות המים. בסמוך נמצאה אבן שטוחה שבשני צדדיה חרותים ציורים: בציור האחד מתואר מבנה קבורה מפואר והציור השני הוא של סרטן, המזל המתאר את חודש תמוז. לדברי יוסף בן מתתיהו, יודפת נפלה בא' בתמוז. מכאן ניתן לשער שאת הציורים הללו חרט על אבן שדה אחד מתושבי העיר הנצורה שחש את סופה הקרב והביע את רגשותיו בציור, כאומר "אנו נמות בתמוז”. המדרון המזרחי ורובע מגורים מדורג: אחד מן הבתים העליונים היה גולת הכותרת של החפירות. על קירותיו ועל רצפתו התגלו תמשיחים צבעוניים (פרסקו) שנשתמרו ברמה יוצאת מן הכלל לגובה 1‪.3 מטרים על פני הקירות ועל פני הרצפה כולה. תמשיחי קיר כאלו נמצאו בארמונות הורדוס ובבתי העשירים בירושלים, בקיסריה ובגמלא, אך תמשיחי רצפה התגלו עד היום רק בתאטרון ההרודיאני בקיסריה, ומציאתם ביודפת מעידה על עושרה הרב של המשפחה שגרה כאן. על רצפת הפרסקו נמצאו עצמות אדם וראשי חצים מברזל המעידים כי מבנה מפואר זה התקיים עד ליום חורבן העיר. מכיוון שאין באתר שמירה ותחזוקה, לא היה מנוס אלא להוציא את תמשיחי הקיר ולשמרם בתנאים נאותים ולכסות את שאר המבנה. בור המים שבתוכו התגלתה ערימה של עצמות אדם וגולגלות, ובפתחו אנדרטה עם ציטוט מתוך "תולדות מלחמת היהודים עם הרומאים" של יוסף בן מתתיהו: "ביום ההוא המיתו הרומאים רק את ההמון אשר ראו עיניהם. ובימים הבאים חקרו את המחבואים ושחטו את האנשים אשר הסתתרו במנהרות ובמערות, והמיתו זקן ונער, ורק לנשים ולעוללים נתנו את נפשם לשלל".   יודפת המודרנית בשנת 1960 הוקם המושב השיתופי יודפת הנמצא בגליל התחתון והממוקם כק"מ צפונית לאתר בו הייתה מצויה העיר הקדומה. המושב שייך למועצה אזורית משגב.

מצודת ירושלים, המכונה מגדל דוד, הנה אחד המבנים ההיסטוריים הקדומים ביותר בירושלים. המצודה ממוקמת בפינה הצפון – מערבית של הגבעה המערבית להר הבית ולעיר דוד. נקודה זו היא נקודת התורפה של ירושלים שכן בדיוק במקום זה נפגשים גיא בן-הינום ונחל הערב המקיפים את הגבעה המערבית ממערב ומצפון וכך נוצר מעבר נוח יחסית אל העיר, עובדה החושפת את העיר להתקפות אויבים ופולשים. תפקידה של המצודה הוא להגן על העיר מפני התקפות אלה. הבניה באזור המצודה החלה כבר בתקופת בית ראשון. עם התפשטות העיר והתרחבותה לכיוון הגבעה המערבית הורגש הצורך הדחוף בהגנת תושבי העיר באזור החדש. ואכן, באזור המצודה נמצאו שרידי חומה אשר נבנתה ככל הנראה בימיו של חזקיהו המלך (725-698 לפנה"ס). קטע חומה שנחפר במתחם הקישלה שבמגדל דוד ומתוארך לימי בית ראשון (צילמה: ורד פיצ'רסקי)   בתקופת החשמונאים נבנתה חומה, על תוואי החומה מימי בית ראשון. במסגרת בניה זו נבנו גם מגדלי שמירה באזור המצודה ולראשונה הפך אזור זה לאזור המוגן ביותר בעיר. במצודה נתגלו אבני בליסטראות אשר שימשו, ככל הנראה, את אנטיוכוס סידטס, שצר על ירושלים בתקופתו של יוחנן הורקנוס (135-104 לפני הספירה) . המלך הורדוס (40-4 לפנה"ס), אשר החליף את השושלת החשמונאית הגביר מגמה זו. הוא בנה באזור המצודה את ארמונו והקים בצמוד אליו שלושה מגדלי שמירה מפוארים, היפיקוס, פצאל ומרים. הרומאים, אשר החריבו את ירושלים בשנת 70 לספירה לא הרסו את המגדלים, אשר שימשו עדות לעצמתה של ירושלים וכן שימשו את הרומאים למחנה הלגיון העשירי. במאה הרביעית לספירה קיבלה האימפריה הרומית את הדת הנוצרית ותחת שלטונו של הקיסר קונסטנטינוס (311-337 לספירה) הפכה האימפריה הרומית לאימפריה הביזנטית, אשר הנצרות היתה בה הדת הדומיננטית. שינוי דתי זה הביא לשינוי משמעותי במעמדה של ירושלים ובתפקידה של המצודה. כעת נותר בה רק מגדל אחד מימיו של הורדוס, מגדל פצאל, ואזור המצודה הפך למקום מושבם של נזירים. בתקופה הביזנטית החלו לקרוא למגדל פצאל "מגדל דוד" בגלל טעות של עולי הרגל הרבים שהגיעו לעיר וציפו למצוא שרידים מימיו של דוד. בשנת 638 כבשו הכוחות המוסלמיים את ירושלים. המוסלמים בנו בסמוך למגדל פצאל מגדל שמירה עגול ובנו חומות, שחיברו בין המגדלים, כך נוצרה לראשונה מצודה סגורה במקום, אשר שימשה להגנה ולמגורי חיילים. הצלבנים, אשר כבשו את ירושלים בשנת 1099,  הקימו באזור המצודה את ארמון מלך ירושלים ומגדל פצאל (מגדל דוד בלשונם של הצלבנים) היה חלק מסמלו של מלך ירושלים. באותה תקופה קיבלה המצודה את התווי הכללי הקיים עד היום. אז נוסף למבנה המצודה מלבד חומות ומגדלים גם חפיר שהקשה את הגישה לחומות. בתקופה האיובית (1187-1260) נהרסה המצודה ושוקמה רק במאה ה – 14, על ידי הממלוכים. המבנה הכללי של המצודה, נשאר כפי שהיה בתקופה הצלבנית, מלבד מגדלים אחדים ומבנים קטנים למגורי החיילים שנוספו. ירושלים נכבשה ע"י האימפריה העות'מאנית בשנת 1517. הסולטאן סולימאן המפואר, אשר הקים את חומות העיר שאנו מכירים כיום, החל גם בשיפוץ המצודה. במסגרת שיפוץ זה נוספו שער חיצוני, גשר ורחבת משמר. בשלבים מאוחרים יותר נבנה שער פנימי, ביצור קדמי עם חפיר וחומה להצבת תותחים וכן מסגד פתוח בכניסה הראשית למצודה. גם בתוך המצודה עצמה נבנה מסגד חדש וצריח, שנועד לקריאה לתפילת המוסלמים (מינארט). החל מתקופה זו נקרא צריח זה בשם "מגדל דוד", שם הקיים עד ימינו. הבריטים, אשר כבשו את ירושלים מידי העות'מאנים בשנת 1917, החלו בחפירות ארכיאולוגיות במקום והתייחסו אל המצודה כאתר היסטורי, בו התקיימו תערוכות אומנות ומופעי תרבות שונים. לאחר מלחמת השחרור, שבה ותפקדה המצודה כאתר צבאי ועל חומות המצודה עמדו חיילים ירדניים, אשר צפו על הנעשה בחלק המערבי של העיר, שהיה חלק ממדינת ישראל. בחלק מסוים של המצודה אף הועמדו תותחים שכוונו לאזור הישראלי.  לאחר מלחמת ששת הימים ואיחודה של ירושלים תחת שלטון ישראלי הוחלט על הפיכת המקום למוזיאון לתולדות ירושלים. ביזמתו של מירון בנבנישתי, שהיה סגן ראש העיר וטדי קולק, ראש העיר, נערכו במקום חפירות ארכאולוגיות ובמקום הוצבה תערוכה חדשנית וחווייתית המתארת את תולדותיה של העיר המיוחדת ומרתקת הזו. בשנת 1989 נפתח במקום מוזיאון מגדל דוד – המוזיאון לתולדות ירושלים, בסיועם של קרן ויויאן קלור – דאפילד וקרן קלור באמצעות 'קרן ירושלים'. בחדרי המשמר של המצודה ממוקמת תערוכת הקבע של המוזיאון, המציגה את סיפורה של ירושלים על פני 4000 שנה, מהתקופה הכנענית ועד לאיחודה מחדש של העיר בשנת 1967. בחצר המצודה נמצאים שרידים ארכיאולוגיים, המתעדים כל תקופה ותקופה בתולדות העיר, החל בשרידיה של מחצבה מימי בית ראשון, דרך חומת חזקיהו, החומה החשמונאית, המגדל ההרודיאני והצריח העות'מאני המוכר כ"מגדל דוד". אודות השם ״מגדל דוד״ אף שהמצודה מכונה "מגדל דוד", אין כל קשר בינה לבין דוד המלך. שורשיה של הטעות נעוצים בתקופה הביזאנטית בפירוש מוטעה של כתבי יוסף בן מתתיהו על ידי אבות הכנסייה, אשר שייכו את מגדל פצאל לדוד המלך. אז נהגו לזהות בטעות את הגבעה עליה ניצבת המצודה עם העיר המקראית שבנה דוד (לימים זוהה מיקומה של עיר דוד למרגלותיו של הר-המוריה). המוסלמים כבשו את ירושלים במאה השביעית, ואף הם קישרו את מגדל פצאל עם דוד המלך וכינו אותו "מחראב נבי-דאוד". במאה ה-19, עם בואם של אנשי המערב לירושלים בחיפוש אחר שרידי הכתובים, זוהה בטעות צריח המסגד כמגדל דוד. כעת הועתק כינויו של מגדל פצאל לצריח התורכי, וזה קיבל את השם "מגדל דוד".  מראה כללי של חצר המצודה במגדל דוד (צילמה: ורד פיצ'רסקי)   הכשרת חפיר המצודה לביקורי קהל כמו מרבית המצודות, ובמיוחד אלה של ימי הביניים, גם מצודת ירושלים הייתה מוקפת חפיר. החפיר, הנה תעלה עמוקה שהקיפה את המצודה מכל עבריה ושימשה קו הגנה ראשון כנגד האויב המתקרב. בניגוד לחפירים האירופיים, החפיר של מצודת ירושלים היה חפיר יבש (ללא מים). בחפירות שנערכו במקום בשנות ה-80 של המאה העשרים התברר שהחפיר נבנה על גבי שרידים קדומים מימי הבית הראשון ומימי הבית השני. אלה הם שרידים בעלי חשיבות רבה, בהיותם עדויות לתקופות קדומות בסיפור תולדות ירושלים. ביקור בחפיר המצודה, יזמן לקהל הרחב הזדמנות נדירה לצפות בעדויות אלו. בתחתית החפיר נתגלתה מחצבה מימי הבית הראשון וייתכן שקודם לכך. המחצבה כמו ננטשה באחת ועד היום ניתן לראות בה אבנים חצובות ללא ניתוק מהסלע ודפוס של אבנים שכבר הוצאו לבניה. יתכן שמחצבה זו סיפקה אבנים למפעלי בנייה גדולים, וכי מכאן נחצבו האבנים ששימשו לבניית אחד המבנים המונומנטלים מימי מלכי לבית דוד. הממצא המרשים והחשוב ביותר שנחשפו בחפיר המצודה הוא גרם מדרגות מונומנטלי המוביל לבריכת ענק. ממצא זה הוא ללא ספק חלק מארמונו של המלך הורדוס ויתכן שימש עוד קודם לכן את מלכי החשמונאים. ארמונו של הורדוס מתואר ע"י יוסף מבן מתתיהו כמי ששכן באזור והחפירות שנערכו במקום מחזקות את עדותו. במהלך החפירות "זרמו" מאות פרוטות חשמונאיות מן התעלה שהובילה את המים אל הבריכה (אותה מכסים עדיין חלקי טיח נגד מים).