״מחנה המעפילים עתלית על שם משה סנה״ הינו אתר לאומי משוחזר המספר על תקופת ההעפלה המאורגנת. תקופה זו החלה בשנת 1934 ונמשכה עד הקמת המדינה בשנת 1948, בזמן בו מחנה ההעפלה בעתלית שימש כמחנה מעצר למעפילים שנתפסו על ידי הבריטים. מחנה המעפילים בעתלית, המשמש כאתר חינוכי פעיל, ממשיך לספר את סיפורה המופלא של ההעפלה, שהייתה לחלק משמעותי מהתודעה הלאומית ומסיפור המדינה שבדרך. במסגרת תכנית ״ציוני דרך״ יזם אגף מורשת במשרד ראש הממשלה בשיתוף עם המועצה לשימור אתרי מורשת בישראל תכנית פיתוח חדשה לאתר. מדובר ב״תכנית אב״ למתחם המחנה כולו. תכנית זו תהווה מנוף לפיתוחו העתידי של האתר כמרכז ביקור חווייתי וערכי מרכזי לנושא ההעפלה לישראל. במסגרת התוכנית יתבצעו תכנון ואפיון מחודשים של האתר, והתאמה של התכנים לחזון ולחוויית ביקור חדשה ומעצימה. התוכנית כוללת בין היתר שחזור מבנים שונים, יצירת תצוגות, המחשות ועיצוב נופי חדשים והגדרה מחדש של מסלולי הסיור. התצוגות והתכנים החדשים יתמקדו הן בסיפורו המקומי של המחנה, והן במפעל ההעפלה בכללותו. הן יאירו את תהליך ההעפלה כסופו וכשיאו של מסע תלאות רצוף קשיים האוצר בתוכו גם תקווה של חיים חדשים על אדמת המולדת. ״מחנה המעפילים עתלית על שם משה סנה״ הינו אתר לאומי משוחזר המספר על תקופת ההעפלה המאורגנת. תקופה זו החלה בשנת 1934 ונמשכה עד הקמת המדינה בשנת 1948.בתקופה זו נכלאו במחנה מעפילים שנתפסו לאחר מאבק עם הבריטים בעת עלייתם לארץ ישראל בדרכי הים והיבשה וכן פעילי היישוב שנאבקו בשלטון הבריטי, ביניהם לוחמי אצ"ל, לח"י ועצורי "השבת השחורה". באתר נמצאים מבנים משוקמים ומשוחזרים של מחנה המעצר הבריטי המוקף גדרות התיל: מגדלי השמירה, צריף המיון, צריף החיטוי וצריף המגורים. בנוסף להם נמצאת באתר אנייה המדמה את וממחישה את התלאות שעברו המעפילים בדרכם לארץ ישראל. האתר מהווה מרכז הדרכה חינוכי ללימוד מורשת ההעפלה והוא עורך סיורים מודרכים ותוכניות חינוכיות מגוונות. בנוסף להן האתר מציע צפייה בסרט על פריצת הפלמ"ח למחנה באוקטובר 1945, מיצג על ילדי טהרן וכן ביקור ב״בנתיבי ההעפלה״ - מרכז מידע ומחקר לתולדות ההעפלה על שם אלוף מרדכי (מוקה) לימון. זהו מאגר מידע ממוחשב המכיל את שמותיהם של מעפילים, פעילי העפלה ומתנדבים, וכן מידע מקיף הנוגע לתקופת ההעפלה בזמן שלטון המנדט הבריטי בארץ.   רקע היסטורי בין השנים 1934-1948, בתקופה הקשה שלאחר עליית היטלר לשלטון בגרמניה, שלטון המנדט הבריטי בישראל הטיל הגבלות וצמצומים משמעותיים על רישיונות העלייה לארץ. יהודים רבים שרצו לעלות לישראל לא יכלו לעשות זאת באופן חוקי, וכך הגבלה זו הצמיחה מתוכה תופעה הרואית ייחודית – 'ההעפלה' או העלייה הבלתי לגאלית לארץ ישראל. בין השנים 1934 ועד 1939 הגיעו לחופי הארץ כ-50 אניות שנשאו מעל 20,000 מעפילים. מלחמת העולם השנייה, שפרצה בספטמבר 1939, הקשתה על המשך מבצע ההפעלה, אך הצורך בהצלת יהודים שימש כגורם מניע מרכזי להמשך תנועת ההעפלה. עד שנת 1945 הגיעו כ-16,000 מעפילים ב-25 אניות.  גל ההעפלה המשמעותי והגדול ביותר התרחש לאחר המלחמה. ב-3 שנים בלבד, 1945-1948, עלו לארץ כ- 70,000 מעפילים, רובם ניצולי שואה ופליטים שנדדו באירופה בסיוע “תנועת הבריחה”, והועלו על יותר מ- 60 אניות. במהלך השנים האניות אורגנו על ידי המוסד לעליה ב', תנועת בית"ר וארגונים פרטיים. בזמן המלחמה ובמקביל להעפלה הימית, ארגן המוסד לעליה ב' מבצע העפלה יבשתי מארצות ערב, במהלכו עלו מעל 7,500 מעפילים בעיקר מעיראק, סוריה ולבנון. מסעם הרגלי, בעזרתם של חברי "החוליה", הסתיים בגניבת הגבול בצפון הארץ ומעבר אל יישובים סמוכים. בקיץ 1947 עלו ב"מבצע כנף" כ-150 מעפילים ב- 3 טיסות שאורגנו גם הן ע"י המוסד לעליה ב'. המטוסים שיצאו מעיראק ומאיטליה, נחתו במושב יבנאל ולא נתפסו. הבריטים ניסו למנוע את כניסת אניות המעפילים לארץ בדרכים שונות ובאוגוסט 1946 פתחו במבצע "איגלו", במהלכו גורשו המעפילים למחנות שהוקמו הבריטים בקפריסין. היישוב היהודי התגייס והתלכד כולו למען הבאת מעפילים לארץ ישראל. ההנהגה הציונית, שבתחילה הסתייגה ממפעל זה מתוך חשש לעלייה החוקית, החלה מ-1939 להפעיל לחץ בינלאומי על מנת לאפשר למעפילים להגיע. אנשי היישוב ערכו עימותים והפגנות כנגד הבריטים, התגייסו לפעילויות שונות בארץ ויצאו לשליחויות באירופה על מנת לתפעל את ההעפלה. השלטון הבריטי נאבק במבקשים לעלות ארצה ללא אשרות כניסה ובמסגרת זו הקים בארץ ישראל ומחוצה לה מחנות מעצר למעפילים. מחנה המעצר למעפילים בעתלית היה מחנה המעצר המרכזי בארץ ישראל אשר פעל בין השנים 1939-1948. במחנה היו צריף חיטוי, צריפי מרפאה, מטבחים וחדרי אוכל. בין גדרותיו וצריפיו הוחזקו עשרות אלפי מעפילים. לאחר כל התלאות שעברו בדרכם לארץ ישראל מצאו עצמם המעפילים שוב מאחורי סורג ובריח, והפעם על אדמת ארץ ישראל: "...קשה לי לתאר את ההרגשה. לראות סוף סוף את חופי הארץ ואת העיר חיפה ולדעת שבפעם הראשונה, לא נזכה לרוץ על אדמת ארץ-ישראל כאנשים חופשיים – אלא בפעם הראשונה נדרוך על אדמת ארץ ישראל כאסירים..." (מתוך עדותה של מעפילה).  בליל 10 באוקטובר1945 פרץ למחנה כוח מהגדוד הראשון של הפלמ"ח ושחרר את כל 208 המעפילים שהיו עצורים בו באותה העת. בין השנים 1946-1948 הוחזקו במקום גם עצורי "השבת השחורה" ולוחמי המחתרות, שנעצרו על ידי הבריטים במלחמתם לעצמאות. עם הקמת המדינה, היה המחנה אחד מאתרי הקליטה הראשונים לגלי העלייה ההמונית. בתקופה זו שימשו חלק מצריפי המחנה כבית זמני לגרעין המייסד של קבוצת "עין כרמל" שחבריו שהו במקום כשנתיים עד יישובם בנקודת קבע. במבצע קדש (1956) ובמלחמת ששת הימים (1967) הוחזקו במחנה אלפי שבויים מצבאות מדינות ערב עד שבוצעו חילופי שבויים. לאחר מלחמת סיני ומלחמת ששת הימים שימש המקום כמחנה לשבויים מצרים. בשנת 1950 הוא שימש כמחנה עולים לעולי תימן ובנוסף כמעברה ל-1,200 משפחות. עם התגברות העלייה מעיראק פונו המשפחות מהמעברה והמחנה הוסב למחנה קליטה ומיון של עולים שכונה "שער עלייה ב’”. בשלהי שנות ה-70 פורק המחנה כמעט לחלוטין ונעזב - גורלו של מחנה המעצר למעפילים בעתלית, היה כגורל אתרים נוספים מראשית ההתיישבות: הרס, כתוצאה מחוסר מודעות לערכם ההיסטורי.   מחנה המעצר למעפילים כאתר לאומי משוחזר למפעל ההעפלה היו הישגים רבים עבור עם ומדינת ישראל. ההעפלה הצליחה להביא להצלת יהודים, עזרה להעלות את "הבעיה היהודית" על שולחן הדיונים הבינלאומי והיוותה סמל תודעתי חשוב הן עבור הניצולים והן עבור היישוב. בשנת 1987, במעמד נשיא המדינה מר חיים הרצוג ואישים רבים, הוכרז המחנה כאתר לאומי. האתר מנוהל על ידי המועצה לשימור אתרים. את תכנית השיקום הראשונה של האתר הכין בהתנדבות האדריכל מנחם כץ ז"ל שהעפיל לארץ ישראל על האנייה "ברכה פולד" והיה עצור במחנות בקפריסין ובמחנה בעתלית. מנהלו הראשון של המחנה שהוביל את תכנית הפיתוח היה צביקה הררי ז"ל. במהלך השנים הפך המחנה למרכז חינוכי ללימוד מורשת ההעפלה. השימור הפיסי של המחנה מעניק לאתר את עצמתו כאתר היסטורי. זהו העוגן לשימור הסיפור, שימור המורשת והזיכרון של אחת התקופות המשמעותית ביותר בתולדות העם. שיקום המחנה על חלק מצריפיו, מגדלי השמירה, גדרות התיל, האנייה המדמה אניית מעפילים, והמייצגים הייחודיים הנוספים שבו, מאפשר לקהל המבקרים לגעת בעבר ואולי אף לחוש מעט את תעצומות הנפש והכמיהה שהניעו את המעפילים ופעילי ההעפלה לצאת לדרך כנגד כל הסיכויים. במהלך הביקור רואה הציבור, כיצד אחריות הדדית, שותפות גורל ויעדים משותפים מצליחים ליצור תופעה ייחודית שאין לה אח ורע בתולדות האנושות: תנועת הבריחה באירופה שלאחר מלחמת העולם השנייה ופרשת ההעפלה.   מוקדי עניין עיקריים: מוזיאון האנייה בקיץ 2010 נפתח "מוזיאון אניית המעפילים": אנייה המדמה את מסע ההעפלה לארץ-ישראל בעזרת מולטימדיה. לצורך פרויקט זה נרכשה עבור האתר אנייה הדומה הן במצבה הרעוע והן בתפוסתה לספינות המעפילים. במהלך הביקור באנייה, המבקרים חווים יחד עם המעפילים את ההתרגשות, הציפייה, הקשיים, הצפיפות והשמחה על ההגעה לחופי הארץ אשר ליוו את מסעות ההעפלה. צריף החיטוי לאחר הקליטה נשלחו המעפילים לחיטוי בצריף הדיזאינפקציה. התהליך כלל חיטוי הגוף באמצעות ריסוס אבקת DDT, חיטוי הבגדים במכונת קיטור ולבסוף מקלחת: את הבגדים צררו כחבילה אחת והכניסו לתוך מתקן הקרוסלה. משם הועברו הבגדים לתוך מכונת הקיטור ועברו חיטוי באמצעות אדים. מבנה הדיזאינפקציה הוא מקורי. הצריף עבר שיפוץ ושיקום.   צריף המגורים המשוחזר בכל צריף היו 40 עד 80 דרגשי שינה. לעיתים היה צורך להצמיד את הדרגשים אחד לשני עד כדי כך שהדרגשים נראו כמדפים ארוכים. במקרים רבים המעפילים נאלצו לתלות את חפציהם על הקורות העליונות בגלל הצפיפות. בשעות היום עסקו המעפילים במטלות שונות: לימודי עברית, ניקיון הצריפים, בניית שבילים בין הצריפים והקמת ערוגות נוי. עם רדת החשיכה הם הוכנסו לצריפים ולאחר מפקד הערב נסגרו החלונות וננעלו הדלתות עד לבוקר המחרת.   ״בנתיבי ההעפלה״ - מרכז מידע ומחקר לתולדות ההעפלה על שם אלוף מרדכי (מוקה) לימון: ארכיון מידע ממוחשב הכולל איסוף עדויות של מעפילים ופעילי עלייה, וכן מידע מקיף הנוגע לתקופת ההעפלה בזמן שלטון המנדט הבריטי בארץ. בארכיון מסמכים היסטוריים, קטעי עיתונות, צילומים, כתבים אישיים ופריטים שנתרמו על ידי עולים מעפילים, ימאים וגורמים נוספים.

בגן הלאומי ״הרודיון״ החליט הורדוס להקים את הגדול והמפואר שבארמונותיו. האתר נמצא בפסגת הר בגבול מדבר יהודה ונמנה עם המבנים החשובים ביותר בעולם הקדום. האתר תוכנן כמכלול ארמונות ענק וכלל גם חומות, מגדלי שמירה, מתחם בילוי מפואר, מרכז מנהלי למרגלות ההר, וכן תיאטרון מלכותי ומבנה קבורה במדרון ההר. לקראת מותו הפך הורדוס את הר הרודיון למצבת נצח ענקית בדמות הר מלאכותי הבולט למרחוק. לפי יוסף בן מתתיהו הורדוס גם נקבר באתר בטקס מפואר. בתקופת המרד הגדול נפלה הרודיון לידי המורדים היהודים שאיישו את המבצר והתבצרו בו כנגד כוחות הרומאים. גם בתקופת מרד בר כוכבא שימש האתר כמקום מקלט למורדים היהודים אשר הותירו אחריהם מחילות ומערות מסתור חצובות בסלע. בתקופה הביזנטית נבנו על השרידים במקום כנסיות וקפלה ובסוף תקופה זו האתר ננטש סופית. בשנים האחרונות, במסגרת פרויקט ״ציוני דרך״, מעורב אגף ״מורשת״ של משרד ראש הממשלה במיזמים רבים ושונים בגן הלאומי הרודיון. הפרויקטים כוללים טיפול כללי באתר, פיתוח שבילים, שימור השרידים הקדומים והתקנת אמצעי המחשה והקרנות. בנוסף לאלו מיזם ציוני דרך תומך בשני פרויקטים פרטניים: פרויקט ראשון מתמקד בשימור התא המלכותי (האולם המלכותי שבתאטרון). הפרויקט יכלול את שימורם של ציורי הקיר במצבם הנוכחי, ובנייה של מבנה אקלימי לחדר זה, אשר ייתן הגנה ומענה מתאים לשמירה והצגה על הציורים בהקשרם המקורי כחלק מהתאטרון. תכנון פרויקט התא המלכותי הסתיים. הביצוע מתעתד להתחיל בחודשים הקרובים.  פרויקט שני מתבצע במקום על ידי אגף ״מורשת״ בשיתוף עם "המשלחת לחקר הרודיון" של האוניברסיטה העברית. הפרויקט כולל את המשך החפירות הארכיאולוגיות ב״פרוזדור הכניסה״ הממוקם בחלקו העליון של האתר ומוביל אל הארמון אשר בראש ההר, חשיפת הפרוזדור ושיקומו. אזור זה יאפשר למבקרים גישה ישירה לארמון העליון. חפירות אלו החלו על ידי אהוד נצר ז״ל וממשיכות על ידי תלמידיו רועי פורת, יעקוב קלמן ורחל צ'אצ'י. הפרויקט בעיצומו, הציפיה היא שבמהלך 2017 יפתח המעבר לקהל.  בנוסף לאלו בשנת 2014 הסתיים פרויקט שילוט באתר. במסגרת הפרויקט הוחלף השילוט הקודם, שהיה ישן וחלקי, בשילוט חדש ומפורט. השילוט החדש מורכב משני סוגי שלטים המאירים את שתי התקופות העיקריות שהיו באתר ועוזרים למבקרים להבדיל ביניהן: שילוט בהיר לממצאים מתקופתו של הורדוס, ושילוט כהה לממצאים מתקופת המרד הגדול ומרד בר כוכבא. פרויקטים אלו מסייעים רבות לשימורם של הממצאים החשובים. בנוסף לכך, הם גם תורמים רבות להעצמת חווית הביקור באתר המרתק ולהמחשת סיפורם של המורדים היהודים שנלחמו נגד הרומאים. בגן הלאומי ״הרודיון״ נמצא מפעל בנייה חשוב וייחודי מסוגו, הנמנה עם המבנים החשובים ביותר בעולם הקדום. המתחם הארכיטקטוני נבנה במאה הראשונה לפני הספירה ונועד להנציח את המלך הורדוס. האתר, הנמצא בפסגת הר בגבול מדבר יהודה, תוכנן כמכלול ארמונות ענק והיה המתחם האדריכלי הגדול ביותר בעולם הרומי של אותם הימים. הוא כלל ארמון מבוצר שנבנה כמונומנט בולט בראש ההר, חומות, מגדלי שמירה, מתחם בילוי מפואר ומרכז מנהלי למרגלות ההר, וכן תיאטרון מלכותי ומבנה קבורה במדרון ההר. למרגלות מתחם זה נבנתה עיר קטנה ("הרודיון תחתית") ובה בריכת מים וארמון רחב ידיים. לקראת מותו הפך הורדוס את הר הרודיון למצבת נצח ענקית בדמות הר מלאכותי הבולט למרחוק. לפי יוסף בן מתתיהו הורדוס גם נקבר באתר בטקס מפואר. בתקופת המרד הגדול (בשנת 66 לספירה) נפלה הרודיון לידי המורדים היהודים, שאיישו את המבצר והתבצרו בו כנגד כוחות הרומאים. גם בתקופת מרד בר כוכבא (132-135/6 לספירה) שימש האתר כמקום מקלט למורדים היהודים והם הותירו אחריהם, בין השאר, מחילות ומערות מסתור חצובות בסלע. לאחר המרד ננטש המקום ואויש לסירוגין עד שננטש סופית בסוף התקופה הביזנטית.     האתר בימי הורדוס הורדוס מלך יהודה, נולד בשנת 73 לפני הספירה לאביו אנטיפטרוס, בן למשפחה אדומית מיוחסת שגוירה והשתלבה במערכת המנהלית של בית חשמונאי, ולאמו קיפרוס, נסיכה נבטית. בצעירותו מונה הורדוס למושל הגליל ולימים הוכתר בידי הרומאים כמלך יהודה (40 לפנה"ס), דבר אשר הביא לסיום כהונתה של השושלת החשמונאית. הורדוס החזיק בכס השלטון כ-33 שנים עד למותו ממחלה קשה בשנת 4 לפני הספירה. במהלך שנות שלטונו שגשגה הממלכה וידעה ימים של שלום ופריחה. בכך התאפשרה ההקמה של כמה ממפעלי הבנייה המפוארים ביותר שידעה הארץ ואשר שינו את פניה כליל, בראשם הפרויקט הגדול והחשוב מכולם: מפעל הקמתו מחדש של הר הבית ובית המקדש השני בירושלים. עם זאת, דמותו של המלך נקשרה גם לשרשרת מעשים אכזריים והתנהגות חשדנית ששיאה בהוצאתם להורג של שלושה מבניו ושל אשתו מרים החשמונאית.     בניית ההרודיון בקרבת הגבול העובר בין אדומיאה ליהודה החליט הורדוס להקים את הגדול והמפואר שבארמונותיו. המקום נועד לשמר את זכרו ובו ביקש להיקבר. זהו כנראה האתר היחיד אשר הורדוס קרא לו על שמו. בחירתו של הורדוס להקים את הרודיון דווקא בנקודה לכאורה נידחת ואקראית במדבר נקשרת לאירועים שהתרחשו טרם עלייתו לשלטון. בשנת 40 לפני הספירה נמלט המלך יחד עם משפחתו מירושלים למצדה מפני הפרתים ומפני המלך החשמונאי מטעמם-אנטיגונוס השני. בחשכת הליל התהפכה מרכבת אמו והורדוס, שחשב כי היא נהרגה, כמעט ושלח יד בנפשו. הפרתים ששמעו אודות הבריחה פתחו במרדף אחרי הנמלטים והקרב שנערך ביניהם התנהל באזור שבו לימים נבנתה הרודיון. בתום הקרב, שבו הייתה ידו של הורדוס על העליונה, הוא המשיך לרומא שם הוכתר למלך. לאחר קרוב לעשור שב למקום הקרבות והקים שם מתחם ארמונות גדול והחל כנראה בהקמת קברו. עם הקמתו הפך הרודיון למרכז שלטוני ומנהלי ביהודה. כך הוחלט להעביר את בירת המחוז ופקידיה מבית צור להרודיון והמקום הפך למאוכלס באופן קבוע. בראש הגבעה המלאכותית הקים הורדוס ארמון מבוצר ובו אגף פרטי, חדרי אירוח ומחסנים. למרגלות ההר בהרודיון תחתית נבנו אגפים שונים של מכלול הארמון הגדול ובליבם בריכה רחבת ידיים. סביב הבריכה היו גנים, בתי מרחץ ואזור מנהלי ששימש את פקידי בירת המחוז. על המדרון הצפוני של ההר נבנה תיאטרון קטן ובראשו חדר לאירוח מכובדים. ממזרח לתאטרון בחר הורדוס להקים את קברו המפואר. בעת הקמתו של ההר המלאכותי הענק, שנבנה כמצבת הנצח של הורדוס, כוסו כל המונומנטים האחרים בהר (מלבד ארמון-מבצר ההר ומתחם הקבר במדרון) בעפר ואבנים וכך נוצרה צורת הקונוס המפורסם של ההר. הורדוס מת ביריחו בייסורים, גופתו הובלה להרודיון במסע הלוויה מפואר ולפי יוסף בן מתיתיהו- שם הוא נקבר.   האתר בימי המרד הגדול ברומאים ארמון־ מבצר ההר בהרודיון, שנבנה על ידי הורדוס, המשיך לתפקד בימי יורשיו והנציבים הרומאיים ביהודה עד שנכבש על ידי הלוחמים היהודיים בראשית המרד הראשון (כפי הנראה בשנת 66 לספירה). במהלך מרד זה ישבו בהרודיון יהודים 'אדומיים' תושבי 'דרומא' (מחוז אדומיאה), וככל הנראה, גם קבוצה נוספת של קנאים או סיקריים, בני בריתו של שמעון בר גיורא. 
בדומה למה שמוכר היטב ממצדה, גם כאן הצטופפו המורדים בארמון מבצר ההר וניצלו כל פינה למגורים. המורדים פרקו עמודים מעוטרים וקורות עץ והשתמשו בהם להקמת המבנים הארעיים שלהם. אפשר שכבר במרד זה הוסב טרקלין הארמון שבנה הורדוס לשמש כבית כנסת ובסמוך אליו הותקנו שני מקוואות טהרה. על פי כתביו של יוסף בן מתתיהו הייתה הרודיון אחד משלושת המבצרים האחרונים שעמדו כנגד הצבא הרומי גם לאחר חורבן הבית השני בשנת 70 לספירה (שני האחרים היו מכוור המצוי מזרחית לים המלח, ומצדה). 
הרודיון נכבשה מידי המורדים וחרבה בסופו של מרד זה בשנת 71 לספירה, אם בכניעה ואם בקרב.   האתר בימי מרד בר כוכבא ברובה של התקופה שלאחר המרד הראשון נותר האתר נטוש לפרק זמן של כ-60 שנה, ככל הנראה פרט לתקופות קצרות בהן ישב חיל מצב רומי במבנה שבראש ההר. במרד בר כוכבא (132-135/6 לספירה) השתלטו המורדים על ארמון ־מבצר ההר, שעמד כנראה נטוש והרוס בחלקו. 
גם אם לא מצוי בידינו מקור היסטורי המתאר את המרד השני הרי הודות למכתביו של בר כוכבא שנמצאו במערות ואדי מורבעאת שבמדבר יהודה ומהחפירות באתר אנו למדים שבמהלך מרד זה הייתה הרודיון מרכז מנהלי וצבאי במדינה הבר-כוכבאית. התעודות, בהן מוזכרים שמעון בן כוסבא וה"מחנה שיושב בהרודיס'" מלמדות על פעילותה של מפקדה חשובה של בר כוכבא במבנה המבוצר שמפקדה ישוע בן גלגולה, וכן על כך שהמקום שימש מרכז מנהלי של מנגנון המנהל הבר כוכבאי, עליו היה ממונה הלל בן גריס. 
בחפירות הארכיאולוגיות שהתנהלו בארמון-מבצר ההר נחשפו ממצאים שונים מימי מרד בר כוכבא, לרבות מטמון מטבעות גדול. במעבה ההר נחשפה מערכת מסועפת של מנהרות שנחצבו בעת המרד (ראו פירוט בהמשך). דומה כי המערכת בהרודיון הייתה שונה ממערכות המסתור האופייניות למרד זה, כדוגמת אלו שהתגלו באתרים שונים בשפלת יהודה, בהיותה התקפית בעיקרה. מכל מקום נראה שלא שימשה למטרות מסתור.   הרודיון בתקופה הביזנטית התקופה הביזנטית בארץ ישראל ידועה כתקופה של פריחה יישובית. בתקופה זו, החל משלהי המאה הרביעית לספירה ועד לכיבוש הערבי במחצית המאה השביעית, נבנו ברחבי הארץ ובמדבר יהודה מנזרים רבים וכנסיות. מבני ההרודיון היוו תשתית מצוינת להתיישבות ושרידים רבים מתקופה זו נחשפו באתר. התושבים החדשים פינו מבנים רבים מן ההריסות והתיישבו בתוכם וגם בנו בניינים חדשים רבים. עיקר השרידים מהתקופה הביזנטית נחשפו בהרודיון תחתית, והם כוללים מבני מגורים ומתקני חקלאות, וכן שלוש כנסיות. היה זה ככל הנראה ישוב חקלאי מרכזי באזור.
 בארמון-מבצר ההר נבנה בתקופה זו מנזר קטן. בחלקו המערבי הוקם מבנה תפילה קטן (קפלה), ובאזורים שונים בארמון ההרוס, כמו החדר העגול של בית המרחץ, הוכשרו חדרי מגורים והתבודדות. 
על פי ממצא המטבעות המשיך היישוב בהרודיון תחתית להתקיים גם תחת השלטון המוסלמי – האומאי והעבאסי (מאות 8- 9 לסה"נ). מאז, עמדה הרודיון בשיממונה עד ראשיתן של החפירות הארכיאולוגיות. יש לציין כי זהותו ומהותו של אתר הרודיון בתקופה הביזנטית והמוסלמית טרם התבררו דיים.     תולדות מחקר האתר צורתו הייחודית של ההר וקרבתו לירושלים ולבית לחם הביאה לכך שהאתר משך אליו עולי רגל עוד בימי הביניים. במאה ה-15 כינה הנוסע האיטלקי פליקס פברי את ההר בשם 'הר הפרנקים' בהתייחסו לאותו המקום אשר בו, לפי סברתו, נערכו הצלבנים לקרב נגד צבאות צלאח א-דין לאחר מפלת ירושלים. בשם זה נקרא האתר עד המאה ה-19. מחקר ראשוני במקום נעשה עוד במאות ה-18 וה-19 בידי נוסעים וחוקרים ראשונים של ארץ ישראל. השרטוט הראשון של הרודיון נעשה בידי א' פוקוק לאחר שביקר במקום ב-1743. בשנת 1838 תיאר אדוארד רובינסון את האתר ומבניו ותיארכם לתקופה הרומית. הוא היה הראשון שעמד על הדמיון בינם לבין תיאורו של יוסף בן-מתתיהו ולמעשה היה הראשון שזיהה את המקום כהרודיון. ב-1863 תיעד הנוסע והחוקר הצרפתי פ' דה-סוסי את האתר ואף רשם ושירטט מבנים המצויים בהרודיון תחתית, לרבות הבריכה, וב-1869 תיאר ו' גרין במדויק את החומה והמגדלים של מבצר ההר. קונרד שיק, האדריכל והארכיאולוג הגרמני שחי בארץ-ישראל בסוף המאה ה-19 היה הראשון שהבחין שהבניין העגול נבנה על גבי הגבעה, כפי שהייתה, ורק לאחר מכן הוקף מילוי מלאכותי. תיאורו המפורט משנת 1879 אשר כלל גם תכניות וחתכים, נחשב לתיאור המלא ביותר של הרודיון עד לחפירות החדשות באתר 
ב-1881. הראשון שניהל חפירות מסודרות באתר היה האב וירג'יליו קורבו מבית הספר הפרנציסקאני למקרא בירושלים, אשר בין השנים 1962-1967 חפר וחשף חלקים גדולים מארמון מבצר ההר מימי הורדוס, מן התקופה של המרד הגדול ומרד בר-כוכבא ומהתקופה הביזנטית. בשנים 1967-1970 נערכו באתר עבודות שימור ושיחזור על-ידי רשות הגנים הלאומיים בראשותו של גדעון פרסטר. במסגרת זו נחשפו חדר הכניסה לארמון וכן רשת מסועפת של בורות מים ומנהרות שנחפרו במעבה ההר החל מימי הורדוס וכלה בימי מרד בר-כוכבא. חפירות נוספות במערכת בורות המים והמנהרות המצויות בתוך ההר ביצעו שמעון ארזי ואהוד נצר בשנים 1975-1973. חפירות בקנה מידה נרחב, לרבות בהרודיון תחתית, החלו באתר בשנת 1972, בניהולו של פרופסור אהוד נצר ז"ל ומטעם המכון לארכיאולוגיה באוניברסיטה העברית בירושלים. 
בשנת 2007 חשפה המשלחת בראשות פרופ' נצר וצוותו (רועי פורת, יעקב קלמן ורחל צ'אצ'י לוריס) על מדרון ההר הצפוני את שרידיו של מונומנט קבורה גדול ומרשים ובמפולותיו שלושה ארונות קבורה מפוארים. מאוחר יותר נחשפו במדרון ההר תיאטרון מלכותי ומבנים נוספים. 
משלחת החפירות ממשיכה את חפירת הרודיון וחקירתו גם לאחר פטירתו בטרם עת של פרופסור אהוד נצר בשנת 2010, לאחר שמעד באתר בעת עבודתו בתיאטרון.   קבר הורדוס בשנת 2007, לאחר שנים ארוכות של חיפושים, נחשף במורדות ההרודיון מבנה קבורה מטיפוס מאוזוליאום שזוהה על ידי החופרים כקברו של הורדוס. גובהו הכולל של המבנה היה כ-25 מ', ובו שלוש קומות, והוא שוחזר על סמך עשרות רבות של פריטים האדריכליים שהתגלו בגל החורבות. המבנה ניצב חופשי בנוף ואפשר היה לראותו בנקל מהרי ירושלים. שיקול נוסף בבחירת המיקום היה מקומו לצד גרם המדרגות הטקסי שעלה להר, וכן כנראה הרצון לשמור על חוקי הטהרה ולהשאיר את מבנה הקבורה מחוץ לתחום ארמון מבצר ההר. מסביב למבנה הקבורה נמצאו פזורים בשטח שבריהם של שלושה ארונות קבורה עשויים אבן, שיתכן והוצבו אחד בכל קומה במבנה. שנים מהארונות עשויים אבן גיר לבנה ואילו הארון השלישי הוא מאבן גיר אדמדמה וקשה. את ארון זה עיטרו דגמי רוזטה ופלמטה שגולפו בעדינות ובאיכות מעולה. לעומת השניים האחרים, הוא נותץ לאלפי שברים שהתגלו ברחבי מתחם הקבר. שלושת הארונות דומים בצורתם ובאופן עיטורם לסרקופגים וגלוסקמאות אחרים שהתגלו בקברי אמידים באזור יהודה מימי הבית השני. על אף שהם אינם נושאי כתובות המאפשרות זיהוי ודאי, ניתן לשער כי ארון הקבורה המרשים מבין השלושה וזה שניזוק באופן הקשה ביותר היה ארונו של הורדוס.   ממצאים עיקריים: הר הורדוס, ההר המלאכותי – המדרונות התלולים מקיפים "לוע״  אשר בתוכו בנה הורדוס את מתחם הרודיון. הורדוס הפך את ההר לחרוט בולט, מעין מצבה ענקית. בקיר החיצוני של ההר התגלו פרוזדור ששימש מבוא לכניסה להר וגרם מדרגות מונומנטלי שהוליך אליו. ארמון מבצר ההר- ארמון-מבצר ההר היה מיוחד במינו בעולם ההלניסטי-רומי, והיווה חלק בלתי-נפרד מהמכלול הענק של “הרודיון רבתי” שנבנה בימי הורדוס. הבניין יוצא הדופן שימש בעת ובעונה אחת כארמון, כמבצר וכמונומנט. תחילה נבנה המבנה העגול. בסוף ימיו של הורדוס נשפך סביבו עפר שיצר הר מלאכותי בדמות חרוט, מעין מצבה הבולטת למרחקים, שאף עטפה והבליטה את מבנה הקבורה של המלך אשר התגלה במדרון הצפוני של ההר. הטרקלין- בית הכנסת - בצדו הדרום מערבי של ארמון-מבצר ההר הוקם אולם גדול (10.5×15 מ') ששימש לסעודות וקבלות פנים: הטרקלין. החדר היה מרוצף במקורו בתשליב של אבנים צבעוניות, בדגמי אופוס סקטילה, וקירותיו עוטרו בתמשיחי קיר דמויי פאנלים צבעוניים. בימי המרד הגדול או מרד בר-כוכבא הוסב הטרקלין לבית כנסת ואז נוספו אליו העמודים וספסלי האבן הנראים באתר כיום. המנזר הביזנטי בחורבות ארמון-מבצר ההר - בתקופה הביזנטית (מאות 4- 7 לספירה), לצד פעילותו של כפר גדול בהרודיון תחתית, הוקם בארמון-מבצר ההר מנזר קטן. בחלקו המערבי החרב של הארמון, בתחום החצר ההרודיאנית דמויית הצלב, הוקם מבנה תפילה קטן (קפלה) בעל האפסיס הפונה למזרח. מנזר זה קשור אל תופעת הנזירות שהתפתחה מאוד במהלך התקופה הביזנטית באזור זה של מדבר יהודה, ואין ספק כי הוא קיים קשר שוטף עם מנזר חריתון הסמוך.  התאטרון המלכותי- התיאטרון המלכותי נבנה על ידי הורדוס כחלק ממתקני הבילוי של הארמון. בראשו של האודיטוריום נבנה אולם מלכותי הפתוח לכיוון הבמה. האולם, שעוטר בפאר רב, שימש את המלך ומקורביו. גולת הכותרת של התאטרון נחשפה בראש אזור המושבים, כאן נתגלתה קבוצת חדרים, שהאמצעי והגדול מביניהם עוטר בציורים בטכניקת הסקו–(ציור על טיח יבש) ובשילוב סטוקו (טיח מכויר). כעשר שנים לאחר הקמתו, פורק התאטרון וכוסה כליל, זאת כחלק מהקמת ההר המלאכותי הענק של הרודיון – מצבת הנצח של הורדוס. יחד עמו כוסו מבנים נוספים שנבנו במדרון קודם לכן. המקוואות- בארמון-מבצר ההר נחשפו שני מקוואות טהרה שנבנו בימי המרידות ברומאים. המקווה המערבי מבין השניים נבנה סמוך לפתח בית הכנסת של המורדים, והמקווה המזרחי בתחום החצר – למרגלות המגדל המזרחי העגול. בשני המקוואות הללו נמצא לצד ברֵכת הטבילה מתקן מים כפול שאין לו אח ורע באתרים אחרים. אין בידינו די נתונים לקבוע אם המקוואות נבנו בימי המרד הראשון או השני. עם זאת האפשרות הראשונה נראית סבירה יותר. הרודיון תחתית – המתחם בהרודיון תחתית תוכנן בדייקנות רבה, על שטח של כ-150 דונמים. כאן נמצאים: מבנה "הארמון גדול", מכלול הברכה המרשים וגן הנוי, בית מרחץ ומבנים ששימשו למגורי האורחים ואנשי מנהלת המחוז. באזור שבין ההר למכלול הברכה (אזור המכוסה בחלקו במבנים צפופים מהתקופה הביזנטית) נבנה "מכלול ההלוויה" ובו טרקלין מפואר ("המבנה המונומנטלי") שלצדו מקווה טהרה גדול. מהטרקלין נמשך מסלול ארוך לכיוון מזרח (שגודלו 350X30 מ') שנבנה לטקס ההלוויה המפואר של המלך, לקראת העלאת המיטה בגרם המדרגות המונומנטלי אל מבנה הקבר שבמדרון ההר. כמה שנים לפני מותו פנה הורדוס להשלמת בניית אחוזת הקבר האדירה בהרודיון: במדרון הצפון-מזרחי של ההר, לצד גרם המדרגות, הוקם מבנה קבורה מפואר בדמות מוזולאום, וסביבו הוקם ההר המלאכותי: מצבת ענק שתשמר את זכרו. לשם הקמת ההר המלאכותי בצורת חרוט נשפכו סביב ארמון המבצר כמויות אדירות של עפר ואבנים (כ-450 אלף מ"ק) שכיסו כליל את מדרונות ההר, פרט למתחם הקבר במדרון, שנותר גלוי ובולט בנוף. בין המבנים הרבים שהתקיימו בהרודיון בתקופה הביזאנטית מצויות שלוש כנסיות שנבנו בהרודיון תחתית על גבי חורבות בניינים מימיו של הורדוס. שלושת הכנסיות הן בגודל בינוני, במבנה של בסיליקה עם עזרות בשתי קומות. כולן היו במקורן מכוסות ברצפות פסיפס צבעוניות וכולן כללו אגן הטבלה (בפטיסטריום) שהיה ממוקם או בצד הבמה או בחדר צדדי. שלוש הכנסיות נבנו בין המחצית השנייה של המאה החמישית לספירה לבין המחצית השנייה של המאה השישית.
 מערכת המנהרות- המערכת התת קרקעית בה הנך נמצא כוללת שלושה מרכיבים עיקריים: 1. בורות מים מימי הורדוס מערך אספקת המים אל ארמון-מבצר ההר התבסס בראש ובראשונה על איסוף מי הגשמים שירדו על ההר ונאגרו במאגרי המים השונים, בהם בבור שבראש המסד האטום של המגדל המזרחי העגול ובשני בורות מים קטנים מתחת לחדרי הארמון. בסמוך לגרם המדרגות המונומנטאלי נתגלו שלושה בורות נוספים בהם נאגרו המים שירדו במדרונות. משם הם הועלו בקנקנים ונאדות מים עד לבור ביניים גדול שנחצב בראש הגבעה ונשפכו אליו באמצעות משפך. מבור זה ניתן היה לשאוב מים בעזרת דלי וחבל ישירות מחצר הארמון. במקרים שאזלו המים בבורות אשר למרגלות מבנה ההר, הובאו המים מהרודיון תחתית, בה היו מים באופן קבע בזכות אמת המים שהובילה מים כל השנה מבריכות שלמה שמדרום לבית לחם. 2. מנהרה מימי המרד הגדול (66-71) בתקופת המרד הראשון נחצבה מנהרה תלולה שנועדה להבטיח אספקת מים למתחם הארמון בעת המצור שערכו כאן הרומאים. דרך מנהרה זו היה אפשר להביא מים מהבורות התחתונים אל המבצר מבלי להיחשף לעין האויב. 3. מערכת מנהרות מימי מרד בר-כוכבא (132-135/6) מערכת מסועפת זו, שתחילתה בראש ההר, אינה מערכת מסתור אלא מערכת התקפית, אשר חיברה בין החללים של בורות המים הקדומים. אלה הובילו מהמבצר אל פתחי גיחה נסתרים, ונועדו להפתיע את יחידות הצבא הרומי בעת שעלו אל ראש ההר ולאפשר בריחה בבוא העת. חוצבי המנהרות שפכו את העפר אל תוך בורות המים אשר כבר לא היו בשימוש באותה העת. גרמי המדרגות - עם הקמתה של הרודיון בנה הורדוס במדרון הצפון-מזרחי של ההר גרם מדרגות רחב, ישר וטקסי שעלה לראש ההר. לצדו של גרם זה במדרון ההר נבנו בשלבים התיאטרון המלכותי ומתחם הקבר. בעת הקמתו של ההר המלאכותי דמוי הקונוס, אשר נבנה כמצבת הנצחה של הורדוס לקראת סוף ימיו, בוטל גרם מדרגות זה ובמקומו הוקם גרם מדרגות חדש, רחב, ישר וטקסי אף הוא, אשר הוביל אל ארמון-מבצר ההר, דרך פרוזדור העובר דרך מילויי העפר של ההר המלאכותי. גרם מדרגות זה נבנה בזווית שונה מעט מקודמו שבוטל, והותאם לציר האדריכלי של המבנה העליון. 


ערד היא עיר קדומה בת אלפי שנים ששרידיה נשתמרו באופן מפליא. המתחם הארכיאולוגי של תל ערד כולל שני חלקים מרשימים: בחלקו התחתון עיר כנענית, שהיתה בזמנה אחת הערים הגדולות בארץ ישראל, ובחלקו העליון תל מצודות יהודאיות ובו מקדש מיוחד במינו ומפעל מים משוכלל. שני חלקים אלו של התל הוקמו בשתי תקופות שונות בהיסטוריה: העיר הכנענית היתה מיושבת בתקופה הכנענית הקדומה (מסוף האלף הרביעי עד אמצע אלף שלישי לפה״ס) ו"תל המצודות היהודאיות״, מראשית התקופה הישראלית (סוף המאה ה-12 לפנה״ס) ועד לראשית המאה ה-6 לפנה״ס. במקום הוקמו במהלך השנים מספר מצודות, זו על חורבותיה של קודמתה. בתחומי המצודה היהודאית שעל "תל המצודות" שרד מקדש יחיד במינו ששטחו כ-400 מ״ר. מתחת למקדש היה בנוי מפעל מים תת קרקעי משוכלל הכולל אולמות אגירה תת קרקעיים גדולים החצובים בסלע, ותעלה המחברת אותם אל באר בעומק של 16 מטרים. במסגרת ״ציוני דרך״ בוצע במקום פרויקט שימור ושחזור של מתחם המקדש ומפעל המים. עתה, המבקרים באתר יכולים ליהנות מביקור במתחם המקדש המשוחזר, מגישה אל מאגרי המים העתיקים ומשילוט חדש המשפר את חווית הביקור במקום. מבט כללי על תל ערד   העיר הכנענית ערד נזכרת לראשונה במקרא בספר במדבר, כעיר ממלכה כנענית שמנעה את חדירתם של בני ישראל לכנען מכיוון דרום, בעת ניסיונם הראשון לכבוש את הארץ: ”וַיִּשְׁמַע הַכְּנַעֲנִי מֶלֶךְ-עֲרָד, יֹשֵׁב הַנֶּגֶב, כִּי בָּא יִשְׂרָאֵל, דֶּרֶךְ הָאֲתָרִים; וַיִּלָּחֶם, בְּיִשְׂרָאֵל, וַיִּשְׁבְּ מִמֶּנּוּ, שֶׁבִי״ (במדבר פרק כ״א פסוק 1). בספר יהושוע ערד נזכרת בין 31 ערי כנען במלכיהן נוצחו במלחמות שהנהיג יהושוע: ״ וְאֵלֶּה מַלְכֵי הָאָרֶץ אֲשֶׁר הִכָּה יְהוֹשֻׁעַ וּבְנֵי יִשְׂרָאֵל…וַיִּתְּנָהּ יְהוֹשֻׁעַ לְשִׁבְטֵי יִשְׂרָאֵל, יְרֻשָּׁה--כְּמַחְלְקֹתָם… מֶלֶךְ עֲרָד״ (יהושוע פרק י״ב 7-14). בתקופת ההתנחלות הישראלית מקבלים השבטים יהודה ושמעון את הנגב. העיר הכנענית שניצבת בחלקו התחתון של תל ערד, היתה מיושבת מתקופת הברונזה הקדומה, בסוף האלף ה-4 לפה״ס ועד סביבות אמצע האלף השלישי לפה״ס. באותם ימים היתה ערד העיר הגדולה היחידה בנגב, ששטחה כ-100 דונם, ובה התגוררו אלפי אנשים. שרידיה מציגים תכנון עירוני מרשים הכולל חומה ומגדלים, רשת רחובות ובתי מגורים, מתחם מקדשים, מתחם שלטוני ומאגר מי גשמים ששימש מקור יחיד בעיר המדברית. הממצאים העשירים שהתגלו מלמדים אותנו כי תושבי המקום עסקו בחקלאות בעל (גידול תוצרת המושקית באמצעים טבעיים בלבד), בגידול צאן ובקר ובמסחר רחב היקף עם מצרים, דרום סיני ועבר הירדן. יתכן שערד היתה גם מרכז למסחר בנחושת. חומת העיר, שאורכה כ-1,200 מטרים, היא החומה השלמה ביותר הידועה עד כה מאתרי התקופה הכנענית הקדומה בישראל. עובייה היה 2.5 מטרים, ונבנו בה פשפשים ומגדלי הגנה רבועים. בתי המגורים נבנו על פי תוכנית אחידה. לכל בית יש אולם רחב, שאליו מצורף חדר נוסף ששימש כמטבח או כמחסן. פתח הבית נקבע בקיר הרוחב של האולם. סגנון בית זה ידוע במחקר הארכיאולוגי כ"בית ערדי", על שם התל שבו התגלה. במרכזה של העיר הכנענית, נחשף מתחם פולחני כנעני הכולל צמד מקדשים גדול וכמה מבנים נוספים המקיפים מתחם מרכזי. בתוך המקדש הדרומי נתגלתה מצבה פולחנית, מסותתת מכל עבריה, ניצבת על צדה הצר ופונה כלפי דרום. משמעות המצבה בעולם הפולחן הכנעני הייתה רבה שכן היא מייצגת אלוהות כנענית קדומה. מצבות פולחניות כנעניות כגון זו, ניצטוו בני ישראל לנתץ ולשבור בכובשם את ערי עממי כנען: ״כִּי אֶת-מִזְבְּחֹתָם תִּתֹּצוּן, וְאֶת-מַצֵּבֹתָם תְּשַׁבֵּרוּן; וְאֶת-אֲשֵׁרָיו, תִּכְרֹתוּן״ (שמות ל״ד, פסוק 13) בצמוד למקדש הצפוני נתגלה מזבח בנוי שנועד להקרבת קורבנות ובצמוד אליו אגן פולחני בנוי לוחות אבן שנתגלה כשהוא מלא בעצמות בעלי חיים. במקום הנמוך ביותר בעיר הכנענית, נבנה מפעל מים מרשים אשר איפשר את קיומה היום יומי של העיר ערד בתנאי היובש המדבריים. המפעל נחפר לעומק של כ–16 מטר וקוטרו כ–4.5 מטרים. בחלקו התחתון הוא חצוב בסלע, בחלקו המרכזי מדופן באבני צור ”משאש״ גדולות, ובחלקו העליון שוחזרו קירות התמך המאוחרים (ככל הנראה מן התקופה הרומית) שדיפנו את דפנות הפיר באבני גזית. בסמוך למפעל המים השתמר מבנה גדול ומרשים מן התקופה הכנענית הקדומה שמוגדר על ידי חופרי האתר כמצודת נציב המים. בסמוך למפעל המים מתקני מים מאוחרים יותר מהתקופה הרומית וביניהם תעלות ניקוז, בורות שיקוע, מקווה ובור מים מטויח. בסביבות שנת 2,650 לפה״ס הסתיימה ההתיישבות בערד, כנראה בכלל שינויי אקלים של התחממות והתייבשות דרסטית שאירעו בסוף האלף השלישי לפה״ס, והביאו לנטישתה של העיר והפסקת ההתיישבות העירונית במקום עד ימינו. תל המצודות היהודאיות והמקדש היהודאי הייחודי תל המצודות היהודאיות ממוקם במרומי העיר הכנענית ועל חורבותיה. בתל המצודות נחשפו כ-6 שכבות של מצודות שנבנו וחרבו לאורך כל תקופת בית ראשון, והוא מכיל שרידים ארכיאולוגיים מרתקים מכל הרצף הארכיאולוגי המקראי: מראשית ימי בית ראשון ועד חורבן ארץ יהודה במאה השישית לפה״ס. תפקידה של המצודה היה ככל הנראה לשמור כל גבולה הדרומי של הממלכה מפני נוודי המדבר. התל היהודאי הוקם בתקופה הישראלית (סביב שנת 1200 לפה״ס), בערך כ-1,400 שנים לאחר שהופסקה ההתיישבות בעיר הכנענית. על שרידי ישוב זה הוקמה מצודה ממלכתית שהתקיימה במקום ככל הנראה מן המאה התשיעית ועד למאה השישית לפנה״ס. המצודה שגודלה 50X50 מטר בקירוב, נבנתה כשצלעותיה מכוונות לארבע רוחות השמים. חומת המצודה המלאה ששוחזרה במלוא היקפה נבנתה בצורת זיג זג, וכל כמה מטרים בולטת מקו החומה מעין בליטה בנויה שעיצבה את מתארה החיצוני של החומה. בתוך המצודה נתגלו מבני מחסנים, מקדש, מאגר מים חצוב בסלע ונקבה חצובה. בנוסף, בתל המצודות נתגלו במהלך החפירות כתובות רבות: כ–90 כתובות בעברית, כמספר זה בארמית ומספר כתובות ביוונית. מרבית הכתובות הן בדיו שחור על שברי חרסים וכתובות אחרות חרוטות. ”כתובות ערד״ הן האוסף העשיר, המגוון והחשוב ביותר של כתובות מימי המקרא שנתגלו עד כה בחפירות בארץ. הכתובות הן תעודות מסוגים שונים וביניהם מכתבים בענייני צבא ומינהל, הוראות אספקת מזון ומשלוחים שונים, הוראות מיסוי, רשימות שמיות, מלאי ותרומות למקדש ועוד. בין היתר נמצאו בחפירות גם כמה טביעות חותם עבריות וביניהן שלוש מחותמיו האישיים של אלישיב בן אשיהו מפקד המצודה האחרון. חלק גדול מן האוסטרקאות נתגלו במכלול החדרים המזרחי הצמוד לחומה הדרומית ולכן כונה המקום: ”בית אלישיב״. הארכיון שהתגלה בבית אלישיב בן אשיהו מהווה עד היום מקור בלתי נדלה של מידע על ימיה האחרונים של ממלכת יהודה לקראת חורבן בית ראשון במאה השישית לפנה״ס. במרכז המצודה נותרו שרידי מגדל הלניסטי משוחזר, וחומה משוחזרת שהגנה על המצודה היהודאית במאות 6-9 לפה״ס. ניתן לעלות אל ראש המגדל ההלניסטי, ומשם להשקיף על המצודה והעיר הכנענית, ורחוק יותר אל הרי חברון מצפון וממערב, אל בקעת ערד והעיר ערד ממזרח, ואל הרי הנגב הצפוני מדרום. אתר המורשת הלאומית בתל ערד   המקדש היהודאי באגף הצפון–מערבי של המצודה, נחשף מקדש יהודאי יחיד במינו ששטחו כ–400 מ״ר. המקדש, שראשיתו בימי הממלכה המאוחדת, התקיים כמה מאות שנים, ככל הנראה עד הרפורמות הפולחניות של חזקיהו או יאשיהו מלכי יהודה. המבנה, כמקדשים קדומים אחרים וביניהם המקדש בירושלים, מורכב מכמה יחידות, המבטאות דרגות קדושה שונות: הכניסה אל המקדש היא ממזרח, אל חצר רבועה ומרוצפת אשר במרכזה עמד מזבח קורבנות רבוע. המזבח נבנה מאבני גוויל ובמרכזו אבן צור גדולה שעליה הוקרבו הקורבנות. מן החצר ניתן היה לעבור אל ההיכל שבו, על פי התיאור המקראי, עמד שולחן לחם הפנים והמנורה. ממרכז ההיכל עלו שלוש מדרגות אל הדביר, הוא ”קודש הקודשים״ של המקדש. משני צדי פתח הדביר מצויים שני מזבחות קטורת, ובאגפו המערבי ביותר של הדביר נתגלו שתי מצבות אבן המייצגות ככל הנראה העתק קדום של לוחות הברית. בתחום המקדש נמצאו אוסטרקונים בעברית עם שמות שתי משפחות כהונה המוזכרות בכתבים: מרמות (עזרא ח׳ 33) ופשחר (ירמיהו כ׳ 1), יתכן ומשפחות אלו שירתו שם בקודש. מתחת למקדש היה בנוי מפעל מים תת קרקעי משוכלל (ראו מידע נוסף בהמשך). כאמור, המקדש נהרס במתכוון ככל הנראה בימי חזקיהו או יאשיהו מלכי יהודה, שביקשו לבטל את כל מקומות הפולחן שמחוץ לירושלים. שני המזבחות, המדרגות ורצפת האבן של הדביר ממקדש ערד מוצגים במוזיאון ישראל בירושלים. החפירות בתל ערד התקיימו חפירות במשך עונות חפירה רבות. משלחת ראשונה פעלה במקום בשנים 1966-1962 בראשותה של פרופ׳ רות עמירן, ואז נחשפה עיר גדולה המשתרעת על שטח של כמאה דונם. משלחת שנייה פעלה במקום בין השנים 1980-1971, אז נחשפו כ–15% משטח העיר ונתגלו ממצאים עשירים המעידים על אורחות חיי תושביה באלף השלישי לפני הספירה- לפני כ-5,000 שנים. בשנים 2008-2011 התקיימו חפירות בראשות פרופ׳ זאב הרצוג ויהודה גוברין שכללו את חפירת מאגר המים העתיק. השרידים הארכיאולוגיים בערד השתמרו באופן יוצא דופן והתגלו במצב טוב במיוחד, מה שהקנה לערד חשיבות מחקרית גדולה. מה שסייע לשימור זה היה גם האקלים המדברי היבש, וגם העובדה שהעיר לא יושבה יותר לאחר התקופה הכנענית, כך שלא היו שכבות נוספות של ממצאים מעל לתקופה זו, וניתן היה לחשוף חלקים נרחבים מהעיר ללא הפרעה וקושי.   מערכות המים המשוכללות מיקומה של העיר בלב המדבר אינו ברור מאליו, שכן זהו מקום אשר בו קיימת מצוקת מים תמידית. ההתיישבות הקדומה בתל ערד והקיום היום יומי התאפשרו רק בזכות הקמת מפעלי מים מלאכותיים שבנו תושבי המקום. חשיפת מערכת המים של תל המצודות מאפשרת לנו לקבל תמונה מקיפה על התמודדות אנשי המקום בתקופת המקרא עם הקשיים הנובעים מן המחסור במים בסביבה שחונה זו. בעיר הכנענית מערכת הרחובות תוכננה כך שמי הגשם יזרמו אל מאגר, שהוקם בחלק הנמוך של העיר. מערכת אספקת המים של המצודה היהודאית בערד בנויה משני מאגרי מים גדולים ומטויחים החצובים בסלע. האחד מצוי בתחומי המצודה (עיקרו מתחת למקדש), והשני מצוי מחוץ למצודה במדרון המערבי של תל המצודות. אל המאגרים התחברה נקבה חצובה בסלע ומקורה בלוחות אבן שהסתירו אותה. אורכה הכולל היה כ-30 מטרים. הנקבה עברה מתחת לחומה המערבית והסתיימה מחוץ לה. המים הועלו מבאר בעיר התחתית אל צידה המערבי של גבעת המצודה, נשפכו לפתח התעלה החיצוני וזרמו למאגרים. באר המים נחצבה בשלהי תקופת ממלכת יהודה. קוטרה 4.6 מטרים, עומקה 16 מטרים. חלקה האמצעי בנוי אבני צור גדולות ותחתיתה חצובה בסלע. מי הבאר הובלו אל המצודה המרוחקת על גבי בהמות. המאה ה-1 לפה״ס בתקופה ההרודיאנית שופצה הבאר.

יודפת היא עיר יהודית עתיקה, שיושבה ככל הנראה עוד בתקופת בית חשמונאי, סביב המאה הראשונה לפני הספירה. בשנת 67 לספירה, יודפת היתה העיר הראשונה שהותקפה על ידי הרומאים בתגובה למרד היהודי הגדול. התקפה זו כללה מצור קשה ומתמשך של 47 יום, שבסופו הרסו הרומאים את העיר עד היסוד והרגו את רוב התושבים. לאחר המרד נבנתה יודפת מחדש, והיישוב היהודי המשיך להתקיים בה. בין הממצאים השונים שנתגלו במקום, נחשפו מקוואות הטהרה, כלי האבן יהודיים אופייניים ומטבעות חשמונאים במספר רב. גולת הכותרת של החפירות היתה גילויים של תמשיחים צבעוניים (פרסקו) שנשתמרו ברמה יוצאת מן הכלל לגובה 1‪.3 מטרים על פני הקירות ועל פני הרצפה כולה. בנוסף לאלו התגלו גם ראשי חצים של קשתות, אבני בליסטראות, ושרידים המצביעים על חורבן ושרפה. אתר יודפת הוכרז כגן לאומי רשמי בדצמבר 2014. במסגרת פרויקט של ״ציוני דרך״ בוצעו באתר יודפת שימור, שחזור ושילוט הכוונה. במקביל, נערכה חפירה ארכיאולוגית נקודתית וכן שימור ושיחזור של אזורי מפתח. בנוסף לאלו נסללה באתר דרך גישה חדשה, המסתעפת מדרך הכניסה ליודפת ומאפשרת לכלי רכב ואוטובוסים להגיע עד למרגלות התל, שם הוסדרה חניה. יודפת העתיקה ממוקמת בלב רכס הרי יוטבת שבמרכז הגליל התחתון, דרומית מזרחית למושב יודפת המודרני. היא ניצבת על ראש גבעה שמורדותיה תלולים מאוד בגובה של 419 מטרים, כשהיא בולטת בין ההרים והגבעות שסביבה. ביודפת היה ישוב יהודי ככל הנראה מהתקופה החשמונאית (המאה הראשונה לפני הספירה). לישוב יהודי זה היה חלק חשוב מסיפורו של המרד היהודי הגדול בשנים 66-67 לספירה: במקום זה נערך הקרב הראשון בין היהודים לרומאים (מלחמות היהודים פרק ג׳ 7-8). קרב זה היה קרב ארוך ודרמטי הכלל מצור מתמשך, ונגמר בהרס העיר. יודפת בתחילת דרכה השרידים העתיקים ביותר שנמצאו במקום הם מן התקופה ההלניסטית המוקדמת, מן המאות ה-4 וה-3 לפנה"ס. על פי ממצאים אלו, יש חוקרים המסיקים כי בתקופה זו הייתה יודפת ישוב קטן שתושביו נוכריים ורק עם כיבוש הגליל על ידי מלכי בית חשמונאי החלה להתיישב במקום אוכלוסייה יהודית. פרט לאזכורה בכתביו של יוסף בן מתתיהו, יודפת העתיקה (המזוהה לעתים עם ״יוטב״) נזכרת גם במקורות יהודיים שלאחר חורבן בית שני. במשנה היא נמנית ברשימת הערים מוקפות החומה: ״ואלו הן בתי ערי חומה: שלוש חצרות של שני בתים מוקפות חומה מימות יהושוע בן נון--כגון…יודפת הישנה״ (משנה, מסכת ערכין, פרק ט׳ משנה ו׳). אף שהמשנה מייחסת את קיום ערים אלו לימי יהושע בן נון, בחפירות יודפת וברוב הערים האחרות שברשימה לא נמצאו חרסים מתקופת המקרא. נראה אפוא כי בביטוי המופלג "מימות יהושע בן נון " ביקשו חז"ל לבטא את קדמותן ואת חשיבותן של הערים הללו בלי להתייחס במדויק לתולדותיהן. המרד הגדול על קורות העיר בתקופה זו אנו למדים מהממצאים בשטח, ומכתביו של יוסף בן מתתיהו, שהם המקור העיקרי והיחידי הכתוב למידע על מאורעות אלו. חוקרים מציינים כי לא היה מוסמך ובקיא מיוסף בן מתתיהו בצד הרומאי והיהודי, וכי הסיפור אמין בכללו. יחד עם זאת יש לקחת בחשבון כי ללמידה ממקור אחד יש מגבלות ויתכנו הגזמות ותיאורים לא מדויקים בסיפור. בתקופת המרד היהודי הגדול (66-67 לספירה) היה יוסף בן מתתיהו (יוספוס פלביוס) מנהיג המרד בגליל ובגולן כנגד צבא רומא. הוא ביצר את יודפת ששימשה גם כמפקדתו הראשית. בעקבות המרד הגדול שלח הקיסר נירון לקרב את בכיר מצביאיו אספסיאנוס ואת בנו טיטוס בראש שלושה לגיונות מלאים, יחידות מלגיון נוסף וכוחות עזר שמנו בסך הכל 60,000 חיילים. מורדים רבים מהגליל התרכזו ביודפת. הרומאים רצו לדכא את המתקוממים בגליל וראו בכיבוש יודפת מבצע מרכזי במסע לכיבוש הגליל, אשר היה שלב מוקדם לחדירתו דרומה לארץ יהודה. בשנת 67 לספירה הגיע הצבא לתקוף את יודפת. מולם עמדו אנשי הגליל היהודים, שמעריכים כי מספרם היה סביב 4,500 איש (בכתביו של יוסף בן מתתיהו מתואר מספר גדול יותר אך מעריכים כי הוא מוגזם) שהתבצרו בערים שונות בגליל. במשך 47 יום הטילו הרומאים מצור על העיר, תוך שהם מנסים לכבוש אותה בהתקפות חזיתיות, בהרעשה כבדה של למעלה מ-100 מכונות ירי ובקרב הבקעה של סוללות ומכונות מצור. הקרבות היו בלתי פוסקים וגבו קורבנות כבדים משני הצדדים. היהודים לחמו בגבורה ובחירוף נפש נגד הצבא הרומי, אך לבסוף נכבשה העיר בפשיטה גדולה. העיר עצמה נהרסה עד היסוד וחומותיה נשרפו. רבים מתושביה נטבחו על ידי הרומאים ויוסף עצמו נפל בשבי והועבר למחנה שבויים. לאחר מכן הרסו הרומאים המשיכו לטבריה, למגדל ולגמלא. הקרב ביודפת היה הראשון במסגרת מרד היהודים ברומאים שהסתיים בנפילת מצדה שש שנים לאחר מכן. לדברי יוסף בן מתתיהו בוגד יהודי שנמלט מן העיר ונתפס, מסר לרומאים כי היהודים בעיר תשושים ועייפים, ומגני העיר ישנים באשמורת האחרונה. אספסיאנוס ניצל מידע רב ערך זה והעלה כוח רומי מובחר על החומה כאשר מגיני העיר ישנו. החוקרים אינם בטוחים כי מידע זה מהימן, אך נטען כי לאחר התשה כה רבה היו הרומאים מצליחים להתפרץ לעיר גם ללא עצתו של העריק. סיפור נוסף השנוי במחלקות מספר על התאבדותם של חלק מהניצולים, גם כאן, בשל העימות עם הממצאים בשטח, חלק מן החוקרים מטילים ספק במהימנות המידע. הסיפור על התאבדות המונית היה נפוץ בתקופת הרומאים ובא להדגיש את אימת המלחמה.   לאחר המרד כעבור זמן הוקמה יודפת החדשה על המדרון הדרומי של הר מימין. באתר זה נמצאו שרידי קירות, מזוזות בפתחי בתים, בורות מים ומבנה בעל עמודים- אולי בית כנסת. החוקרים קבעו שיודפת החדשה הייתה מיושבת מהתקופה הרומית המאוחרת, התקופה הביזאנטית, הערבית הקדומה וימי הביניים, כלומר מבערך המאה השנייה לספירה, מאות בשנים.   החפירות הארכיאולוגיות והממצאים סקרים שונים נערכו באתר וסביבתו במהלך המאה ה-20, וב-1990 התבצעה חפירה ראשונה במקום, שהייתה מוגבלת בהיקפה לבית בד באחת המערות. בשנים 2000-1992 ניהל מרדכי אביעם כ-7 עונות חפירה ביודפת מטעם אוניברסיטת רוצ׳סטר שבמדינת ניו יורק ורשות העתיקות. בחפירות נחשפו שרידי בתי העיר, ביצוריה ובורות המים שלה וכן נמצאו עדויות ברורות לקרב הכבד שהתנהל במקום. בנוסף נמצאו במקום כ-1600 ראשי חצים רומאים, אבנים שנורו מבליסטראות, חלקי שריון של חייל רומאי ושרידי עצמות אדם שנטבחו ונשרפו- ככל הנראה של התושבים במקום. אתר יודפת הוכרז כגן לאומי רשמי בדצמבר 2014. בין הממצאים: החומה הצפונית : בשטח זה נחשפו חומות מכמה שלבים. השלב הקדום ביותר שייך לימי בית חשמונאי (ראשית המאה הראשונה לפנה”ס). שרידי חומות אלו שימשו כנראה את בוני החומות בזמן המרד הגדול, ובמקום שבו הן היו הרוסות לגמרי ולא היה אפשר לשפצן, נבנתה חומה חדשה. במהלך המרד מולאו חלק מהסתרים באבנים כדי לחזקה. בהמשך נבנתה החומה כחומה מלאה ברובה. במדרון למרגלות החומה נמצאו בחפירה שרידי סוללת המצור הרומית שאינם נראים כיום על פני השטח. בחפירות באזור זה נמצאו ראשי חצים של קשתות, אבני בליסטראות ומסמרים קטנים של סנדלי החיילים הרומים. הסנדל המסומר היה חלק מלבושו התקני של החייל הרומי, כפי שמעיד יוסף בן מתתיהו בתארו שר מאה רומי ששמו יולינוס שהשתתף באחת ההתקפות על המקדש.  בורות המים: לאורך המסלולים ניתן להבחין בפתחיהם של בורות מים רבים שבהם הייתה תלויה כאמור כל אספקת המים של התושבים, בחלקם נותר הטיח. המקלט התת קרקעי: החומה המערבית היורדת מן הגבעה אל שולי הכתף בנויה בהתחלה כחומה מלאה בעובי של כשני מטרים ובהמשך היא הופכת להיות חומת סוגרים (חומה כפולה מחולקת לחדרים באמצעות מחיצות רוחב). באחד מהסוגרים הקטנים נתגלה פתחו של פיר אנכי חצוב בסלע בעומק של מטר וחצי שניתן לסגור אותו בדלת. דרכו ירדו למנהרה המובילה לשלושה חללים תת קרקעיים בשתי קומות. בחללים נמצאו כלי חרס ומטמון מטבעות כסף מימי הקיסר נירו. אין ספק כי מערכת זו נחצבה עם בניית החומה כדי להתכונן למלחמה ולהימלט לשם בעת הצורך. כבשן יוצרים: בצד המזרחי של השלוחה נבנתה החומה המלאה על גבי כבשן לצריפת כלי חרס, תוך ביטולו. בחפירת כבשן זה הוכח כי יוצרו בו קנקנים זהים לאלו שנמצאו על רצפות הבתים ההרוסים. מכאן ברור כי הוא עדיין היה בשימוש באותה תקופה שבה חיו תושבי העיר האחרונים, ורק בבוא שעת החירום של המרד הוא חדל לשמש. זו דוגמה הממחישה היטב את מצוקת אנשי יודפת ואת חששם מסכנת הכיבוש הרומי. הם נאלצו לוותר על מבני מגורים ועל מתקני מלאכה שעמדו בדרכה של החומה, וזו נבנתה בחיפזון וללא יסודות עמוקים. רובע מגורים: ברובע זה התגלו מבנים הרוסים כמעט לחלוטין שחלק מהם גם שרופים. על רצפות הבתים התגלו חפצי היום יום: כלי חרס, כלי אבן, משקולות נול ומטבעות, ובצדם גם ראשי חצים מברזל ואבני בליסטראות שירו הרומאים. בשניים מן הבתים התגלו מקוואות טהרה. מתקנים אלה, הייחודיים ליישובים יהודיים, עשויים מברכה קטנה חצובה בסלע שאליה ירדו בכמה מדרגות כשהכול מטויח היטב. מקוואות הטהרה, כלי האבן - המאפיינים גם הם אוכלוסייה יהודית בימי הבית השני - והמטבעות החשמונאים שנתגלו במספר רב, מעידים כי אוכלוסיית העיר ברובה הגדול ( ואולי אף כולה ) הייתה יהודית. רובע מגורים נוסף: מעט מעל השטח הקודם נחשפו בתים מדורגים של רובע מגורים נוסף. גם כאן השרידים מצביעים על חורבן ושרפה בימי הקיסר נירון. בתוך שטח החפירה נחשף פתחו של בור מים ובתוכו התגלתה ערמה גדולה של עצמות אדם וגולגולות שנאספו לכאן. על פי התאריך העולה מן הממצאים שבבור ומעליו ניתן לקבוע כי עצמות אלו קשורות למלחמה שהתנהלה בעיר בימי הקיסר נירון. בכמה מהעצמות והגולגולות אף התגלו סימני הכאה במכשירים חדים. ככל הנראה אלו הן עצמות חללי יודפת שנאספו שנים מספר לאחר המלחמה על ידי קרוביהם ונקברו בחופזה בתוך בורות המים. בסמוך נמצאה אבן שטוחה שבשני צדדיה חרותים ציורים: בציור האחד מתואר מבנה קבורה מפואר והציור השני הוא של סרטן, המזל המתאר את חודש תמוז. לדברי יוסף בן מתתיהו, יודפת נפלה בא' בתמוז. מכאן ניתן לשער שאת הציורים הללו חרט על אבן שדה אחד מתושבי העיר הנצורה שחש את סופה הקרב והביע את רגשותיו בציור, כאומר "אנו נמות בתמוז”. המדרון המזרחי ורובע מגורים מדורג: אחד מן הבתים העליונים היה גולת הכותרת של החפירות. על קירותיו ועל רצפתו התגלו תמשיחים צבעוניים (פרסקו) שנשתמרו ברמה יוצאת מן הכלל לגובה 1‪.3 מטרים על פני הקירות ועל פני הרצפה כולה. תמשיחי קיר כאלו נמצאו בארמונות הורדוס ובבתי העשירים בירושלים, בקיסריה ובגמלא, אך תמשיחי רצפה התגלו עד היום רק בתאטרון ההרודיאני בקיסריה, ומציאתם ביודפת מעידה על עושרה הרב של המשפחה שגרה כאן. על רצפת הפרסקו נמצאו עצמות אדם וראשי חצים מברזל המעידים כי מבנה מפואר זה התקיים עד ליום חורבן העיר. מכיוון שאין באתר שמירה ותחזוקה, לא היה מנוס אלא להוציא את תמשיחי הקיר ולשמרם בתנאים נאותים ולכסות את שאר המבנה. בור המים שבתוכו התגלתה ערימה של עצמות אדם וגולגלות, ובפתחו אנדרטה עם ציטוט מתוך "תולדות מלחמת היהודים עם הרומאים" של יוסף בן מתתיהו: "ביום ההוא המיתו הרומאים רק את ההמון אשר ראו עיניהם. ובימים הבאים חקרו את המחבואים ושחטו את האנשים אשר הסתתרו במנהרות ובמערות, והמיתו זקן ונער, ורק לנשים ולעוללים נתנו את נפשם לשלל".   יודפת המודרנית בשנת 1960 הוקם המושב השיתופי יודפת הנמצא בגליל התחתון והממוקם כק"מ צפונית לאתר בו הייתה מצויה העיר הקדומה. המושב שייך למועצה אזורית משגב.