בפתחו של ההר הלאומי – הר הרצל, שוכן לו מרכז הרצל.  מוזאון הרצל ליבו של מרכז הרצל הוא מוזאון הרצל שהוקם במלאת מאה שנה להולדתו במטרה להנחיל את מורשתו של חוזה המדינה, תוך לימוד דרכו וסיפור חייו הסוערים המלאים באתגרים, באכזבות ובהצלחות ובמיוחד – בחלומות גדולים.המוזאון בנוי כמיצג אורקולי חדשני בו לוקחים המבקרים חלק פעיל ועוברים בין תחנות חייו האישיים והציוניים של חוזה המדינה – בנימין זאב הרצל. במסע סוחף זה, עוברים המבקרים ברחובות פריז, בבתי הקפה של וינה, באולם הקונגרס הציוני הראשון וגולת הכותרת: חדר העבודה המקורי של הרצל שהובא לכאן במלואו.בסיום הסיור המרתק אנו מגיעים למדינת ישראל של ימינו ובוחנים את הגשמת החזון הגדול.חוויה רב חושית מרתקת ומרגשת, המביאה כל מבקר למסקנה הברורה ש: "אם תרצו אין זו אגדה". המרכז החינוכי ומרכז הכנסים לצד המוזאון, פועל מרכז חינוכי, המפעיל תכניות רבות נוספות: סיורים ייחודיים בהר הרצל במגוון נושאים, סיורים מומחזים והצגות מסיירות, סדנאות והשתלמויות, ימי הפנינג ציוני, פעילויות בחגים וחופשים ועוד.  מרכז הכנסים של מרכז הרצל, מארח קבוצות מכל הגוונים – בתי"ס, מוסדות ציבור וחברות פרטיות לימי השתלמות, לימוד וכיף.    

אולם קבלות הפנים של משכן נשיאי ישראל בשנים 1952- 1972 שכן בצריף עץ פשוט למראה בשכונת רחביה בירושלים. הצריף, תכניו ומרכיביו החזותיים ביטאו את תפיסת עולמם השורשית של הנשיא השני ושל רעייתו רחל ינאית בן-צבי. התוכן החזותי נתן ייצוג בולט לנושא החיים וההיטמעות בארץ ישראל ולשיבתם של בני ישראל לאדמתם. צריף הנשיא ביטא בתוכנו ובצורתו מסר של צניעות, כשיצירות האמנות עשו שימוש בחומרים ודימויים מקומיים, ארץ-ישראליים. צריף הנשיא היה ל"חלון הראווה" של הישראליות הממלכתית ברוח של "פשטות ואמנות". עם העברת בית הנשיא למשכנו הנוכחי בירושלים שינה הצריף את ייעודו המקורי והפך לאולם ההרצאות המרכזי של יד בן-צבי. במסגרת פרויקט ״ציוני דרך״ הצריף שוקם, שומר והוכשר לביקורי הקהל. בצריף מוצגות עבודות האמנות והאומנות- מתנות "עמך ישראל" ומנחות עמי עולם שהובאו לבית הנשיא. יצחק בן צבי (1884-1963) היה נשיאה השני של מדינת ישראל, חלוץ בתקופת העלייה השנייה, היסטוריון ומראשי תנועת העבודה בארץ ישראל. הוא נבחר שלוש פעמים לכהונה כנשיא המדינה ושימש בתפקיד זה בין השנים 1952-1963. בין תפקידיו הציבוריים היה ממייסדי "פועלי ציון", יו"ר הוועד הלאומי, חבר ועד הקהילה בירושלים וחבר הכנסת מטעם מפא"י. צריף הנשיא (מכונה גם "הצריף הגדול") הוא מבנה עץ במתחם ״יד יצחק בן צבי״ בשכונת רחביה בירושלים. הצריך שופץ, שומר ושוחזר בדקדקנות בסוף שנת 2010 כחלק מתוכנית המורשת ״ציוני דרך״ והיה המבנה הראשון ברשימת אתרי מורשת לשימור והעצמה ברחבי הארץ. רקע בני הזוג יצחק ורחל ינאית בן-צבי, מראשוני שכונת רחביה, התגוררו במתחם "משק הפועלות" (בית החלוצות) יחד עם הוריהם בצריף פשוט, אותו קיבל בן צבי כחייל משוחרר מן הצבא הבריטי. לאחר מות בנם הצעיר, עלי, שנפל במלחמת העצמאות על הגנת קיבוץ בית קשת, הועבר הצריף המקורי לקיבוץ בית קשת לשם הקמת בית נוער על שמו. עם היבחרו של בן צבי לנשיא, סירבו בני הזוג בן צבי לעבור לבית זלמן שוקן שנועד לנשיאי ישראל. רחל ינאית אמרה ליוסף כרמל, שלישו הצבאי של הנשיא כי: "אנחנו אנשים עממיים. תמיד חיינו עם העם, בשמחתו שמחנו בצערו כאבנו. אין אנו אוהבים מותרות ורוצים אנו להמשיך באורח החיים לו הורגלנו בצריף הקטן היה מרכז ההגנה בירושלים, שם נפגשנו לראשונה עם אנשי העלייה השלישית, ובו גדלו בנינו עמרים ועלי״ – י' כרמל, יצחק בן צבי: מתוך יומן בית הנשיא, רמת גן, 1967 בעקבות סירוב זה החליטה ממשלת ישראל על רכישת ביתו של הסוחר העשיר ניסים ולירו (בנו של חיים ולירו ואביו של פרופסור אהרון ולירו) הסמוך ברחוב אלחריזי 17 (הוא בית הנשיא יצחק בן צבי), בתור לשכות בין הנשיא ומשרד הנשיא, וכן נבנו בסמוך שני "צריפים שבדיים" (גדול וקטן) על מנת לשמש אולמות קבלות פנים. תיאור המבנה הצריף הגדול שימש את נשיא מדינת ישראל יצחק בן צבי ורעייתו רחל ינאית לאירוח מבקרים מרחבי הארץ, לאספות ולכינוסים בשנים 1952‏-1972. אל הצריף כונסו עתיקות מסותתות באבן ומטבעות קדומים שהובאו מחפירות ארכאולוגיות, חפצי אמנות ואומנות ייצוגיים שהוזמנו בסדנאות אומנים וב"משכית", בהם השטיח המרכזי שהוכן על ידי האמן והסופר עודד בורלא יחד עם רחל ינאית, ומנורת עץ שהוכנה על ידי הפסלת בתיה לישנסקי, או שהוכנו בבתי יוצר פרטיים כתשורה, כגון ציורים וקמיעות שנמסרו לנשיא מכל מגזרי העם ובהם בפרט השומרונים ובני הכפר פקיעין, שהיו בני טיפוחיו. כן הוצגו במקום לוחות החומר מקבר הנביא יחזקאל, שהובאו מעיראק. זמן קצר לאחר פטירתו של בן צבי ב-23 באפריל 1963 נוסד יד בן צבי על ידי רחל ינאית, לוי אשכול וקדיש לוז. מאז שימש הצריף הגדול כאולם הרצאות של יד יצחק בן צבי, והצריף הקטן ככיתת לימוד. הצריף הוא חלק מקומפלקס של מבנים: הוא סמוך למתחם ״בית החלוצות״, לצריף קטן ולבית הנשיא יצחק בן צבי המשמש כיום את מושבו של ארגון ״יד יצחק בן צבי״.

״מערכת גוש עציון- זה האפוס הגדול נורא ההוד של מלחמת היהודים. עמידת אנשים ללא תקווה במשך חורשים רבים; ארבע נקודות בלב שטח האויב, לא נתנו לו לגשת לשערי העיר. אם קיימת ירושלים עברית, אם מכת המוות ליישוב שהיתה מונחת בקופסתו של האויב לא ניתנה, אזי התודה הראשונה של ההיסטוריה הישראלית ושל העם כולו נתונה בראש וראשונה ללוחמי גוש עציון״     ראש הממשלה דוד בן גוריון , תש"י 1950 כפר עציון הוא קיבוץ בגוש עציון החבר בתנועת הקיבוץ הדתי. הקיבוץ הוקם בשנת 1943. הוא נחרב במלחמת השחרור ונבנה מחדש לאחר מלחמת ששת הימים. הוא שוכן על גבעה בהר חברון, ברום של 955 מטרים, כ-5 ק"מ מדרום-מערב לבית לחם ונמצא על קו פרשת המים הארצית.   ראשית המקום ההתיישבות היהודית בגוש עציון, אשר שהחלה בשנות העשרים של המאה הנוכחית, ידעה גלי בנייה וחורבן. בשנת 1927 נעשה הניסיון הראשון להקים יישוב יהודי באזור גוש עציון, אז הוקם היישוב ״מגדל-עדר״. מאחורי ניסיון זה עמדה חברת ההתיישבות "זיכרון דוד". שנתיים לאחר מכן, בעקבות הטבח ברובע היהודי בחברון, נעזב היישוב.   ב-1935 חודשה ההתיישבות היהודית במקום על ידי אנשי חברת "אל ההר". היישוב נקרא כפר-עציון, על שם אחד ממקימיו - שמואל הולצמן (הולץ בגרמנית פירושו - עץ). בין המתיישבים נמנו אנשי ארגון "השומר", עולים מכורדיסטן ופועלים מהמושבות העבריות. הולצמן קנה מכספו שטח של 5000 דונם, והקים חברה בשם "אל ההר". הולצמן השיג הסכמתם של מושל מחוז ירושלים, מר קמפבל, ושל ראש הכמרים בכנסייה הרוסית בדבר החכרת המנזר הרוסי. למקום הובאה קבוצת פועלים יהודים והם השתכנו בחדרי המנזר. עם פרוץ מאורעות תרצ"ו (אפריל 1936) החלו ערביי האזור להתנכל ליישוב היהודי בכפר עציון. בחודש אב תרצ"ו (אוגוסט 1936) עזבה קבוצת הפועלים את המקום וכל העמל הרב שהושקע בו ירד לטמיון. מבנה המרפאה נשרף, אך שוקם לאחר מלחמת ששת הימים. ביום כ"ה בניסן תש"ג (30.4.1943) עלו אנשי "קבוצת אברהם" (ע"ש הרב אברהם יצחק הכהן קוק) של תנועת השומר הדתי ועמם אנשי הפלמ״ח אל ההר, וייסדו את הקיבוץ-הדתי כפר-עציון. נוסף לערך ההיסטורי שביישוב האזור מחדש, הייתה לכך חשיבות מדינית רבה. כפר עציון היה הראשון מתוך ארבעה קיבוצים שהוקמו כגוש התיישבות מדרום לירושלים על-מנת להגן עליה מפלישה מכיוון דרום. הייתה זו נקודת היישוב העברית הראשונה באזור שמדרום לירושלים, ובעת הקמתה, נקודת היישוב הגבוהה ביותר בארץ ישראל.   פעולות האיבה ונפילת הכפר פעולות האיבה פרצו למחרת ההכרזה באו״ם על הקמת מדינה יהודית בארץ ישראל ב-כ"ט בנובמבר (29 בנובמבר 1947). ארבעת יישובי גוש-עציון מצאו עצמם כלואים בטבעת כפרים ערביים עוינים. הדרך היחידה המקשרת בין גוש-עציון ליישוב היהודי ירושלים, עוברת באזור אל-חַאדֶר ובית-לחם. כביש זה היה נתון לשליטה ערבית לכל ארכו. על-פי החלטת החלוקה, שאושרה ונתקבלה על-ידי ההנהגה היהודית, עתיד היה גוש-עציון להימצא עמוק בתוככי המדינה-הערבית שעתידה לקום. חברי הקיבוצים, בעצה אחת עם ההנהגה הלאומית, החליטו להישאר במקומם, לבצר את היישובים ולחזקם, בלא שידעו מה צופן להם העתיד. במשך החודשים שלאחר מכן ספגו תושבי הקיבוץ התקפות רבות שגבו מהם מחיר דמים קשה. ב-12 למאי 1948 (ג’ באייר תש”ח) -‫ יומיים לפני קום המדינה , פתחו כוחות גדולים של האויב בהתקפה רבתי על הגוש והחל הקרב המכריע על גוש-עציון. כוחות הלגיון-הערבי רוכזו מבעוד מועד ונערכו בלילה לקראת ההתקפה. עם שחר הסתערו על משלטי גוש-עציון ועל היישובים. הערבים תקפו שוב ושוב את קומץ המגינים הדל והמותש שנותר להגן על גוש-עציון בכוחותיו האחרונים. ביום ד' באייר תש"ח - 13.5.1948  -  חודשה ההתקפה עם שחר. לאחר ניסיונות רבים שנהדפו על ידי המגינים, וע"י קבוצת לוחמים ממשואות יצחק שהגנו על מבואות כפר-עציון, פרצו בשעות הצהריים כוחות האויב את שער קיבוץ כפר-עציון וחדרו לתוכו. בתחילה ניסו המגינים להמשיך ולהילחם בתוככי הקיבוץ, אך הכוח הערבי העדיף עשרת מונים הכריע את הקרב. תשדורת אחרונה מכפר-עציון לירושלים בְּשֹרָה: "מלכה נפלה" - כפר-עציון נפל בקרב. המגינים, חברים ולוחמי פלמ"ח, נהרגו תוך כדי קרב וחלקם נורו למוות לאחר שנכנעו לכוחות סדירים של צבא ירדן וערביי האזור. לאחר נפילת הכפר נערך טבח במגיני הכפר. 127 איש, כולל 21 נשים, נרצחו בדם קר ורק ארבעה נותרו בחיים. 320 איש ואישה הלכו בשבי לעבר הירדן והוחזרו לארץ רק לאחר כתשעה חודשים. היישובים נהרסו עד היסוד. גוש-עציון נפל על סף תקומת מדינת-ישראל,  240 מתיישבים ולוחמים נפלו בקרבות גוש-עציון. לימים קבעה הכנסת את יום נפילת כפר-עציון כיום הזיכרון הכללי לחללי צה"ל. למחרת, יום שישי, ה' באייר תש"ח, 14.5.1948, הוכרזה מדינת-ישראל. בעקבות נפילת כפר-עציון, הסדירו ראשי המוסדות-הלאומיים, בתיאום עם הצלב האדום, הפסקת אש. משואות-יצחק, עין-צורים ורבדים נהרסו ונבזזו ואנשיהם נלקחו בשבי הלגיון-הערבי לעבר-הירדן. בייצר הנקמה וההרס, הביאו הערבים חורבן והרס על גוש-עציון. שרידים דלים בלבד נותרו מגוש יישובים פורח ומשגשג, שכולו עלה בלהבות. אזור התיישבותי שלם נמחה מן המפה למשך כמעט עשרים שנה.   החזרה הביתה שנים רבות עמד גוש-עציון בחורבנו. ניתן היה רק להביט מרחוק אל עבר "העץ-הבודד" שסימל את הכמיהה לשוב הביתה. ב-7 ליוני 1967 (כ”ח באייר תשכ”ז) במלחמת ששת-הימים, נכבשו מחדש אדמות גוש-עציון, יחד עם ירושלים, חברון ובית-לחם. באחת הפך חלום השיבה הביתה מהוויה רחוקה ומעורפלת לממשות חיה ונושמת.  ב-27 בספטמבר 1967 (כ"ב באלול ה'תשכ"ז), שבו ועלו בני כפר-עציון יחד עם חבריהם, לביתם החרב בהרי-עציון. מייסדי הקיבוץ היו בני המתיישבים הוותיקים, שאליהם הצטרפו חברי תנועת בני עקיבא מישראל ומהתפוצות. בלבם מפעמת ההחלטה הנחושה לשוב וליישב את ההר, לחזור לנחלת אבות, להתמודד בהצלחה עם המשימה המרגשת והקוסמת, רבת הקשיים ועמוסת האתגרים. מאז נמצא גוש עציון בתנופת יצירה שלא היתה כדוגמתה. ישובים חדשים מוקמים והוותיקים יותר מצויים כל העת בתהליך התרחבות והתבססות. במרוצת השנים נכתבה אודות גוש עציון ספרות עשירה ומגוונת, הקשורה אם במישרין ואם בעקיפין בגוש, בתולדותיו, בבוניו ובמגיניו. ספרות זו נחלקת מעצם טבעה לסוגים ולז'אנרים שונים, ונכללים בה שירים ובלאדות, סיפורים ונובלות, מחקרים היסטוריים וזיכרונות אישיים. כל אחת מאותן יצירות שופכת אור על קטע, פרשייה או דמות הקשורים בגוש, וכולן יחד מצטרפות לפסיפס נרחב, או למכלול, שממנו משתקף אפוס זה, הקרוי גוש עציון.   אתרים בקיבוץ כפר עציון ממוקם מרכז המבקרים - ובו מוזיאון לתולדות ההתיישבות בגוש עציון וחיזיון אור קולי. מרכז המבקרים מספר ומנציח את סיפורם של אנשי גוש עציון במלחמת העצמאות. המרכז ממוקם על הריסות הבונקר בו נפלו אחרוני הלוחמים בקרב, בתוך בית ששרד מהקיבוץ שחרב וחזית של בית חווה ("המנזר הגרמני") שהקימו ב-1928 נזירים ממנזר דורמיציון בירושלים ובו התגוררו ראשוני גוש עציון. סמוך למרכז נמצא גן זיכרון. במקום נמצא ארכיון ובו צילומים, מסמכים, עדויות אישיות מוקלטות, סרטי זיכרון לנופלים, אנשי 'נצר אחרון', דברים מעיזבונם של הנופלים. כמו כן-חדר ובו ציוד אור-קולי וספרית עיון העומדים לרשות הציבור. בקיבוץ נמצאים גם מוזיאון האדם בהר, ובו אוסף של כלי בית וכלי עבודה האופייניים להר חברון, וגן בוטני וזואולוגי בשם "שיר השירים". החיזיון האור קולי עוסק במאורעות מרכזיים בתולדות העם היהודי באזור מימי קדם: גלי ההתיישבות בגוש-עציון, ימי המערכה, הציפייה מנגד, השיבה, ותנופת היישוב היהודי בגוש-עציון. מרכז המבקרים שבכפר עציון (צילמה: מעין שושני מרקוביץ).

  ״לא אשכח את ביתי, כי קטן הוא ולא אתבייש בו בשביל שיש גדולים וטובים ממנו. ביתי קטן, אבל מקום יש בביתי לאדם שכמותי שאינו מבקש גדולות״ (ש״י עגנון - ״מאויב לאוהב״). ״בית עגנון״ בירושלים הוא מוזיאון ספרותי ואתר תרבותי וחינוכי המוקדש ליצירתו של הסופר הישראלי שמואל יוסף (ש"י) עגנון ולהיכרות עם תולדות חייו ועם תרומתו הייחודית לתרבות העברית. המוזיאון, הנמצא ברחוב קלאוזנר 16 בשכונת תלפיות הישנה (ארנונה) בירושלים, ממוקם בבית אשר בו התגורר ויצר ש״י עגנון במשך כ-40 שנים. במקום זה ממש נכתבו הרומנים הגדולים של הספרות העברית במאה ה-20: "סיפור פשוט", "תמול שלשום", "שירה" ועוד עשרות סיפורים שעדיין מסעירים את דמיונם של קוראים רבים בעולם כולו. עגנון התגורר בבית זה עד לחודשיו האחרונים, בעת אשפוזו בשנת 1969. הבית שומר ושוקם על ידי עמותת בית עגנון בירושלים ונפתח מחדש לקהל בשנת 2009. בבית המחודש מוצגים חדר עבודתו המקורי של הסופר, חדר המגורים של המשפחה אשר נשתמר בשלמותו וספריית עגנון המרשימה והייחודית על אלפי הספרים שבה, ביניהם עשרות ספרים עתיקים ונדירים. שיטוט ברחבי הבית, במרפסות ובחצרות מאפשר הצצה אל עולם הרוח והחומר של הסופר, תפיסת עולמו, הגותו ואישיותו החד פעמית. המסיירים בבית עגנון יוכלו לחוות את מקורות ההשראה של הסופר ולפגוש רגעים מחייו. עם זאת, ולמרות שנפתח הבית לקהל, לא נשלם פרויקט השיקום והשימור, ובבית חסרה תצוגת קבע אשר תספר את תולדות חייו של הסופר ולפתוח צוהר לעולמה העצום והרחב של יצירתו הספרותית. חווית הביקור בבית עגנון אינה שלמה ללא התצוגה, אשר תאפשר מפגש ייחודי עם דמותו של גדול הסופרים העבריים, שפתו הייחודית וכתיבתו יוצאת הדופן.

בית הכנסת עדס של הקהילה החלבית נוסד בשנת 1901 מתרומתם של שני גבירים ממשפחת עדס. בית הכנסת תוכנן להיבנות בסגנון פשוט ואולם ציורי הקיר המכסים את קירותיו וההיכל היפהפה העשוי עבודת עץ וצדף דמשקאית מרהיבה הופכים את בית הכנסת לאחת הפנינים שעוצבו במעבר בין המאה התשע עשרה למאה העשרים. בית הכנסת ממוקם בשכונת נחלת ציון שבאזור נחלאות בירושלים. זמן קצר לאחר חנוכת בית כנסת הותקן בו ארון קודש מעשה תשבץ דמשקאי, ובחודש נובמבר 1912 הושלמה עבודת ציור מונומנטלית על קירות בית הכנסת ותקרתו, מעשה ידיו של יעקב שטרק אמן ״בצלאל״. שכונת נחלת ציון נוסדה בראשית שנות התשעים של המאה ה-19. מרכזה של השכונה היה ברחוב באר שבע של היום. בסמטה הרחבה מרוכזים בתי הכנסת השכונתיים והיו בו גם בורות המים והתנור. בשלהי המאה ה-19 הגיעו לירושלים משפחות מהעיר חאלב שבסוריה אשר נמנו עם מקימי נחלת ציון. בני העדה החלבית התבלטו מאוד בשכונה שכונתה לעתים ״חלבייה״ אם כי התגוררו בה גם רבים מבני העדות האחרות. בית הכנסת הוקם בזכות תרומתה של משפחת עדס העמידה מחלב, במטרה להיות מרכז לבני הקהילה בירושלים. לוח שיש גדול על קיר הבית מספר כי את הקמת בית הכנסת יזמו יוסף יצחק עדס ועובדיה יאשיהו עדס לזכר יצחק עדס ויאשיהו עדס, והקדישו אותו לקהילה החלבית בשנת 1905. השנה הנזכרת בכתובת אינה השנה המצוינת על הדלת ויתכן שהיא שנת חנוכת הבית. מבט חיצוני על בית הכנסת עדס (צילם: חיים צח, לע"מ)   אוצרותיו האמנותיים של בית הכנסת לכל אורכו של הקיר המזרחי קבוע ההיכל, ארון הקודש, עשוי עץ אגוז משובץ בצדפת הפנינה, מלאכת מחשבת דמשקאית. ההיכל מעוטר בדוגמאות של עיטורים גאומטריים ובערבסקות. על קירות בית הכנסת ותקרתו הושלמה עבודת ציור מונומנטלית  מעשה ידיו של יעקב שטרק אמן ״בצלאל״. ביצירתו של שטרק בבית הכנסת עדס בולטים סמלים שאימצה התנועה הציונית משנותיה הראשונות: מנורה, מגן דוד ואותיות עבריות. הקיר מעוטר ברקע שבו חוזרים מנורות, מגני דוד ופרחים. בכל קיר מצוירים ארבעה סמלי שבטים במדליונים עגולים. ביניהם כתוב פסוק מספר ישעיהו. בתחתית הציור סימניו של גלגל המזלות. יעקב שטרק עלה מגליציה לארץ ישראל בשנת 1905 בהיותו כבן 24. עם הקמת ״בצלאל״ בשנת 1906 הוא נמנה עם ראשוני התלמידים ולאחר כשלוש שנים הצטרף לסגל המורים. את מלאכת הציור גדולת המימדים בבית הכנסת עשה בהתנדבות, למעט עלויות החומרים. מספר שנים לאחר שסיים את עבודתו בבית הכנסת עדס, חלה שטרק ונפטר. שילובן של שתי היצירות, ארון הקודש וציורי הקיר, בבית הכנסת השוכן בירושלים החדשה יוצר מכלול של אמנות מקומית רבת סמלים ומשמעויות, נדיר באיכותו ובממדיו.

בגן הלאומי ״הרודיון״ החליט הורדוס להקים את הגדול והמפואר שבארמונותיו. האתר נמצא בפסגת הר בגבול מדבר יהודה ונמנה עם המבנים החשובים ביותר בעולם הקדום. האתר תוכנן כמכלול ארמונות ענק וכלל גם חומות, מגדלי שמירה, מתחם בילוי מפואר, מרכז מנהלי למרגלות ההר, וכן תיאטרון מלכותי ומבנה קבורה במדרון ההר. לקראת מותו הפך הורדוס את הר הרודיון למצבת נצח ענקית בדמות הר מלאכותי הבולט למרחוק. לפי יוסף בן מתתיהו הורדוס גם נקבר באתר בטקס מפואר. בתקופת המרד הגדול נפלה הרודיון לידי המורדים היהודים שאיישו את המבצר והתבצרו בו כנגד כוחות הרומאים. גם בתקופת מרד בר כוכבא שימש האתר כמקום מקלט למורדים היהודים אשר הותירו אחריהם מחילות ומערות מסתור חצובות בסלע. בתקופה הביזנטית נבנו על השרידים במקום כנסיות וקפלה ובסוף תקופה זו האתר ננטש סופית. בשנים האחרונות, במסגרת פרויקט ״ציוני דרך״, מעורב אגף ״מורשת״ של משרד ראש הממשלה במיזמים רבים ושונים בגן הלאומי הרודיון. הפרויקטים כוללים טיפול כללי באתר, פיתוח שבילים, שימור השרידים הקדומים והתקנת אמצעי המחשה והקרנות. בנוסף לאלו מיזם ציוני דרך תומך בשני פרויקטים פרטניים: פרויקט ראשון מתמקד בשימור התא המלכותי (האולם המלכותי שבתאטרון). הפרויקט יכלול את שימורם של ציורי הקיר במצבם הנוכחי, ובנייה של מבנה אקלימי לחדר זה, אשר ייתן הגנה ומענה מתאים לשמירה והצגה על הציורים בהקשרם המקורי כחלק מהתאטרון. תכנון פרויקט התא המלכותי הסתיים. הביצוע מתעתד להתחיל בחודשים הקרובים.  פרויקט שני מתבצע במקום על ידי אגף ״מורשת״ בשיתוף עם "המשלחת לחקר הרודיון" של האוניברסיטה העברית. הפרויקט כולל את המשך החפירות הארכיאולוגיות ב״פרוזדור הכניסה״ הממוקם בחלקו העליון של האתר ומוביל אל הארמון אשר בראש ההר, חשיפת הפרוזדור ושיקומו. אזור זה יאפשר למבקרים גישה ישירה לארמון העליון. חפירות אלו החלו על ידי אהוד נצר ז״ל וממשיכות על ידי תלמידיו רועי פורת, יעקוב קלמן ורחל צ'אצ'י. הפרויקט בעיצומו, הציפיה היא שבמהלך 2017 יפתח המעבר לקהל.  בנוסף לאלו בשנת 2014 הסתיים פרויקט שילוט באתר. במסגרת הפרויקט הוחלף השילוט הקודם, שהיה ישן וחלקי, בשילוט חדש ומפורט. השילוט החדש מורכב משני סוגי שלטים המאירים את שתי התקופות העיקריות שהיו באתר ועוזרים למבקרים להבדיל ביניהן: שילוט בהיר לממצאים מתקופתו של הורדוס, ושילוט כהה לממצאים מתקופת המרד הגדול ומרד בר כוכבא. פרויקטים אלו מסייעים רבות לשימורם של הממצאים החשובים. בנוסף לכך, הם גם תורמים רבות להעצמת חווית הביקור באתר המרתק ולהמחשת סיפורם של המורדים היהודים שנלחמו נגד הרומאים. בגן הלאומי ״הרודיון״ נמצא מפעל בנייה חשוב וייחודי מסוגו, הנמנה עם המבנים החשובים ביותר בעולם הקדום. המתחם הארכיטקטוני נבנה במאה הראשונה לפני הספירה ונועד להנציח את המלך הורדוס. האתר, הנמצא בפסגת הר בגבול מדבר יהודה, תוכנן כמכלול ארמונות ענק והיה המתחם האדריכלי הגדול ביותר בעולם הרומי של אותם הימים. הוא כלל ארמון מבוצר שנבנה כמונומנט בולט בראש ההר, חומות, מגדלי שמירה, מתחם בילוי מפואר ומרכז מנהלי למרגלות ההר, וכן תיאטרון מלכותי ומבנה קבורה במדרון ההר. למרגלות מתחם זה נבנתה עיר קטנה ("הרודיון תחתית") ובה בריכת מים וארמון רחב ידיים. לקראת מותו הפך הורדוס את הר הרודיון למצבת נצח ענקית בדמות הר מלאכותי הבולט למרחוק. לפי יוסף בן מתתיהו הורדוס גם נקבר באתר בטקס מפואר. בתקופת המרד הגדול (בשנת 66 לספירה) נפלה הרודיון לידי המורדים היהודים, שאיישו את המבצר והתבצרו בו כנגד כוחות הרומאים. גם בתקופת מרד בר כוכבא (132-135/6 לספירה) שימש האתר כמקום מקלט למורדים היהודים והם הותירו אחריהם, בין השאר, מחילות ומערות מסתור חצובות בסלע. לאחר המרד ננטש המקום ואויש לסירוגין עד שננטש סופית בסוף התקופה הביזנטית.     האתר בימי הורדוס הורדוס מלך יהודה, נולד בשנת 73 לפני הספירה לאביו אנטיפטרוס, בן למשפחה אדומית מיוחסת שגוירה והשתלבה במערכת המנהלית של בית חשמונאי, ולאמו קיפרוס, נסיכה נבטית. בצעירותו מונה הורדוס למושל הגליל ולימים הוכתר בידי הרומאים כמלך יהודה (40 לפנה"ס), דבר אשר הביא לסיום כהונתה של השושלת החשמונאית. הורדוס החזיק בכס השלטון כ-33 שנים עד למותו ממחלה קשה בשנת 4 לפני הספירה. במהלך שנות שלטונו שגשגה הממלכה וידעה ימים של שלום ופריחה. בכך התאפשרה ההקמה של כמה ממפעלי הבנייה המפוארים ביותר שידעה הארץ ואשר שינו את פניה כליל, בראשם הפרויקט הגדול והחשוב מכולם: מפעל הקמתו מחדש של הר הבית ובית המקדש השני בירושלים. עם זאת, דמותו של המלך נקשרה גם לשרשרת מעשים אכזריים והתנהגות חשדנית ששיאה בהוצאתם להורג של שלושה מבניו ושל אשתו מרים החשמונאית.     בניית ההרודיון בקרבת הגבול העובר בין אדומיאה ליהודה החליט הורדוס להקים את הגדול והמפואר שבארמונותיו. המקום נועד לשמר את זכרו ובו ביקש להיקבר. זהו כנראה האתר היחיד אשר הורדוס קרא לו על שמו. בחירתו של הורדוס להקים את הרודיון דווקא בנקודה לכאורה נידחת ואקראית במדבר נקשרת לאירועים שהתרחשו טרם עלייתו לשלטון. בשנת 40 לפני הספירה נמלט המלך יחד עם משפחתו מירושלים למצדה מפני הפרתים ומפני המלך החשמונאי מטעמם-אנטיגונוס השני. בחשכת הליל התהפכה מרכבת אמו והורדוס, שחשב כי היא נהרגה, כמעט ושלח יד בנפשו. הפרתים ששמעו אודות הבריחה פתחו במרדף אחרי הנמלטים והקרב שנערך ביניהם התנהל באזור שבו לימים נבנתה הרודיון. בתום הקרב, שבו הייתה ידו של הורדוס על העליונה, הוא המשיך לרומא שם הוכתר למלך. לאחר קרוב לעשור שב למקום הקרבות והקים שם מתחם ארמונות גדול והחל כנראה בהקמת קברו. עם הקמתו הפך הרודיון למרכז שלטוני ומנהלי ביהודה. כך הוחלט להעביר את בירת המחוז ופקידיה מבית צור להרודיון והמקום הפך למאוכלס באופן קבוע. בראש הגבעה המלאכותית הקים הורדוס ארמון מבוצר ובו אגף פרטי, חדרי אירוח ומחסנים. למרגלות ההר בהרודיון תחתית נבנו אגפים שונים של מכלול הארמון הגדול ובליבם בריכה רחבת ידיים. סביב הבריכה היו גנים, בתי מרחץ ואזור מנהלי ששימש את פקידי בירת המחוז. על המדרון הצפוני של ההר נבנה תיאטרון קטן ובראשו חדר לאירוח מכובדים. ממזרח לתאטרון בחר הורדוס להקים את קברו המפואר. בעת הקמתו של ההר המלאכותי הענק, שנבנה כמצבת הנצח של הורדוס, כוסו כל המונומנטים האחרים בהר (מלבד ארמון-מבצר ההר ומתחם הקבר במדרון) בעפר ואבנים וכך נוצרה צורת הקונוס המפורסם של ההר. הורדוס מת ביריחו בייסורים, גופתו הובלה להרודיון במסע הלוויה מפואר ולפי יוסף בן מתיתיהו- שם הוא נקבר.   האתר בימי המרד הגדול ברומאים ארמון־ מבצר ההר בהרודיון, שנבנה על ידי הורדוס, המשיך לתפקד בימי יורשיו והנציבים הרומאיים ביהודה עד שנכבש על ידי הלוחמים היהודיים בראשית המרד הראשון (כפי הנראה בשנת 66 לספירה). במהלך מרד זה ישבו בהרודיון יהודים 'אדומיים' תושבי 'דרומא' (מחוז אדומיאה), וככל הנראה, גם קבוצה נוספת של קנאים או סיקריים, בני בריתו של שמעון בר גיורא. 
בדומה למה שמוכר היטב ממצדה, גם כאן הצטופפו המורדים בארמון מבצר ההר וניצלו כל פינה למגורים. המורדים פרקו עמודים מעוטרים וקורות עץ והשתמשו בהם להקמת המבנים הארעיים שלהם. אפשר שכבר במרד זה הוסב טרקלין הארמון שבנה הורדוס לשמש כבית כנסת ובסמוך אליו הותקנו שני מקוואות טהרה. על פי כתביו של יוסף בן מתתיהו הייתה הרודיון אחד משלושת המבצרים האחרונים שעמדו כנגד הצבא הרומי גם לאחר חורבן הבית השני בשנת 70 לספירה (שני האחרים היו מכוור המצוי מזרחית לים המלח, ומצדה). 
הרודיון נכבשה מידי המורדים וחרבה בסופו של מרד זה בשנת 71 לספירה, אם בכניעה ואם בקרב.   האתר בימי מרד בר כוכבא ברובה של התקופה שלאחר המרד הראשון נותר האתר נטוש לפרק זמן של כ-60 שנה, ככל הנראה פרט לתקופות קצרות בהן ישב חיל מצב רומי במבנה שבראש ההר. במרד בר כוכבא (132-135/6 לספירה) השתלטו המורדים על ארמון ־מבצר ההר, שעמד כנראה נטוש והרוס בחלקו. 
גם אם לא מצוי בידינו מקור היסטורי המתאר את המרד השני הרי הודות למכתביו של בר כוכבא שנמצאו במערות ואדי מורבעאת שבמדבר יהודה ומהחפירות באתר אנו למדים שבמהלך מרד זה הייתה הרודיון מרכז מנהלי וצבאי במדינה הבר-כוכבאית. התעודות, בהן מוזכרים שמעון בן כוסבא וה"מחנה שיושב בהרודיס'" מלמדות על פעילותה של מפקדה חשובה של בר כוכבא במבנה המבוצר שמפקדה ישוע בן גלגולה, וכן על כך שהמקום שימש מרכז מנהלי של מנגנון המנהל הבר כוכבאי, עליו היה ממונה הלל בן גריס. 
בחפירות הארכיאולוגיות שהתנהלו בארמון-מבצר ההר נחשפו ממצאים שונים מימי מרד בר כוכבא, לרבות מטמון מטבעות גדול. במעבה ההר נחשפה מערכת מסועפת של מנהרות שנחצבו בעת המרד (ראו פירוט בהמשך). דומה כי המערכת בהרודיון הייתה שונה ממערכות המסתור האופייניות למרד זה, כדוגמת אלו שהתגלו באתרים שונים בשפלת יהודה, בהיותה התקפית בעיקרה. מכל מקום נראה שלא שימשה למטרות מסתור.   הרודיון בתקופה הביזנטית התקופה הביזנטית בארץ ישראל ידועה כתקופה של פריחה יישובית. בתקופה זו, החל משלהי המאה הרביעית לספירה ועד לכיבוש הערבי במחצית המאה השביעית, נבנו ברחבי הארץ ובמדבר יהודה מנזרים רבים וכנסיות. מבני ההרודיון היוו תשתית מצוינת להתיישבות ושרידים רבים מתקופה זו נחשפו באתר. התושבים החדשים פינו מבנים רבים מן ההריסות והתיישבו בתוכם וגם בנו בניינים חדשים רבים. עיקר השרידים מהתקופה הביזנטית נחשפו בהרודיון תחתית, והם כוללים מבני מגורים ומתקני חקלאות, וכן שלוש כנסיות. היה זה ככל הנראה ישוב חקלאי מרכזי באזור.
 בארמון-מבצר ההר נבנה בתקופה זו מנזר קטן. בחלקו המערבי הוקם מבנה תפילה קטן (קפלה), ובאזורים שונים בארמון ההרוס, כמו החדר העגול של בית המרחץ, הוכשרו חדרי מגורים והתבודדות. 
על פי ממצא המטבעות המשיך היישוב בהרודיון תחתית להתקיים גם תחת השלטון המוסלמי – האומאי והעבאסי (מאות 8- 9 לסה"נ). מאז, עמדה הרודיון בשיממונה עד ראשיתן של החפירות הארכיאולוגיות. יש לציין כי זהותו ומהותו של אתר הרודיון בתקופה הביזנטית והמוסלמית טרם התבררו דיים.     תולדות מחקר האתר צורתו הייחודית של ההר וקרבתו לירושלים ולבית לחם הביאה לכך שהאתר משך אליו עולי רגל עוד בימי הביניים. במאה ה-15 כינה הנוסע האיטלקי פליקס פברי את ההר בשם 'הר הפרנקים' בהתייחסו לאותו המקום אשר בו, לפי סברתו, נערכו הצלבנים לקרב נגד צבאות צלאח א-דין לאחר מפלת ירושלים. בשם זה נקרא האתר עד המאה ה-19. מחקר ראשוני במקום נעשה עוד במאות ה-18 וה-19 בידי נוסעים וחוקרים ראשונים של ארץ ישראל. השרטוט הראשון של הרודיון נעשה בידי א' פוקוק לאחר שביקר במקום ב-1743. בשנת 1838 תיאר אדוארד רובינסון את האתר ומבניו ותיארכם לתקופה הרומית. הוא היה הראשון שעמד על הדמיון בינם לבין תיאורו של יוסף בן-מתתיהו ולמעשה היה הראשון שזיהה את המקום כהרודיון. ב-1863 תיעד הנוסע והחוקר הצרפתי פ' דה-סוסי את האתר ואף רשם ושירטט מבנים המצויים בהרודיון תחתית, לרבות הבריכה, וב-1869 תיאר ו' גרין במדויק את החומה והמגדלים של מבצר ההר. קונרד שיק, האדריכל והארכיאולוג הגרמני שחי בארץ-ישראל בסוף המאה ה-19 היה הראשון שהבחין שהבניין העגול נבנה על גבי הגבעה, כפי שהייתה, ורק לאחר מכן הוקף מילוי מלאכותי. תיאורו המפורט משנת 1879 אשר כלל גם תכניות וחתכים, נחשב לתיאור המלא ביותר של הרודיון עד לחפירות החדשות באתר 
ב-1881. הראשון שניהל חפירות מסודרות באתר היה האב וירג'יליו קורבו מבית הספר הפרנציסקאני למקרא בירושלים, אשר בין השנים 1962-1967 חפר וחשף חלקים גדולים מארמון מבצר ההר מימי הורדוס, מן התקופה של המרד הגדול ומרד בר-כוכבא ומהתקופה הביזנטית. בשנים 1967-1970 נערכו באתר עבודות שימור ושיחזור על-ידי רשות הגנים הלאומיים בראשותו של גדעון פרסטר. במסגרת זו נחשפו חדר הכניסה לארמון וכן רשת מסועפת של בורות מים ומנהרות שנחפרו במעבה ההר החל מימי הורדוס וכלה בימי מרד בר-כוכבא. חפירות נוספות במערכת בורות המים והמנהרות המצויות בתוך ההר ביצעו שמעון ארזי ואהוד נצר בשנים 1975-1973. חפירות בקנה מידה נרחב, לרבות בהרודיון תחתית, החלו באתר בשנת 1972, בניהולו של פרופסור אהוד נצר ז"ל ומטעם המכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים. 
בשנת 2007 חשפה המשלחת בראשות פרופ' נצר וצוותו (רועי פורת, יעקב קלמן ורחל צ'אצ'י לוריס) על מדרון ההר הצפוני את שרידיו של מונומנט קבורה גדול ומרשים ובמפולותיו שלושה ארונות קבורה מפוארים. מאוחר יותר נחשפו במדרון ההר תיאטרון מלכותי ומבנים נוספים. 
משלחת החפירות ממשיכה את חפירת הרודיון וחקירתו גם לאחר פטירתו בטרם עת של פרופסור אהוד נצר בשנת 2010, לאחר שמעד באתר בעת עבודתו בתיאטרון.   קבר הורדוס בשנת 2007, לאחר שנים ארוכות של חיפושים, נחשף במורדות ההרודיון מבנה קבורה מטיפוס מאוזוליאום שזוהה על ידי החופרים כקברו של הורדוס. גובהו הכולל של המבנה היה כ-25 מ', ובו שלוש קומות, והוא שוחזר על סמך עשרות רבות של פריטים האדריכליים שהתגלו בגל החורבות. המבנה ניצב חופשי בנוף ואפשר היה לראותו בנקל מהרי ירושלים. שיקול נוסף בבחירת המיקום היה מקומו לצד גרם המדרגות הטקסי שעלה להר, וכן כנראה הרצון לשמור על חוקי הטהרה ולהשאיר את מבנה הקבורה מחוץ לתחום ארמון מבצר ההר. מסביב למבנה הקבורה נמצאו פזורים בשטח שבריהם של שלושה ארונות קבורה עשויים אבן, שיתכן והוצבו אחד בכל קומה במבנה. שנים מהארונות עשויים אבן גיר לבנה ואילו הארון השלישי הוא מאבן גיר אדמדמה וקשה. את ארון זה עיטרו דגמי רוזטה ופלמטה שגולפו בעדינות ובאיכות מעולה. לעומת השניים האחרים, הוא נותץ לאלפי שברים שהתגלו ברחבי מתחם הקבר. שלושת הארונות דומים בצורתם ובאופן עיטורם לסרקופגים וגלוסקמאות אחרים שהתגלו בקברי אמידים באזור יהודה מימי הבית השני. על אף שהם אינם נושאי כתובות המאפשרות זיהוי ודאי, ניתן לשער כי ארון הקבורה המרשים מבין השלושה וזה שניזוק באופן הקשה ביותר היה ארונו של הורדוס.   ממצאים עיקריים: הר הורדוס, ההר המלאכותי – המדרונות התלולים מקיפים "לוע״  אשר בתוכו בנה הורדוס את מתחם הרודיון. הורדוס הפך את ההר לחרוט בולט, מעין מצבה ענקית. בקיר החיצוני של ההר התגלו פרוזדור ששימש מבוא לכניסה להר וגרם מדרגות מונומנטלי שהוליך אליו. ארמון מבצר ההר- ארמון-מבצר ההר היה מיוחד במינו בעולם ההלניסטי-רומי, והיווה חלק בלתי-נפרד מהמכלול הענק של “הרודיון רבתי” שנבנה בימי הורדוס. הבניין יוצא הדופן שימש בעת ובעונה אחת כארמון, כמבצר וכמונומנט. תחילה נבנה המבנה העגול. בסוף ימיו של הורדוס נשפך סביבו עפר שיצר הר מלאכותי בדמות חרוט, מעין מצבה הבולטת למרחקים, שאף עטפה והבליטה את מבנה הקבורה של המלך אשר התגלה במדרון הצפוני של ההר. הטרקלין- בית הכנסת - בצדו הדרום מערבי של ארמון-מבצר ההר הוקם אולם גדול (10.5×15 מ') ששימש לסעודות וקבלות פנים: הטרקלין. החדר היה מרוצף במקורו בתשליב של אבנים צבעוניות, בדגמי אופוס סקטילה, וקירותיו עוטרו בתמשיחי קיר דמויי פאנלים צבעוניים. בימי המרד הגדול או מרד בר-כוכבא הוסב הטרקלין לבית כנסת ואז נוספו אליו העמודים וספסלי האבן הנראים באתר כיום. המנזר הביזנטי בחורבות ארמון-מבצר ההר - בתקופה הביזנטית (מאות 4- 7 לספירה), לצד פעילותו של כפר גדול בהרודיון תחתית, הוקם בארמון-מבצר ההר מנזר קטן. בחלקו המערבי החרב של הארמון, בתחום החצר ההרודיאנית דמויית הצלב, הוקם מבנה תפילה קטן (קפלה) בעל האפסיס הפונה למזרח. מנזר זה קשור אל תופעת הנזירות שהתפתחה מאוד במהלך התקופה הביזנטית באזור זה של מדבר יהודה, ואין ספק כי הוא קיים קשר שוטף עם מנזר חריתון הסמוך.  התאטרון המלכותי- התיאטרון המלכותי נבנה על ידי הורדוס כחלק ממתקני הבילוי של הארמון. בראשו של האודיטוריום נבנה אולם מלכותי הפתוח לכיוון הבמה. האולם, שעוטר בפאר רב, שימש את המלך ומקורביו. גולת הכותרת של התאטרון נחשפה בראש אזור המושבים, כאן נתגלתה קבוצת חדרים, שהאמצעי והגדול מביניהם עוטר בציורים בטכניקת הסקו–(ציור על טיח יבש) ובשילוב סטוקו (טיח מכויר). כעשר שנים לאחר הקמתו, פורק התאטרון וכוסה כליל, זאת כחלק מהקמת ההר המלאכותי הענק של הרודיון – מצבת הנצח של הורדוס. יחד עמו כוסו מבנים נוספים שנבנו במדרון קודם לכן. המקוואות- בארמון-מבצר ההר נחשפו שני מקוואות טהרה שנבנו בימי המרידות ברומאים. המקווה המערבי מבין השניים נבנה סמוך לפתח בית הכנסת של המורדים, והמקווה המזרחי בתחום החצר – למרגלות המגדל המזרחי העגול. בשני המקוואות הללו נמצא לצד ברֵכת הטבילה מתקן מים כפול שאין לו אח ורע באתרים אחרים. אין בידינו די נתונים לקבוע אם המקוואות נבנו בימי המרד הראשון או השני. עם זאת האפשרות הראשונה נראית סבירה יותר. הרודיון תחתית – המתחם בהרודיון תחתית תוכנן בדייקנות רבה, על שטח של כ-150 דונמים. כאן נמצאים: מבנה "הארמון גדול", מכלול הברכה המרשים וגן הנוי, בית מרחץ ומבנים ששימשו למגורי האורחים ואנשי מנהלת המחוז. באזור שבין ההר למכלול הברכה (אזור המכוסה בחלקו במבנים צפופים מהתקופה הביזנטית) נבנה "מכלול ההלוויה" ובו טרקלין מפואר ("המבנה המונומנטלי") שלצדו מקווה טהרה גדול. מהטרקלין נמשך מסלול ארוך לכיוון מזרח (שגודלו 350X30 מ') שנבנה לטקס ההלוויה המפואר של המלך, לקראת העלאת המיטה בגרם המדרגות המונומנטלי אל מבנה הקבר שבמדרון ההר. כמה שנים לפני מותו פנה הורדוס להשלמת בניית אחוזת הקבר האדירה בהרודיון: במדרון הצפון-מזרחי של ההר, לצד גרם המדרגות, הוקם מבנה קבורה מפואר בדמות מוזולאום, וסביבו הוקם ההר המלאכותי: מצבת ענק שתשמר את זכרו. לשם הקמת ההר המלאכותי בצורת חרוט נשפכו סביב ארמון המבצר כמויות אדירות של עפר ואבנים (כ-450 אלף מ"ק) שכיסו כליל את מדרונות ההר, פרט למתחם הקבר במדרון, שנותר גלוי ובולט בנוף. בין המבנים הרבים שהתקיימו בהרודיון בתקופה הביזאנטית מצויות שלוש כנסיות שנבנו בהרודיון תחתית על גבי חורבות בניינים מימיו של הורדוס. שלושת הכנסיות הן בגודל בינוני, במבנה של בסיליקה עם עזרות בשתי קומות. כולן היו במקורן מכוסות ברצפות פסיפס צבעוניות וכולן כללו אגן הטבלה (בפטיסטריום) שהיה ממוקם או בצד הבמה או בחדר צדדי. שלוש הכנסיות נבנו בין המחצית השנייה של המאה החמישית לספירה לבין המחצית השנייה של המאה השישית.
 מערכת המנהרות- המערכת התת קרקעית בה הנך נמצא כוללת שלושה מרכיבים עיקריים: 1. בורות מים מימי הורדוס מערך אספקת המים אל ארמון-מבצר ההר התבסס בראש ובראשונה על איסוף מי הגשמים שירדו על ההר ונאגרו במאגרי המים השונים, בהם בבור שבראש המסד האטום של המגדל המזרחי העגול ובשני בורות מים קטנים מתחת לחדרי הארמון. בסמוך לגרם המדרגות המונומנטאלי נתגלו שלושה בורות נוספים בהם נאגרו המים שירדו במדרונות. משם הם הועלו בקנקנים ונאדות מים עד לבור ביניים גדול שנחצב בראש הגבעה ונשפכו אליו באמצעות משפך. מבור זה ניתן היה לשאוב מים בעזרת דלי וחבל ישירות מחצר הארמון. במקרים שאזלו המים בבורות אשר למרגלות מבנה ההר, הובאו המים מהרודיון תחתית, בה היו מים באופן קבע בזכות אמת המים שהובילה מים כל השנה מבריכות שלמה שמדרום לבית לחם. 2. מנהרה מימי המרד הגדול (66-71) בתקופת המרד הראשון נחצבה מנהרה תלולה שנועדה להבטיח אספקת מים למתחם הארמון בעת המצור שערכו כאן הרומאים. דרך מנהרה זו היה אפשר להביא מים מהבורות התחתונים אל המבצר מבלי להיחשף לעין האויב. 3. מערכת מנהרות מימי מרד בר-כוכבא (132-135/6) מערכת מסועפת זו, שתחילתה בראש ההר, אינה מערכת מסתור אלא מערכת התקפית, אשר חיברה בין החללים של בורות המים הקדומים. אלה הובילו מהמבצר אל פתחי גיחה נסתרים, ונועדו להפתיע את יחידות הצבא הרומי בעת שעלו אל ראש ההר ולאפשר בריחה בבוא העת. חוצבי המנהרות שפכו את העפר אל תוך בורות המים אשר כבר לא היו בשימוש באותה העת. גרמי המדרגות - עם הקמתה של הרודיון בנה הורדוס במדרון הצפון-מזרחי של ההר גרם מדרגות רחב, ישר וטקסי שעלה לראש ההר. לצדו של גרם זה במדרון ההר נבנו בשלבים התיאטרון המלכותי ומתחם הקבר. בעת הקמתו של ההר המלאכותי דמוי הקונוס, אשר נבנה כמצבת הנצחה של הורדוס לקראת סוף ימיו, בוטל גרם מדרגות זה ובמקומו הוקם גרם מדרגות חדש, רחב, ישר וטקסי אף הוא, אשר הוביל אל ארמון-מבצר ההר, דרך פרוזדור העובר דרך מילויי העפר של ההר המלאכותי. גרם מדרגות זה נבנה בזווית שונה מעט מקודמו שבוטל, והותאם לציר האדריכלי של המבנה העליון. 


האתר הלאומי ״הקסטל״ הוא אתר המשלב מורשת וטבע במבואות העיר ירושלים. כבר מראשיתו נודעה חשיבותו עקב מיקומו האסטרטגי בדרך העולה לירושלים. במהלך מלחמת העצמאות כוחות אויב חלשו על הדרך מתל אביב לירושלים ומנעו העברת מים, מזון וציוד חיוני נוסף לעיר. כיבוש הקסטל במסגרת מבצע נחשון, היה צעד בפריצת המצור על ירושלים ליצירת ציר מאובטח, להעברה ולאבטחת שיירות אספקה ותגבורת. יחודו של הקרב היה מכמה היבטים: ראשית, הקסטל היה הכפר הערבי הראשון שנכבש במלחמת העצמאות במהלך קרב לילי. חשיבותו בהגנה על הדרך לירושלים היווה משמעות של אות-חיים לנצורים ואיתנות למורל העם כולו. מעבר לכך, הפקודה "הטוראים ייסוגו והמפקדים יחפו" שניתנה במהלך הלחימה, הפכה לחלק ממורשת הקרב של הפלמ"ח ואחר כך של צה"ל. הקסטל יושב על פסגת הר מעוז המתנשא לגובה של 790 מטר מעל פני הים. האתר הוכרז כאתר לאומי בשנת 1980 ומנוהל על ידי רשות הטבע והגנים. שטחו כ–150 דונם והוא נמצא בתוך השטח המוניציפלי של המועצה המקומית מבשרת ציון, כ-6 ק״מ מערבית לירושלים מצד כביש ירושלים-שער הגיא. בפסגתו של ההר הוקמה בתקופה הרומית מצודה שנועדה לשמור על הדרך לירושלים. על אתרה הוקמה בתקופה הצלבנית מצודת קסטלום בלויר  (Castellum Belvoir שפרושו ״מבצר יפה נוף״) ששמה הוא מקור שמו של האתר. למצודה זו היה קשר עין עם מצודות צלבניות בסביבתה המצודות הללו נועדו להגן על מבואותיה המערביים של ירושלים. על חרבות המצודה ומסביבה הוקם הכפר הערבי אל-קסטל. חשיבותו של הקסטל לאורך כל הדורות איננה בהר עצמו אלא במיקומו על הדרך לירושלים - נקודה חיונית לשליטה על ציר הדרך, המקום שממנו נגלית העיר לעולים אליה ממערב וחלק ממעגל היישובים והביצורים המקיפים את מרחב העיר ונותנים לה מגן. תצפית מהקסטל מספקת קשר עין עם נקודות חשובות שסגרו על ירושלים מצפון, ממערב ומדרום, בהיותן גם גבוהות וגם על הדרכים המובילות אל העיר. סיפור הקסטל המרכזי הוא סיפור הקרבות של תש״ח לפריצת הדרך העולה לירושלים. בהיותו כפר ערבי קטן המקיים שליטה מלאה על נתיב השיירות העולה משער הגיא (באב אל ואד) לירושלים, מי שישב בו מנע או התיר את המעבר אל העיר הנצורה. סיפורי הקרבות הקשים מתוארים במקורות רבים. הטוראים ייסוגו והמפקדים יחפו בשנת 1931 במפקד שקיים השלטון האנגלי בארץ נפקדו בקסטל 59 תושבים ב–14 מבנים. היה זה כפר ערבי קטן וחסר חשיבות שהוקם על שרידי המבצר הצלבני. כאשר התפתח הסכסוך היהודי–ערבי נטל הקסטל את התפקיד של חוסם ומפריע פעיל לתנועת היישוב היהודי אל ירושלים וממנה וכך נוצר הצורך הדחוף לפרוץ את הדרך לירושלים באפריל 1948, ולהסיר את האיום לנתק את ירושלים משאר היישוב בארץ. בחודש מרץ התקבלה החלטה לכבוש את הקסטל בכל מחיר, ולאחר קרבות קשים, שהובלו על ידי מרדכי גזית, רצופי אבדות לכוחות ההגנה והפלמ"ח, ולאחר שבאחד הקרבות נהרג מפקד מחוז ירושלים של הכוחות הערביים, עבד אל-קאדר אל-חוסייני, ניתנה פקודת נסיגה. ב-9 באפריל יצאה שוב פלוגת פלמ"ח לכבוש את הקסטל ויהי מה, אך להפתעתה מצאה אותו ריק‏, משום שהלוחמים עזבו אותו כדי לקחת חלק בהלוויית מפקדם ולוחמי הפלמ"ח השתלטו על הקסטל. במבט מסכם על קרבות הקסטל במלחמת העצמאות אפשר לאבחן כמה נושאים ראויים להדגשה: הקסטל היה הכפר הערבי הראשון שנכבש במלואו על מנת להביא הישג קרקעי יזום בפעולה קרבית מתוכננת ומקיפה. בקרב זה קבע שמעון אלפסי, אחד ממפקדי הפלמ״ח בכוח שנשלח לתגבר את חיילי חילות השדה, אמירה שהפכה לנכס צאן ברזל בעקרונות ההפעלה של צה״ל: ”הטוראים ייסוגו והמפקדים יחפו״. זו הייתה הפעם הראשונה שכוחות ערביים ביצעו התקפה לילית יזומה והקרבות המתמשכים חידדו את ההבדל ואת הוויכוחים בין חילות השדה (חטיבות עציוני, אלכסנדרוני, גבעתי, גולני, קרייתי, עודד, וכרמלי), לבין כוח הפלמ״ח, בכל הקשור ליכולות צבאיות ולהישגים בשדה הקרב. הקרב מהווה חלק ממבצע נחשון, שהוא המבצע הראשון הגדול במלחמת העצמאות. הקרבות על הקסטל היו לסמל של לחימה עיקשת במחיר דמים כבד, 84 לוחמים מסרו את נפשם במערכה הכבדה לשחרורה של ירושלים ולהקמתה של מדינת ישראל. בהכנות למלחמת ששת הימים נקבע הקסטל כמוצב של פיקוד מרכז, נחפרו תעלות חדשות ונבנו בונקרים מבטון מזוין. שרידים אלה הם שנחשפים היום לעין המבקר ולא חפירות וביצורי תש״ח. האתר מתוכנן ובנוי לספר את סיפורי הקרבות ויש בו שבילי הליכה במעלה ההר, שילוט מפורט ושרידי מבנים של הכפר, ההופכים את הביקור באתר לחוויה מרגשת. ממעברת הקסטל ועד מבשרת ציון עם תום הקרבות נערכה מדינת ישראל לעידן השלום והפיתוח. גלי עלייה גדולים שטפו את המדינה בשנות ה–50 הראשונות והגיעו גם לקסטל. בפברואר 1951 הוקמה למרגלות ההר מעברת הקסטל שקלטה לתוכה המוני עולים ממזרח וממערב, יהודי עיראק וכורדיסטן, שהגיעו במבצע ”עזרא ונחמיה״, נקלטו אל תוך כ–400 מבני צריף קטנים ועלובים, בתנאי מחיה מינימליים, קשים כלכלית ושונים לחלוטין מתרבות חייהם הקודמת. מתוך המעברה החלה בנייתו של יישוב חדש, ”מעוז ציון” שמו. בשנת 1956 הגיע לארץ גל עלייה שני. תנופת הקליטה יוצרת מוקד חדש מצפון לכביש וליישוב הקיים שהופך גם הוא ליישוב הנושא את השם מבשרת ירושלים. ב–1964 מתאחדים שני היישובים תחת השם ”מבשרת ציון״. היישוב מתפתח במהירות, מפעיל מערכות חינוך משובחות וסביבה יישובית המושכת אליה רבים מירושלים ומכל הארץ. היישוב החדש מחובר לקסטל והקסטל הוא חלק מן היישוב שהופך לסמל ולאתר זיכרון לאומי.

מאז ומתמיד היתה ירושלים עבור עם ישראל יותר מעיר. היא היתה והנה גם היום מושג וסמל; סמל לתולדות העם מראשית ימיו, דרך תקופות הזוהר של ימי המלוכה, דרך החורבן והגלות ועד לשיבת ציון בימינו. חשיבותה ומקומה המרכזי של ירושלים עבור עם ישראל קיימת עוד מתקופת המקרא, אז הפכה ירושלים להיות לבירה הלאומית ולמרכז הדתי של עם ישראל. לפי המקורות ירושלים היא המקום אשר בו בחר האל, כפי שנכתב בספר מלכים מספר פעמים: ״הָעִיר אֲשֶׁר בָּחַרְתִּי לִי, לָשׂוּם שְׁמִי שָׁם״ (מלכים א, יא, 36). קדושת ירושלים העניקה לעיר מעמד מיוחד גם בעיני הדתות המונותיאיסטיות - הנצרות והאסלאם. הגרעין הקדום של ירושלים הוקם על גבעה הנמצאת דרומית-מזרחית להר הבית, מעבר לחומות העיר שנבנו על ידי העות'מאנים. אתר זה הוכרז כגן הלאומי ״עיר דוד״ והוא למעשה מקום לידתה של העיר ירושלים והמקום בו ניתן למצוא את שרידיה הקדומים ביותר. זהו מקום מפגש ייחודי בין ארכיאולוגיה, היסטוריה ומקרא וללא ספק האתר החשוב בישראל מתקופת בית ראשון. האתר ״עיר דוד״ מהווה חלק מהגן הלאומי הגדול יותר ״סובב חומות ירושלים”. הוא מנוהל על ידי רשות הטבע והגנים ומתופעל על ידי עמותת אלע”ד. באתר קיימים ממצאים מרשימים רבים ובהם חומות, מגדלים וביצורים שהגנו על העיר, מערכות מים גדולות ומשוכללות, מבנים שלטוניים ומיצגים רבים הממחישים את סיפרה הקדום של העיר, כפי שהוא משתקף מהממצאים הארכיאולוגיים ומפרקי התנ״ך. כמו כן מתבצע בעיר דוד שימור, מחקר וחינוך אודות ראשית יישובה של העיר.   היישוב הקדום - ראשיתה של ירושלים אין אנו יודעים במדויק מתי החלו לשבת בירושלים. הממצא הקדום ביותר הינו של שברי חרסים שנמצאו באזור מעיין הגיחון המתוארכים לסוף האלף השלישי והאלף הרביעי לפנה”ס (התקופה הכלקוליתית), אם כי לא נתגלו שרידים בנויים מתקופה זו (ועל כן אין להניח שהיה שם ישוב). לקראת סוף האלף השלישי ובראשית האלף השני (תקופת הברונזה) נבנו יישובי קבע חדשים בארץ ישראל, ובתקופה זו החל גם יישוב הקבע בירושלים. כאמור, הגרעין ההתיישבותי הקדום של ירושלים החל את קיומו בשטחה של ״עיר דוד״ של היום: בגבעה הממוקמת מדרום-מזרח לעיר העתיקה, אשר פסגתה מגיעה לגובה של 743 מטרים מעל פני הים. מתחת לשלוחה זו, באפיק נחל קדרון, נובע מעיין הגיחון. זהו מעיין קרסטי, שמימיו מגיחים ונפסקים חליפות, וייתכן שמכאן המקור לשמו. ביצורים מהתקופה הכנענית בעיר דוד (צילם: עמוס בן-גרשום, לע"מ).   על העיר הכנענית שהיתה במיקום זה, לפני תקופתו של דוד המלך, ניתן ללמוד מממצאים ארכיאולוגיים, תעודות כתובות חיצוניות, ורמזים במקרא. העדות הכתובה הקדומה ביותר שבה מופיע שם העיר בשלמותו היא בשתי הקבוצות של כתבי המארות המצריים מן המאות 18-19 לפנה"ס. מידע על ארץ ישראל במחצית הראשונה של המאה ה 14 לפנה"ס נמצא בארכיון המלכותי באל עמרנה שבמצרים. מהמכתבים אפשר ללמוד, שירושלים היא אחת מערי הממלכה החשובות בארץ, אך אין לה יתרון מיוחד על שכנותיה.המקרא מביא לנו תיאורים ספורים בלבד של העיר ירושלים בתקופה הכנענית, הקושרים את העיר אל מיקום התרחשותה של עקדת יצחק: ״ב וַיֹּאמֶר קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק, וְלֶךְ-לְךָ, אֶל-אֶרֶץ הַמֹּרִיָּה; וְהַעֲלֵהוּ שָׁם, לְעֹלָה״ ( בראשית כ״ב, 2). מדובר באחד ההרים שב"ארץ מוריה" ואילו בעל ספר דברי הימים זיהה את ההר שבו הוקם המקדש כהר המוריה: ״וַיָּחֶל שְׁלֹמֹה, לִבְנוֹת אֶת-בֵּית-יְהוָה בִּירוּשָׁלִַם, בְּהַר הַמּוֹרִיָּה, אֲשֶׁר נִרְאָה לְדָוִיד אָבִיהוּ״ (דברי הימים ב, ג׳, 1).   ירושלים בתקופת ההתנחלות והשופטים במקרא מצוירות לפחות שתי תמונות שונות של כיבוש הארץ: האחת מלמדת על כיבוש צבאי לאומי אחיד, מהיר יחסית ומוצלח, תחת שרביטו של המנהיג הלאומי יהושע. תמונה אחרת היא של כיבוש מקומי המתבצע על ידי שבטים ומשפחות, כיבוש הדרגתי ואיטי, הנושא בחלקו אופי של חדירה והתיישבות לא מלחמתית. השתקפותן של תמונות מקראיות אלו בממצאים הארכיאולוגיים היתה מקור לחילוקי דעות בין החוקרים, ונושאים רבים עדיין שנויים במחלוקת. ירושלים נזכרת במקרא בשני התהליכים. יש מידע רב אודותיה, אלא שלא פשוט לפענחו ולגבשו לכלל תמונה בהירה. המקרא מתעלם לחלוטין מתיאור כיבושה של ירושלים העיר בידי יהושע. אמנם מסופר שחמשת המלכים, ובראשם מלך ירושלים, נפלו במקדה, ושמלך ירושלים נמנה עם שלושים ואחד המלכים המנוצחים (יהושע י״ב, 10) אך אין כל אזכור באשר לגורל העיר עצמה.   ירושלים הופכת לבירת ישראל בתקופת דוד המלך - נכבשה ירושלים והפכה לבירת הממלכה המאוחדת. מגמת בחירתה היתה להביא לאחדות הממלכה כולה. דוד לא הסתפק בכיבושה של העיר, ואת מעמדה החדש הוא ביסס בישיבתו בה, בשינוי שמה ובמפעלי בנייה. רק לאחר מכן מתואר בניין ארמונו. מכאן הולכת ונגללת לפנינו פרשת ניסיונו של דוד להקנות לירושלים מעמד של בכורה לאומית ומרכז דתי בלעדי. דוד ניסה להעלות את ארון הברית לירושלים ולהקים בה בית לה׳. הנימוק המקובל לדחיית בניית המקדש הינו היות דוד "איש דמים" שהרבה במלחמות. שלמה, בנו של דוד, המשיך את מפעלי הבנייה של דוד בירושלים, אך גולת הכותרת של מפעלו היתה בניית בית המקדש. ירושלים, שבמרכזה המקדש, הופכת להיות בירה לאומית. חיזוקה של ממלכת שלמה הביא לכך שהיתה גם למרכז בינלאומי ומרכז דתי. במשך דורות התחוללו תהליכים היסטוריים רבי משמעות, שהובילו אט אט להפיכתה של ירושלים לישות מדינית דתית מיוחדת במינה, גם במושגים עולמיים. למרות זאת, ההכרזה המפורשת אודות עצם בחירתה בידי האל מושמעת רק בזמן בו העיר עמדה בפני ירידה ממשית בגדולתה ההיסטורית, כבירתה של ממלכת יהודה אשר נפרדה ממלכת ישראל: ״כִּי כֹה אָמַר יְהוָה אֱלֹהֵי יִשְׂרָאֵל, הִנְנִי קֹרֵעַ אֶת-הַמַּמְלָכָה מִיַּד שְׁלֹמֹה…וְלִבְנוֹ, אֶתֵּן שֵׁבֶט-אֶחָד--לְמַעַן הֱיוֹת-נִיר לְדָוִיד-עַבְדִּי כָּל-הַיָּמִים לְפָנַי, בִּירוּשָׁלִַם, הָעִיר אֲשֶׁר בָּחַרְתִּי לִי, לָשׂוּם שְׁמִי שָׁם״ ‫(מלכים א׳‫,י״א‫, 30-36) המקדש בירושלים המשיך ללא ספק להוות מרכז דתי מקומי. עם זאת, במשך מאות השנים שלאחר פירוד ממלכת ישראל ממלכת יהודה, כאשר ירושלים נעשתה בירתה של ממלכתה יהודה, חל פיחות משמעותי במעמדה של ירושלים. דגם של ירושלים בימי בית ראשון, המוצג במוזיאון ארצות המקרא (צילם: אריאל רייטנר).   תקופת חזקיהו בימיו של חזקיהו מלך יהודה (מאה 8-7 לפה״ס) נתחדש המאבק מול האימפריה האשורית. חזקיהו, שהעריך כי צבא אשורי יצא למאבק במורדים פתח במבצע ביצורים רב היקף בכל יהודה ובירושלים בפרט. חומות שופצו ופרצות נסגרו‏.  מפעלו השני של חזקיהו המלך היה הבאת המים לעיר. לשם כך חצב חזקיהו נקבה, הקרויה כיום על שמו - נקבת חזקיהו, באורך של קרוב ל-500 מטרים, אשר עוברת תחת בתי עיר דוד מצפון-מזרח לדרום-מערב, ומנקזת את מי הגיחון לתוך בריכת השילוח. תהליך חציבתה נחשב להישג הנדסי מרשים. בימי צדקיהו חזרה יהודה ונכבשה כליל, ובסופו של דבר, בשנת 586 לפנה"ס, בחודש אב, כבשו הבבלים את העיר והחריבו אותה עד היסוד (מלכים ב', כ"ה, ח'–ט').    נקבת חזקיהו (צילם: עמוס בן-גרשום, לע"מ)   משיבת ציון ועד לימינו בימי שיבת ציון (סוף המאה השישית לפנה"ס), נבנה בית המקדש השני והתחדש היישוב היהודי בירושלים. נחמיה הפחה (444 לפנה''ס) שיקם את חומות העיר ההרוסות בתוך תחומה המצומצם של עיר דוד ההיסטורית. לאחר מרד החשמונאים (אמצע המאה השנייה לפנה"ס) חזרה העיר למעמד של בירת הממלכה. בתקופת הבית השני התרחבה ירושלים בשנית לעבר הגבעה המערבית, שהפכה למוקד העיר ולמשכן האצולה. בשנת 70 לספירה, עם חורבן הבית השני, חרבה גם עיר דוד. לאחר דיכוי מרד בר כוכבא (בשנת 135 לספירה), ייסד הקיסר הרומאי הדריאנוס את עירו הפגאנית אִיליה קפיטולינה על חורבות ירושלים. בתקופה הביזנטית נבנתה שכונת מגורים גדולה בצפון הגבעה, ואילו בדרומה, סמוך לברֵכת השילוח, נבנתה כנסיית השילוח. במאה ה-11 לספירה הוסט תוואי החומה הדרומית של ירושלים צפונה, ועיר דוד נשארה מחוץ לתחומי העיר. במהלך השנים נשכח מקומה של עיר דוד, והגבעה ננטשה וחולקה לשטחים חקלאיים. בשלהי התקופה העות'מאנית התחדש היישוב בגבעה, כאשר מספר משפחות יהודיות בנו את ביתן בצִדה הדרומי (מ-1873 ואילך). שנים אחדות אחר כך באו לירושלים בני העדה התימנית, שעלו ארצה בעליית 'אעלה בתמ"ר' (תרמ''ב, 1882). התימנים בנו את שכונתם בכפר השילוח, הסמוך לכפר הערבי סילוואן. רק בסוף המאה ה-19, עם תחילת המחקר הארכאולוגי בירושלים, נחשפו בגבעה ממצאים שהובילו לזיהויה עם ירושלים הקדומה, ומאז ועד היום הייתה עיר דוד לתל הנחפר ביותר בתולדות המחקר הארכאולוגי. מראה אזור עיר דוד בתחילת המאה ה-20 (מתוך אוסף המושבה האמריקאית, באדיבות ספריית הקונגרס).   החפירות הארכיאולוגיות במאה ה-19, עם תחילת המחקר הארכיאולוגי בירושלים, מספר משלחות חופרים החלו לגלות ענין בשרידים העתיקים שנחשפו בעיר דוד. בעקבות החפירות הארכיאולוגיות נתגלתה העיר המקראית מחדש. החפירה הראשונה באתר נעשתה בשנת 1867, בידי צ’רלס וורן, שנכנס למעיין, ממנו המשיך לזחול במנהרה. כאן גילה את מערכת המים המכונה מאז בשמו 'מערכת פיר וורן’. בתוך מערכת פיר וורן (צילם: עמוס בן-גרשום, לע"מ).   בשנים 1978-1985 נערכה חפירה ארוכה ונרחבת בעיר דוד בראשותו של פרופסור יגאל שילה (1937- 1987), מהאוניברסיטה העברית בירושלים. הוא היה הראשון שניהל חפירה ארכיאולוגית רחבת היקף בעיר דוד תחת שלטון ישראל ומחקריו עדיין נחשבים לאחד מעמודי היסוד של המחקר בתחום זה. בעשרים השנים שלאחר מכן נערכו במקום חפירות רבות נוספות, בין היתר התבצעו חפירות בראשותם של פרופסור רוני ריין מאוניברסיטת חיפה, אלי שוקרון מרשות העתיקות, ד״ר דורון בן עמי וד״ר אילת מזר מהאוניברסיטה העברית בירושלים. גם בימים אלו החפירות נמשכות במספר מוקדים שונים באתר.

משכנות שאננים היא שכונת המגורים הראשונה שנבנתה מחוץ לחומות העיר העתיקה. השכונה נמצאת בסמוך לשכונת ימין משה, מול חומת העיר העתיקה, במורד שמעל בריכת הסולטן. היא נחנכה בשנת 1860 ביוזמת הנדבן הבריטי-יהודי סר משה מונטיפיורי מכספי העיזבון של הגביר יהודה טורא מניו אורלינס. כדי לספק למתיישבים פרנסה הקים סר מונטפיורי טחנת רוח. הטחנה היתה המבנה הראשון שנבנה בשכונה זו בשנת 1858, כשנתיים לפני שנחנך בה בית המגורים הראשון. מבנה הטחנה היה מגדל שעובי קירות בסיסו כמעט מטר, וגובהו מעל 15 מטרים, בנוי אבן שנחצבה במחצבות מקומיות ומצויד במיכון שנחשב מתקדם מבחינה טכנית באותה עת. תומאס ריצ'רד הולמן והחברה המשפחתית שלו – האחים הולמן מקנטרברי שבאנגליה, ייצרו את הציוד המכני של טחנת הרוח, אשר הובא באנייה לנמל יפו ומשם הובל לירושלים על גבי גמלים. הציוד הורכב בסיוע מהנדסים אנגלים ופועלים מקומיים. במשך 18 השנים הבאות, טחנת הרוח של מונטפיורי טחנה את החיטה המקומית וסיפקה קמח ופרנסה לקהילה היהודית הכללית בירושלים ובמיוחד לתושבי משכנות שאננים. התחזוקה והתפעול של טחנת הרוח של מונטפיורי פסקו בערך בשנת 1876; טחנה מונעת בקיטור, שלא הייתה תלויה בגחמות הרוח החלה לפעול במושבה הגרמנית הסמוכה הממוקמת ברחוב עמק רפאים 6 בשנת 1873, ובכך שמה קץ לכדאיות הכלכלית של טחינת קמח בכוח הרוח בירושלים. שתי טחנות רוח סמוכות, שנבנו בידי הכנסייה היוונית אורתודוקסית בשנות ה-50 של המאה ה-19 כדי לספק קמח לעולי הרגל הנוצרים, הפסיקו אף הן לפעול ככל הנראה בשנות ה-70 של אותה מאה. מגדל האבן ששימש את אחת מהטחנות הללו מהווה כיום חלק ממתחם מסחרי בקצה רחוב רמב"ן שבשכונת רחביה. לאורך מרבית המאה ה-20 מגדל טחנת הרוח של מונטפיורי שימש ציון דרך בירושלים, אמנם ציורי אך מוזנח ונטוש. אולם ב-1948, ממש לפני נסיגת הבריטים מארץ ישראל שהייתה נתונה לשליטתם בימי המנדט, ארגון ההגנה הקים עמדה צבאית על גג המגדל. מספרים שהנציב העליון הבריטי, שיצא מתפילת יום א' בכנסייה סמוכה, הבחין בתוספת והורה לפוצץ את המגדל כולו. אולם רצה הגורל וחיילי ההנדסה הקרבית שהוטלה עליהם המשימה היו במקור מראמסגייט, העיירה האנגלית שמונטפיורי התגורר בה כמעט חמישים שנה, וכשהם ראו את שם עירם מתנוסס על השלט לצד שמו של מונטפיורי, הם 'פירשו מחדש' את ההנחיות להרוס את המגדל והסתפקו בפיצוץ ההרחבה שעל גגו. ב-1967, לאחר איחוד ירושלים במלחמת ששת הימים, הקרן לירושלים העניקה למגדל המוזנח של טחנת הקמח שיפוץ ראשוני, שכלל את תיקון אבני המגדל והתקנת גג חדש, כיפת נחושת וכנפיים למראית עין. בשנת 1982 נפתח מוזיאון קטן בתוך המבנה. השיפוץ הבא התבצע בשנת 2000, לאחר שהתגלו סדקים במבנה ובכיפה והכנפיים החלו להתפורר ולסכן את המבקרים במקום. המבנה חוזק, והכנפיים הסמליות והכיפה הוחלפו.

מרכז המבקרים של ארכיון המדינה, שהוקם בשיתוף התכנית "ציוני דרך", מעניק למבקרים ביקור חוויתי ואקטיבי. המרכז מורכב משלושה מרחבים: המרחב בראשון הינו אולם דמוי מחסן ארכיונאי, בו מקבלים היכרות ראשונה עם ארכיון המדינה באמצעות הרצאה וסרט חביב ומרתק. המרחב השני הוא חדר האישים, שבו מונצחים 16 נשיאים וראשי ממשלה שהלכו לעולמם. כאן מעיינים המבקרים בתיעוד של אותם אישים ומתמודדים עם שאלה בסגנון חדר בריחה. והמרחב האחרון הוא חדר החידות, בו נמצאים ארבעה מחשבי מגע גדולים שבהם משחקים המבקרים במשחק של חידות היסטוריות על בסיס תיעוד ארכיוני. לאחר מכן מקבלים המבקרים טעימה מאתר האינטרנט של ארכיון המדינה – הכלי העיקרי בו אנו משרתים את הציבור.   המרכז ערוך לקבלת קבוצות בנות 40-5 משתתפים – בני נוער (מכיתה ט ומעלה) ומבוגרים. הביקור במרכז ללא תשלום.

בית יוליוס ג׳ייקובס מעון ראש הממשלה ברחוב בן מימון בירושלים נבנה ב-1933 עבור יוליוס ג'ייקובס, בכיר בפקידות הממשל הבריטי וסגן מושל ירושלים. הבית תוכנן על ידי האדריכל בנימין צייקין. בשונה מן המקובל בירושלים, המבנה נבנה בטון מזוין ללא חיפוי אבן. עם מותו של ג'ייקובס בפיצוץ מלון המלך דוד, המבנה הועבר לרשותה של הסוכנות היהודית ושימש את מועדון חובבי התיירות. ב-1950 נרכש על ידי ממשלת ישראל לצורך הסבתו כמשכן ראש הממשלה ובשנים הבאות אוכלס המבנה על ידי ראשי הממשלה דוד בן-גוריון, לוי אשכול וגולדה מאיר. בימי כהונתו של משה שרת כראש הממשלה, האחרון נותר להתגורר במעון שר החוץ ובתקופה זו ניתנה זכות הדיור בבית לשר האוצר לוי אשכול ולרעייתו אלישבע. בתקופה זו שופץ הבית ועם שובו של ב-גוריון לתפקיד ראש הממשלה, חזר להתגורר בבית זה. ב-1974 הועתק המעון למבנה חדיש והבית המיותם הועבר לעמותת יד לוי אשכול למימוש מטרותיה להנצחת זכרו ופועלו של ראש הממשלה אשכול. תיאור המבנה הבית תוכנן כווילה דו-קומתית בת חמישה חדרים: בקומת הקרקע חלל אירוח, חדר אוכל וחדר שינה ובקומה העליונה שני חדרי שינה וחדר עבודה מרווח. בפנימיותו של הבית בולט ניגוד חריף בין המידות הנדיבות של חדרי האירוח לבין מידותיהם הצנועות של שלושת חדרי השינה. הסלון וחדר האוכל שבקומת הקרקע וחדרי העבודה עם המרפסות הפונות לחזית הגן הנם חדרים רחבי ידיים ולעומתם נבנו חדרי השינה כחללים סמליים ובהם ארונות קיר צמודים. בשתי הקומות יציאה למרפסות הפונות אל גינת הבית ובקומת הקרקע ניתנה גישה מחדר המטבח אל חצר אחורית צרה המהווה דרך גישה אל חדר הכביסה ואל המוסך.  חדר הכניסה וגרם המדרגות הצמוד לו מהווים יחידה ארכיטקטונית בפני עצמה. שלוש מדרגות הכניסה אל הבית מוסגרו ביציקות שיש מלאכותיות ומשוות לכניסה מראה מרשים וצנוע יחד. דלת הכניסה המקורית של המבנה עוצבה גם היא בסגנון אר-דקו בעץ וחלל הכניסה מוקף ארבעה חלונות מלבניים אנכיים. לאחר שינוי ייעודו של המבנה למעון ראש הממשלה נוספו לו שתי תוספות: מקלט תת קרקעי ושתי בקתות שומר ששולבו בגדר ההיקפית.  בשנים 2004-2002 עבר המבנה עבודות שיקום ראשוניות, במסגרתן אושרה הרחבת השטח הבנוי על ידי קירוי הגג ותיחומו כקומה שלישית. בימים אלו מתחדשות עבודות התכנון והבנייה.

בין גוש עציון לירושלים בנויה מערכת המים ״אמת הביאר״. מערכת זו סיפקה מים בנאמנות לירושלים במשך 2000 שנה, הישג מדהים בכל קנה מידה. מערכת המים "אמת הביאר" בנויה מקילומטרים של מנהרות תת קרקעיות, חצובות ביד אמן ובתכנון הנדסי מדויק להפליא. היא שימשה חלק ממערכת המים שבנה הורדוס להולכת מים לירושלים ולבית המקדש בימי בית המקדש השני כמענה למצוקת המים ששרה באותה התקופה. האמה ממוקמת בצפון הר חברון שנמצאת באזור המועצה האזורית גוש עציון.     רקע ראשיתה של אמת מים זו בימי בית שני, ימי הזוהר של ירושלים ובית המקדש. באותם הימים יצא שמה של ירושלים ההרודיאנית למרחוק כאחת הערים היפות בעולם, ובית המקדש המתחדש, אדיר המימדים, משך אליו גלים חדשים של עולי רגל. בתקופה זו מקורות המים שבירושלים (מעין הגיחון, בריכות המים הציבוריות ובורות המים שבבתים) לא הספיקו לצרכי העיר. בימי החשמונאים, ובעיקר בימי הורדוס ובמאה הראשונה לספירה, גדלה העיר והתרחבה, כמויות גדולות של מים היו דרושות לצורכי עבודת הקודש בהר הבית ובייחוד בשלושת הרגלים. לשם כך תוכננה ונבנתה מערכת חדשה לחלוטין, שכללה נקבות, פירים, ושתי אמות מים שהובילו מים עד לבריכות שלמה: אמה במפלס נמוך- האמה התחתונה, שמקורה במעיינות ואדי אל-ערוב, ו״אמת הביאר״: אמה שמפלסה כ-30 מטר גבוה יותר-האמה העליונה, המובילה מים מ"נחל הפירים" בערבית "ואדי אל ביאר" (בורות) אל בריכת שלמה. חלקה השני של המערכת חיבר בין בריכת שלמה לירושלים. אמות המים לירושלים פעלו בהפסקות מימי בית שני ועד מלחמת ששת הימים. עם השנים עברה המערכת שיפוצים ושכלולים עד שבמאה ה-17 האמה הושבתה. לאחר מבצע שיקום יסודי, הפעילו הבריטים את האמות בשנות העשרים של המאה הקודמת. נבנה סכר אגירה גדול באזור האמה והיא פעלה כסדרה עד מלחמת ששת הימים. עם איחודה של ירושלים הושבת המפעל.   אמת הביאר וחלקיה השונים אמת הביאר שעדין זורמים בה מים, נחשבת לאחר מאמות המים העתיקות והמרשימות ביותר בארץ על אף שהיא אמה קצרה יחסית ואורכה 4.7 ק"מ בלבד. האמה מובילה מים לבריכה העליונה שבברכות שלמה. באמה זו ניתן לראות ניקבה, אמה ומנהרה במרחקים קצרים זה מזה. תחילתה במעין "עין ואדי אל ביאר" הנובע מתוך מחילה קרסטית שאורכה מגיע ל-84 מטרים.   תיארוך האמה והפעלתה חוקרים שונים מתארכים את אמת הביאר לתקופות שונות בהפרש של עד 200 שנה: החל מימי המלך אלכסנדר ינאי (תקופת החשמונאים), ימי הורדוס ואף לתקופה הרומית. כיום אין די נתונים לקבוע בביטחון את תחילת זמן פעילותה של האמה אך אין ספק שהאמה פעלה מן התקופה הרומית ואילך. לפי עדויות הייתה האמה בשימוש סדיר עד סוף תקופת המנדט. מאז חדלו לנקותה, אולם האמה ממשיכה לזרום גם כיום בחודשי החורף של שנים גשומות במיוחד.   האתר כיום אמת הביאר פועלת היום כאתר תיירות לאחר שהוכשרה על ידי החברה לפיתוח גוש עציון. ניתן לעשות סיורים בתוך נקבות האמה בשני מסלולים: הליכה במנהרה באורך של כ- 40 מ' לכיוון המעיין התת-קרקעי, עין האמה (גובה זרימת המים - 30 ס"מ) חזרה באותה הדרך. הליכה במנהרת המים - חלק ממנהרת המים שהובילה את המים עד בריכות שלמה. ההליכה במנהרה היא לאורך של כ- 135 מ', (גובה זרימת המים כ-60-80 ס"מ), היציאה מתוך המנהרה בסולם מתוך פיר וחזרה רגלית של כ- 3 דק' הליכה לנקודת היציאה.

מצודת ירושלים, המכונה מגדל דוד, הנה אחד המבנים ההיסטוריים הקדומים ביותר בירושלים. המצודה ממוקמת בפינה הצפון – מערבית של הגבעה המערבית להר הבית ולעיר דוד. נקודה זו היא נקודת התורפה של ירושלים שכן בדיוק במקום זה נפגשים גיא בן-הינום ונחל הערב המקיפים את הגבעה המערבית ממערב ומצפון וכך נוצר מעבר נוח יחסית אל העיר, עובדה החושפת את העיר להתקפות אויבים ופולשים. תפקידה של המצודה הוא להגן על העיר מפני התקפות אלה. הבניה באזור המצודה החלה כבר בתקופת בית ראשון. עם התפשטות העיר והתרחבותה לכיוון הגבעה המערבית הורגש הצורך הדחוף בהגנת תושבי העיר באזור החדש. ואכן, באזור המצודה נמצאו שרידי חומה אשר נבנתה ככל הנראה בימיו של חזקיהו המלך (725-698 לפנה"ס). קטע חומה שנחפר במתחם הקישלה שבמגדל דוד ומתוארך לימי בית ראשון (צילמה: ורד פיצ'רסקי)   בתקופת החשמונאים נבנתה חומה, על תוואי החומה מימי בית ראשון. במסגרת בניה זו נבנו גם מגדלי שמירה באזור המצודה ולראשונה הפך אזור זה לאזור המוגן ביותר בעיר. במצודה נתגלו אבני בליסטראות אשר שימשו, ככל הנראה, את אנטיוכוס סידטס, שצר על ירושלים בתקופתו של יוחנן הורקנוס (135-104 לפני הספירה) . המלך הורדוס (40-4 לפנה"ס), אשר החליף את השושלת החשמונאית הגביר מגמה זו. הוא בנה באזור המצודה את ארמונו והקים בצמוד אליו שלושה מגדלי שמירה מפוארים, היפיקוס, פצאל ומרים. הרומאים, אשר החריבו את ירושלים בשנת 70 לספירה לא הרסו את המגדלים, אשר שימשו עדות לעצמתה של ירושלים וכן שימשו את הרומאים למחנה הלגיון העשירי. במאה הרביעית לספירה קיבלה האימפריה הרומית את הדת הנוצרית ותחת שלטונו של הקיסר קונסטנטינוס (311-337 לספירה) הפכה האימפריה הרומית לאימפריה הביזנטית, אשר הנצרות היתה בה הדת הדומיננטית. שינוי דתי זה הביא לשינוי משמעותי במעמדה של ירושלים ובתפקידה של המצודה. כעת נותר בה רק מגדל אחד מימיו של הורדוס, מגדל פצאל, ואזור המצודה הפך למקום מושבם של נזירים. בתקופה הביזנטית החלו לקרוא למגדל פצאל "מגדל דוד" בגלל טעות של עולי הרגל הרבים שהגיעו לעיר וציפו למצוא שרידים מימיו של דוד. בשנת 638 כבשו הכוחות המוסלמיים את ירושלים. המוסלמים בנו בסמוך למגדל פצאל מגדל שמירה עגול ובנו חומות, שחיברו בין המגדלים, כך נוצרה לראשונה מצודה סגורה במקום, אשר שימשה להגנה ולמגורי חיילים. הצלבנים, אשר כבשו את ירושלים בשנת 1099,  הקימו באזור המצודה את ארמון מלך ירושלים ומגדל פצאל (מגדל דוד בלשונם של הצלבנים) היה חלק מסמלו של מלך ירושלים. באותה תקופה קיבלה המצודה את התווי הכללי הקיים עד היום. אז נוסף למבנה המצודה מלבד חומות ומגדלים גם חפיר שהקשה את הגישה לחומות. בתקופה האיובית (1187-1260) נהרסה המצודה ושוקמה רק במאה ה – 14, על ידי הממלוכים. המבנה הכללי של המצודה, נשאר כפי שהיה בתקופה הצלבנית, מלבד מגדלים אחדים ומבנים קטנים למגורי החיילים שנוספו. ירושלים נכבשה ע"י האימפריה העות'מאנית בשנת 1517. הסולטאן סולימאן המפואר, אשר הקים את חומות העיר שאנו מכירים כיום, החל גם בשיפוץ המצודה. במסגרת שיפוץ זה נוספו שער חיצוני, גשר ורחבת משמר. בשלבים מאוחרים יותר נבנה שער פנימי, ביצור קדמי עם חפיר וחומה להצבת תותחים וכן מסגד פתוח בכניסה הראשית למצודה. גם בתוך המצודה עצמה נבנה מסגד חדש וצריח, שנועד לקריאה לתפילת המוסלמים (מינארט). החל מתקופה זו נקרא צריח זה בשם "מגדל דוד", שם הקיים עד ימינו. הבריטים, אשר כבשו את ירושלים מידי העות'מאנים בשנת 1917, החלו בחפירות ארכיאולוגיות במקום והתייחסו אל המצודה כאתר היסטורי, בו התקיימו תערוכות אומנות ומופעי תרבות שונים. לאחר מלחמת השחרור, שבה ותפקדה המצודה כאתר צבאי ועל חומות המצודה עמדו חיילים ירדניים, אשר צפו על הנעשה בחלק המערבי של העיר, שהיה חלק ממדינת ישראל. בחלק מסוים של המצודה אף הועמדו תותחים שכוונו לאזור הישראלי.  לאחר מלחמת ששת הימים ואיחודה של ירושלים תחת שלטון ישראלי הוחלט על הפיכת המקום למוזיאון לתולדות ירושלים. ביזמתו של מירון בנבנישתי, שהיה סגן ראש העיר וטדי קולק, ראש העיר, נערכו במקום חפירות ארכאולוגיות ובמקום הוצבה תערוכה חדשנית וחווייתית המתארת את תולדותיה של העיר המיוחדת ומרתקת הזו. בשנת 1989 נפתח במקום מוזיאון מגדל דוד – המוזיאון לתולדות ירושלים, בסיועם של קרן ויויאן קלור – דאפילד וקרן קלור באמצעות 'קרן ירושלים'. בחדרי המשמר של המצודה ממוקמת תערוכת הקבע של המוזיאון, המציגה את סיפורה של ירושלים על פני 4000 שנה, מהתקופה הכנענית ועד לאיחודה מחדש של העיר בשנת 1967. בחצר המצודה נמצאים שרידים ארכיאולוגיים, המתעדים כל תקופה ותקופה בתולדות העיר, החל בשרידיה של מחצבה מימי בית ראשון, דרך חומת חזקיהו, החומה החשמונאית, המגדל ההרודיאני והצריח העות'מאני המוכר כ"מגדל דוד". אודות השם ״מגדל דוד״ אף שהמצודה מכונה "מגדל דוד", אין כל קשר בינה לבין דוד המלך. שורשיה של הטעות נעוצים בתקופה הביזאנטית בפירוש מוטעה של כתבי יוסף בן מתתיהו על ידי אבות הכנסייה, אשר שייכו את מגדל פצאל לדוד המלך. אז נהגו לזהות בטעות את הגבעה עליה ניצבת המצודה עם העיר המקראית שבנה דוד (לימים זוהה מיקומה של עיר דוד למרגלותיו של הר-המוריה). המוסלמים כבשו את ירושלים במאה השביעית, ואף הם קישרו את מגדל פצאל עם דוד המלך וכינו אותו "מחראב נבי-דאוד". במאה ה-19, עם בואם של אנשי המערב לירושלים בחיפוש אחר שרידי הכתובים, זוהה בטעות צריח המסגד כמגדל דוד. כעת הועתק כינויו של מגדל פצאל לצריח התורכי, וזה קיבל את השם "מגדל דוד".  מראה כללי של חצר המצודה במגדל דוד (צילמה: ורד פיצ'רסקי)   הכשרת חפיר המצודה לביקורי קהל כמו מרבית המצודות, ובמיוחד אלה של ימי הביניים, גם מצודת ירושלים הייתה מוקפת חפיר. החפיר, הנה תעלה עמוקה שהקיפה את המצודה מכל עבריה ושימשה קו הגנה ראשון כנגד האויב המתקרב. בניגוד לחפירים האירופיים, החפיר של מצודת ירושלים היה חפיר יבש (ללא מים). בחפירות שנערכו במקום בשנות ה-80 של המאה העשרים התברר שהחפיר נבנה על גבי שרידים קדומים מימי הבית הראשון ומימי הבית השני. אלה הם שרידים בעלי חשיבות רבה, בהיותם עדויות לתקופות קדומות בסיפור תולדות ירושלים. ביקור בחפיר המצודה, יזמן לקהל הרחב הזדמנות נדירה לצפות בעדויות אלו. בתחתית החפיר נתגלתה מחצבה מימי הבית הראשון וייתכן שקודם לכך. המחצבה כמו ננטשה באחת ועד היום ניתן לראות בה אבנים חצובות ללא ניתוק מהסלע ודפוס של אבנים שכבר הוצאו לבניה. יתכן שמחצבה זו סיפקה אבנים למפעלי בנייה גדולים, וכי מכאן נחצבו האבנים ששימשו לבניית אחד המבנים המונומנטלים מימי מלכי לבית דוד. הממצא המרשים והחשוב ביותר שנחשפו בחפיר המצודה הוא גרם מדרגות מונומנטלי המוביל לבריכת ענק. ממצא זה הוא ללא ספק חלק מארמונו של המלך הורדוס ויתכן שימש עוד קודם לכן את מלכי החשמונאים. ארמונו של הורדוס מתואר ע"י יוסף מבן מתתיהו כמי ששכן באזור והחפירות שנערכו במקום מחזקות את עדותו. במהלך החפירות "זרמו" מאות פרוטות חשמונאיות מן התעלה שהובילה את המים אל הבריכה (אותה מכסים עדיין חלקי טיח נגד מים).

בית הרב קוק הוא הבית שבו חי ופעל הרב אברהם יצחק הכהן קוק משנת 1923 ועד לפטירתו בשנת 1935. הבית שוכן ברחוב הרב קוק 9 בירושלים, ליד בית טיכו. הרב קוק הוא אחת הדמויות המשמעותיות ביותר בעולם היהודי של הדורות האחרונים. הוא היה הרב הראשי האשכנזי הראשון בארץ ישראל, איש הלכה, פוסק, מקובל, הוגה דעות ומשורר והוא נחשב לאחד מאבות הציונות הדתית. הוא הקים את הרבנות הראשית לארץ ישראל שבה כיהן וכן ייסד את ישיבת מרכז הרב. כיום, בית הרב קוק משמש כמוזיאון אשר בו מוצגים סרט ותערוכה על חייו ופועלו. המקום שופץ אך פוטנציאל הביקור באתר עוד טרם מומש במלואו. במסגרת פרויקט ״ציוני דרך״ יהפוך בית הרב קוק לאתר מושקע ומשופץ בעל תצוגה חדשנית. הפרויקט יכלול הפקת סרט אודות הרב וחידוש כולל של התצוגה ומהלך הביקור במקום. התצוגה החדשה תהיה עשירה בחידושים טכנולוגיים ותיצור חוויה דינמית ועכשווית, מסקרנת ומעוררת חשיבה. דרכה ילמדו המבקרים על סיפורו של הרב, על תורתו והגותו ועל תרומתו למפעל הציוני ולעיצוב פניה של מדינת ישראל. בית הרב קוק הוא הבית אשר בו חי ופעל הרב אברהם יצחק הכהן קוק בשנים 1923 עד פטירתו ב-1935. הבית שוכן בקומה העליונה בבניין הבנוי ברחוב הרב קוק 9 בירושלים, ליד בית טיכו. הרב אברהם יצחק הכהן קוק הוא אחת הדמויות המשמעותיות ביותר בעולם היהודי של הדורות האחרונים. הוא היה הרב הראשי האשכנזי הראשון בארץ ישראל, איש הלכה, פוסק, מקובל, הוגה דעות ומשורר והוא נחשב לאחד מאבות הציונות הדתית. הוא הקים את הרבנות הראשית לארץ ישראל שבה כיהן וכן ייסד את ישיבת מרכז הרב. הרב קוק חי בתקופה שבה שב עם ישראל לארצו לאחר גלות בת אלפיים שנה. הוא ראה בשיבה מן הגלות לארץ ישראל ובציונות את תחילת הגאולה. תורתו של הרב מקיפה את כל המציאות האישית והחברתית ונוגעת לכל אדם באשר הוא אדם. מחשבתו משקפת התמודדות יהודית אמיתית אל מול עולם חדש ומגוון ומציעה דרך רוחנית המתאימה עצמה למציאות המשתנה. כיום, בית הרב קוק משמש כמוזיאון שבו מוצגת תערוכה וסרט על חייו ופועלו. הבית שופץ ושוחזר תוך שמירה על אופיו כפי שהיה בחיי הרב. באגפו הדרומי נמצאים חדר הרב על ריהוטו המקורי; הטרקלין - חדר קבלת האורחים של הרב ובו תמונות גאונים וצדיקים; חדר התערוכה - החדר שימש כספריית הישיבה וכעזרת נשים, וכיום נמצאת בו תערוכה קבועה על חיי הרב ופועלו; בית הכנסת - האולם החשוב והמרכזי בבית, שבו היתה ישיבת 'מרכז הרב' בתחילת דרכה. באגף הצפוני, ששימש דירת מגורים למשפחת הרב, נמצאים היום חדר עיון, המרכז התיעודי והמרכז הפדגוגי. במקום מתקיימים שיעורי תורה, ימי עיון וחזיון אורקולי על חיי הרב ואהבת ישראל. "בית הרב" גם מוציא לאור ספרים וכתב עת, מקיים ימי עיון העוסקים בדמותו ובהגותו של הרב קוק ומוציא סיורים מודרכים באתרים בסביבה הקשורים ברב קוק או בתלמידיו הגדולים כמו הרב אריה לוין.